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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8toe | ||||||
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タイトル | Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1c) at the lambda PR promoter | ||||||
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![]() | transcription/DNA / DNA-dependent RNA polymerase / transcription / intermediate / DNA promoter / DNA unwinding / transcription-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Darst, S.A. / Saecker, R.M. / Mueller, A.U. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Early intermediates in bacterial RNA polymerase promoter melting visualized by time-resolved cryo-electron microscopy 著者: Darst, S.A. / Saecker, R.M. / Mueller, A.U. / Malone, B. / Chen, J. / Budell, W.C. / Dandey, V.P. / Maruthi, K. / Mendez, J.H. / Molina, N. / Eng, E.T. / Yen, L.Y. / Potter, C.S. / Carragher, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 793.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 624.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 103.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 157.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41448MC ![]() 8to1C ![]() 8to6C ![]() 8to8C ![]() 8tomC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 6分子 GHMIJK
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 L
#5: タンパク質 | 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoD 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q0P6L9 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#6: DNA鎖 | 分子量: 32600.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 32183.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 3種, 6分子 ![](data/chem/img/1N7.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | #10: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli RNA polymerase unwinding intermediate (I1c) at the lambda PR promoter タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: tip 1: 26 or 30 micromolar Es70 RNAP tip 2: 52 or 60 micromolar LPR DNA | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: SPOTITON / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 296 K 詳細: CHAPSO was added (from 80 mM stock) to 8 mM final in each sample just prior to spray mixing. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Please see publication for details. |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) 詳細: Cryo-EM map from images from multiple data collections, please see publication. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137962 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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