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- PDB-8tmu: HLA-B*73:01 bound to a 10mer peptide in complex with KIR2DL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tmu
タイトルHLA-B*73:01 bound to a 10mer peptide in complex with KIR2DL2
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA-B*73:01
  • KP1
  • Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / MHC / KIR / Class I
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating signaling pathway / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway ...immune response-regulating signaling pathway / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / MHC class I antigen / Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ross, P. / Adams, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the archaic HLA molecule HLA-B*73:01
著者: Ross, P. / Adams, E.J.
履歴
登録2023年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-B*73:01
B: Beta-2-microglobulin
C: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2
E: KP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,68711
ポリマ－69,7714
非ポリマー9177
水1,08160
1
A: HLA-B*73:01
B: Beta-2-microglobulin
E: KP1
ヘテロ分子

C: Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,68711
ポリマ－69,7714
非ポリマー9177
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z+1/41
Buried area7410 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.690, 92.690, 200.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 HLA-B*73:01


分子量: 32047.340 Da / 分子数: 1 / 変異: C271L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A583ZBV1
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11936.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2


分子量: 24734.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR2DL2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P43627

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 3分子 E

#4: タンパク質・ペプチド KP1


分子量: 1052.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 65分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl pH 8.75 and 20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→54.3 Å / Num. obs: 20180 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 16.8 % / Biso Wilson estimate: 68.74 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Num. unique obs: 1973 / CC1/2: 0.411 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487+SVN精密化
iMOSFLM7.4.0データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER1.20.1_4487+SVN位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→54.3 Å / SU ML: 0.4149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3412
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 999 4.95 %
Rwork0.2155 19178 -
obs0.2177 20177 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→54.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4635 0 59 60 4754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00264827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54966556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0734674
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.050.35171430.32542657X-RAY DIFFRACTION99.96
3.05-3.240.38741230.28612705X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.29741440.25372671X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.850.33071520.22932714X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.40.21621520.18322722X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.550.20611270.1682784X-RAY DIFFRACTION100
5.55-54.30.23111580.21672925X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.096816895841.14031699664-1.685139333595.0325520922-1.592656091424.434414708930.02797340877460.0631216708509-0.0175610113741-0.240831398883-0.274609915714-0.141775745349-0.7128142574060.1290191173220.2487400498470.681610041848-0.0291690266057-0.1743508953720.473315060682-0.05842870156490.43143359802214.18151031812.826519471837.0453807883
20.981452133023-0.003916816052670.6930892585221.584316944961.6190169493.86920725512-0.02218913601520.2851783744720.112356288768-0.596036377243-0.3653822013270.515838541521-0.679620989626-0.8552803868130.4654048588980.7898576804240.24211315328-0.167182821330.824804027996-0.1419110130860.676846450481-3.23502697729.3349974874624.5074924864
33.08558731512-0.229470326825-0.6963992482012.78890334940.7220258829611.99517916214-0.03252303761070.13230344275-0.604137330704-0.442852224396-0.6222869236580.152981314003-0.411296782136-0.4442766400880.1082475460530.480316774011-0.0250397975766-0.01879498958170.350656929624-0.107681924880.4819406727992.45749479651-4.5525742590729.6200352222
