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- PDB-8tnt: Crystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tnt
タイトルCrystal structure of Epstein-Barr virus gH/gL/gp42 in complex with antibodies F-2-1 and 769C2
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • 769C2 heavy chain
  • 769C2 light chain
  • F-2-1 heavy chain
  • F-2-1 light chain
  • Glycoprotein 42
キーワードIMMUNE SYSTEM / Viral Protein / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / host cell endosome membrane / carbohydrate binding / host cell Golgi apparatus / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein 42 / Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein H
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Bu, W. / Kumar, A. / Board, N. / Kim, J. / Dowdell, K. / Zhang, S. / Lei, Y. / Hostal, A. / Krogmann, T. / Wang, Y. ...Bu, W. / Kumar, A. / Board, N. / Kim, J. / Dowdell, K. / Zhang, S. / Lei, Y. / Hostal, A. / Krogmann, T. / Wang, Y. / Pittaluga, S. / Marcotrigiano, J. / Cohen, J.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Epstein-Barr virus gp42 antibodies reveal sites of vulnerability for receptor binding and fusion to B cells.
著者: Bu, W. / Kumar, A. / Board, N.L. / Kim, J. / Dowdell, K. / Zhang, S. / Lei, Y. / Hostal, A. / Krogmann, T. / Wang, Y. / Pittaluga, S. / Marcotrigiano, J. / Cohen, J.I.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
C: Glycoprotein 42
D: 769C2 light chain
E: 769C2 heavy chain
F: F-2-1 light chain
G: F-2-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,2289
ポリマ－202,7857
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.317, 85.172, 119.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein H


分子量: 72687.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
遺伝子: gH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03231
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein L


分子量: 12475.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
遺伝子: gL / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03212

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抗体 , 4種, 4分子 DEFG

#4: 抗体 769C2 light chain


分子量: 22842.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 769C2 heavy chain


分子量: 24670.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 F-2-1 light chain


分子量: 23723.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 F-2-1 heavy chain


分子量: 24759.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 C

#3: タンパク質 Glycoprotein 42


分子量: 21626.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
遺伝子: BZLF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03205
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.81 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20mM Tris pH7.5, 150mM NaCl, 4% Tacsimate pH 7.0, and 10% PEG 3,350
PH範囲: 7.0 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→47.28 Å / Num. obs: 39158 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.15→3.28 Å / Num. unique obs: 3913 / Rsym value: 0.767

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→46.32 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2866 1984 5.08 %
Rwork0.2545 --
obs0.2562 39052 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13703 0 28 0 13731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56519171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5231947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.230.3791500.35332612X-RAY DIFFRACTION99
3.23-3.320.37791500.34712596X-RAY DIFFRACTION98
3.32-3.410.37991330.33212664X-RAY DIFFRACTION98
3.41-3.520.35671300.30892680X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.650.38791050.29342656X-RAY DIFFRACTION99
3.65-3.80.31491260.28452662X-RAY DIFFRACTION99
3.8-3.970.32511270.26112687X-RAY DIFFRACTION99
3.97-4.180.26841400.2422660X-RAY DIFFRACTION99
4.18-4.440.27221750.2182641X-RAY DIFFRACTION99
4.44-4.780.22641720.2142646X-RAY DIFFRACTION99
4.78-5.260.25461430.22412632X-RAY DIFFRACTION98
5.26-6.020.29091720.252677X-RAY DIFFRACTION100
6.02-7.580.26441270.26132728X-RAY DIFFRACTION100
7.58-46.320.23861340.20782527X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.7982 Å / Origin y: 4.6949 Å / Origin z: 44.211 Å
111213212223313233
T0.4457 Å2-0.0182 Å2-0.0042 Å2-0.3502 Å2-0.0009 Å2--0.2777 Å2
L0.9079 °2-0.2448 °20.3437 °2-0.3574 °2-0.0411 °2--0.5906 °2
S0.0113 Å °0.0167 Å °-0.1018 Å °-0.1015 Å °-0.0124 Å °0.0633 Å °-0.069 Å °-0.1262 Å °-0.0028 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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