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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tqe | ||||||
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タイトル | XptA2 wild type | ||||||
要素 | XptA2 | ||||||
キーワード | TOXIN / TcA / Insecticide / Translocase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Xenorhabdus nematophila (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Martin, C.L. / Binshtein, E.M. / Aller, S.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023 タイトル: Structures of the Insecticidal Toxin Complex Subunit XptA2 Highlight Roles for Flexible Domains. 著者: Cole L Martin / David W Chester / Christopher D Radka / Lurong Pan / Zhengrong Yang / Rachel C Hart / Elad M Binshtein / Zhao Wang / Lisa Nagy / Lawrence J DeLucas / Stephen G Aller / 要旨: The Toxin Complex (Tc) superfamily consists of toxin translocases that contribute to the targeting, delivery, and cytotoxicity of certain pathogenic Gram-negative bacteria. Membrane receptor ...The Toxin Complex (Tc) superfamily consists of toxin translocases that contribute to the targeting, delivery, and cytotoxicity of certain pathogenic Gram-negative bacteria. Membrane receptor targeting is driven by the A-subunit (TcA), which comprises IgG-like receptor binding domains (RBDs) at the surface. To better understand XptA2, an insect specific TcA secreted by the symbiont from the intestine of entomopathogenic nematodes, we determined structures by X-ray crystallography and cryo-EM. Contrary to a previous report, XptA2 is pentameric. RBD-B exhibits an indentation from crystal packing that indicates loose association with the shell and a hotspot for possible receptor binding or a trigger for conformational dynamics. A two-fragment XptA2 lacking an intact linker achieved the folded pre-pore state like wild type (wt), revealing no requirement of the linker for protein folding. The linker is disordered in all structures, and we propose it plays a role in dynamics downstream of the initial pre-pore state. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tqe.cif.gz | 2.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tqe.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8tqe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tqe_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tqe_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tqe_validation.xml.gz | 297.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tqe_validation.cif.gz | 461.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/8tqe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41503MC 8tv0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 284392.188 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenorhabdus nematophila (バクテリア) 遺伝子: xptA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N1NRW3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pentameric assembly of the XptA2 TcA / タイプ: COMPLEX 詳細: This is a Protein toxin that is secreted in bacteria. I assume the best category to pick from is Organelle or Cellular Component Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.4 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Xenorhabdus nematophila (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 60 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198591 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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