47.155222907171.680782693451.096094230942.07777920317-1.636470337684.85487797917-0.402913818052.02283779122-0.472609762439-1.807385558240.1807204248310.199091122776-0.59448952613-0.9714620442950.280706895821.03047415410.201206416608-0.02797989760350.973964190215-0.1318170001570.4716006201188.4438985366-5.106611450317.15353217142
51.740251674261.912903259360.3241539175184.80690089698-0.7285121107940.496213388851-0.1073396370471.08579625966-0.89978817697-0.52231920626-0.540150552978-0.166539059932-0.495825831474-0.4806638629060.1057195154720.5162510457310.119924820023-0.08861865339480.65301325719-0.1976702277840.3022644038988.39352996088-3.3345517244621.4490448246
68.10561696217-5.11102317159-0.6466628755894.092274414541.415311569092.41899838523-0.552199956737-1.02223733813-0.489081113141.035822480450.88465925777-0.3952354824111.173753713691.724591031620.02388624111140.541672470897-0.0734396702692-0.01191942212160.329176152046-0.06075364034940.50433464822411.8521387743-8.1648557481230.475959894
79.20960221634-6.61617091178-3.964419900294.75742931212.881198644212.797697444550.0133280584811-0.282825646374-0.363627561966-0.001720383856490.315188259258-1.743604549090.274382248432-0.4469139548960.1582717924340.5777141856840.0152222337631-0.07716738092640.521198995104-0.01723706203710.43039984507818.3422891974-10.517774966621.568202855
82.53669525314-2.00951980341-1.653909645766.437458945211.750099685962.271261093030.5775467476310.301365598255-0.220567469376-0.301741639565-0.432782302618-0.185199579564-0.84530879503-0.603889191477-0.07234955706520.5688583729840.0749967478156-0.1866896260090.515379867899-0.1122145034930.472200283449.483884648831.5495193741327.3962221001
93.46358233536-0.194479983387-0.915979029784.785260206376.653021383839.47447059730.1361243653271.26226948602-1.64827468191-1.11882330854-0.7442850406480.8466786549981.79790247856-1.384073935220.6479004843160.743150045503-0.169970947338-0.07469088200191.07235376196-0.3791117731391.023771330019.14263508749-17.83025889669.37867935454
106.79698159445-5.63775943651-6.478411795718.60686234457.198908054397.01402008782-0.95136351953-0.02449953782640.1638669804050.02657094479830.123014898087-0.230832945809-0.0892482965834-0.4463154411690.8213102315930.458221119924-0.0176019415034-0.03683953443040.514544703985-0.05037144361280.5523087027959.96373893861-13.11474964525.074558569
113.002025561321.03738354437-3.606103022054.738800595723.121871779898.64088431759-0.2241511627360.651777327587-0.0216486445365-0.151705372186-0.117993410073-0.09984069581130.0346214725734-1.103543139520.06077643357160.419559770960.00192836373776-0.1575942329620.673389158146-0.1686963704770.7299856330363.75906803775-12.432782162425.1261968813
127.518627932582.532515711150.3356219139246.363873177080.8638502238942.431026316570.00179872287497-0.1354687291680.3865928338510.0960311184058-0.2067306771580.032098454168-0.398226220439-0.1219285586820.1566793420080.4555615099030.0787718436032-0.07888954212990.518110755152-0.0793646430050.40474125943533.3374665808-10.403686335114.8146446405
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154.86978005489-1.1632332512-1.533133622981.5478882331-1.37683384568.297456663050.387752467997-0.531672861442-0.373444969680.4554127935850.3660213441230.423349207416-1.198880432711.02502972226-0.1977720052270.904877060893-0.000294070190703-0.2780819043480.6681548178950.163740495160.87793593370414.776750639220.441654940343.5853098536
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 118 )AA1 - 1181 - 118
22chain 'A' and (resid 119 through 276 )AA119 - 276119 - 275
33chain 'B' and (resid 2 through 12 )BF2 - 121 - 11
44chain 'B' and (resid 13 through 20 )BF13 - 2012 - 19
55chain 'B' and (resid 21 through 31 )BF21 - 3120 - 30
66chain 'B' and (resid 32 through 42 )BF32 - 4231 - 41
77chain 'B' and (resid 43 through 52 )BF43 - 5242 - 51
88chain 'B' and (resid 53 through 72 )BF53 - 7252 - 71
99chain 'B' and (resid 73 through 78 )BF73 - 7872 - 77
1010chain 'B' and (resid 79 through 84 )BF79 - 8478 - 83
1111chain 'B' and (resid 85 through 100 )BF85 - 10084 - 99
1212chain 'C' and (resid 1 through 82 )CH1 - 821 - 82
1313chain 'C' and (resid 83 through 130 )CH83 - 13083 - 130
1414chain 'C' and (resid 131 through 204 )CH131 - 204131 - 204
1515chain 'E' and (resid 1 through 10 )EK1 - 101 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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