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- PDB-8tn5: The Crystal Structure of a human monoclonal antibody (aAb), terme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tn5
タイトルThe Crystal Structure of a human monoclonal antibody (aAb), termed TG10, complexed with a GlcNH2
要素
  • TG10, Heavy chain
  • TG10, Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / TG10 / GlcNac
機能・相同性2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Li, M. / Wlodawer, A. / Temme, S. / Gildersleeve, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Insights into biofilm architecture and maturation enable improved clinical strategies for exopolysaccharide-targeting therapeutics.
著者: Temme, J.S. / Tan, Z. / Li, M. / Yang, M. / Wlodawer, A. / Huang, X. / Schneekloth Jr., J.S. / Gildersleeve, J.C.
履歴
登録2023年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: TG10, Heavy chain
L: TG10, Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,06612
ポリマ－47,0832
非ポリマー98310
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.524, 90.524, 207.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-303-

SO4

21H-567-

HOH

31L-555-

HOH

41L-601-

HOH

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 TG10, Heavy chain


分子量: 23403.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 TG10, Light chain


分子量: 23680.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-GCS / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / beta-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose / D-GLUCOSAMINE / β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 432分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.4M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→78.4 Å / Num. obs: 49758 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 18.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.632 / Num. unique obs: 9073 / CC1/2: 0.749

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.76→78.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.184 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20622 1025 2.1 %RANDOM
Rwork0.16393 ---
obs0.16482 48642 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.763 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å2-0 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.76→78.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 53 423 3786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123478
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.6454745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5771.5667323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4825448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.471516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2710555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9691.791759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9641.791759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8843.1982200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8833.2012201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1132.0971719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1122.0991720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5893.6922540
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.98324.433912
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.98224.443913
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.761→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 60 -
Rwork0.239 2910 -
obs--80.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3856-0.11160.32720.2731-0.27430.4214-0.0167-0.0139-0.0305-0.00840.0107-0.0126-0.0291-0.02420.00610.08420.0088-0.01130.064-0.00960.063118.027719.8775101.7358
21.158-0.00751.26870.7422-0.01151.3915-0.1928-0.22650.2022-0.1216-0.03050.0046-0.2032-0.24820.22330.09480.0312-0.0670.0614-0.03840.123525.182854.2911111.1566
30.2769-0.29080.12510.3404-0.05350.2609-0.01150.02240.0250.0365-0.0189-0.02920.0174-0.01420.03040.07350.0144-0.0090.0683-0.01250.07356.362429.16985.8361
46.52960.21592.16190.5880.82361.6918-0.30860.14430.3118-0.24020.07980.0924-0.40570.14870.22870.1169-0.0511-0.08470.03410.06980.153517.554757.451593.4799
53.86731.79891.05980.9070.53750.3189-0.1422-0.00480.0357-0.07940.06750.1145-0.04620.03990.07470.0637-0.0037-0.00410.10350.07330.162138.229657.4318106.0749
63.27271.51182.6560.88481.43922.4052-0.37320.4042-0.3032-0.28680.40290.0218-0.44630.5378-0.02970.1132-0.1468-0.06550.27720.11330.185925.807852.812394.1777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2L128 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4H129 - 140
5X-RAY DIFFRACTION5H141 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6H151 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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