PDB-8tn4: The Crystal Structure of a human monoclonal antibody (aAb), terme...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tn4

タイトル

The Crystal Structure of a human monoclonal antibody (aAb), termed TG10, used to study poly-N-acetyl-glucosamine broadly expressed in biofilm-forming pathogenclonal antibody

要素

TG10, Heavy chain
TG10, Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / TG10 / PANG

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Li, M. / Wlodawer, A. / Temme, S. / Gildersleeve, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Insights into biofilm architecture and maturation enable improved clinical strategies for exopolysaccharide-targeting therapeutics.
著者: Temme, J.S. / Tan, Z. / Li, M. / Yang, M. / Wlodawer, A. / Huang, X. / Schneekloth Jr., J.S. / Gildersleeve, J.C.

履歴

登録	2023年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tn4.cif.gz	214.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tn4.ent.gz	170.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tn5C 8tn7C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: TG10, Heavy chain

L: TG10, Light chain

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.254, 90.254, 208.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-305- SO4
2	1	H-636- HOH
3	1	L-621- HOH

#1: 抗体	TG10, Heavy chain 分子量: 23403.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	TG10, Light chain 分子量: 23680.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 2.4 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 96536 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 18 % / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.73 / Net I/σ(I): 40.25
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / R_merge(I) obs: 0.884 / Num. unique obs: 3362 / CC star: 0.751

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→45.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.791 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16999	2750	3.1 %	RANDOM
R_work	0.13546	-	-	-
obs	0.13652	86851	90.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	-0.29 Å²	0 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→45.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3310	0	86	603	3999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.641	4845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.578	1.564	7369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.376	5	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.633	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.537	10	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.145	1.596	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.127	1.596	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.936	2.877	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.946	2.878	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.11	1.842	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.948	1.798	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.633	3.16	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.161	22.66	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.38	18.74	3790
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.015	3	6707
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.739	57	-
R_work	0.783	2173	-
obs	-	-	30.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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