PDB-8tm0: Preclinical Characterization of Pan-NKG2D Ligand-Binding NKG2D Re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tm0

タイトル

Preclinical Characterization of Pan-NKG2D Ligand-Binding NKG2D Receptor Decoys

要素

MHC class I polypeptide-related sequence A
NKG2-D type II integral membrane protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Complex / MICA variant / linked NKG2D

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response to tumor cell / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / gamma-delta T cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.83 Å

データ登録者

Rupert, P.B. / Strong, R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Heliyon / 年: 2024
タイトル: Preclinical characterization of Pan-NKG2D ligand-binding NKG2D receptor decoys.
著者: Rupert, P.B. / Buerger, M. / Girard, E.J. / Frutoso, M. / Parrilla, D. / Ng, K. / Gooley, T. / Groh, V. / Strong, R.K.

履歴

登録	2023年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tm0.cif.gz	182.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tm0.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tm0_validation.pdf.gz	900.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tm0_full_validation.pdf.gz	904.8 KB	表示
XML形式データ	8tm0_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	8tm0_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/8tm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/8tm0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tlzC 8tm2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NKG2-D type II integral membrane protein

C: MHC class I polypeptide-related sequence A

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.083, 68.354, 140.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor

分子量: 30432.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26718

#2: タンパク質

MHC class I polypeptide-related sequence A

分子量: 22144.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICA / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q29983

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES (pH 7.0), Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97741 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.83→70.02 Å / Num. obs: 4537 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.758 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
4-4.07	2.7	0.722	231	0.758	0.929	0.476	0.87	2.485	88.2
4.07-4.14	2.8	0.609	222	0.818	0.949	0.402	0.733	2.519	89.5
4.14-4.22	2.7	0.479	223	0.897	0.972	0.324	0.581	2.469	89.6
4.22-4.31	2.7	0.501	235	0.841	0.956	0.326	0.601	2.699	88
4.31-4.4	2.7	0.267	222	0.914	0.977	0.182	0.326	2.669	87.4
4.4-4.5	2.7	0.284	223	0.907	0.975	0.193	0.346	3.277	89.2
4.5-4.62	2.8	0.339	215	0.947	0.986	0.226	0.409	2.672	85
4.62-4.74	2.7	0.291	227	0.935	0.983	0.192	0.35	2.454	86.3
4.74-4.88	2.9	0.296	219	0.918	0.978	0.193	0.356	2.629	87.3
4.88-5.04	2.8	0.279	225	0.912	0.977	0.186	0.337	2.509	87.9
5.04-5.22	2.8	0.234	235	0.93	0.982	0.152	0.281	2.154	88.3
5.22-5.43	2.8	0.256	216	0.929	0.981	0.169	0.309	2.337	87.1
5.43-5.67	2.8	0.223	238	0.952	0.988	0.147	0.268	2.157	87.2
5.67-5.97	2.9	0.215	224	0.923	0.98	0.144	0.261	2.277	87.5
5.97-6.35	2.9	0.206	230	0.941	0.985	0.136	0.248	2.138	85.2
6.35-6.84	2.8	0.179	231	0.973	0.993	0.12	0.217	1.824	88.5
6.84-7.52	2.9	0.126	228	0.983	0.996	0.083	0.152	1.888	85.4
7.52-8.6	2.9	0.096	227	0.981	0.995	0.065	0.117	1.743	84.4
8.6-10.82	2.8	0.06	224	0.99	0.997	0.043	0.075	1.422	79.7
10.82-50	2.8	0.05	242	0.993	0.998	0.035	0.061	1.141	77.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.83→70.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.883 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.722 / SU B: 188.232 / SU ML: 1.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3618	233	5.2 %	RANDOM
R_work	0.26948	-	-	-
obs	0.27392	4290	81.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 116.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	13.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.83→70.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3283	0	42	0	3325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.36	1.942	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	6862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.294	5	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.057	24.907	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.2	15	537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.101	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3902
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.271	8.317	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.27	8.318	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.716	12.472	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.715	12.471	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.139	8.727	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.138	8.73	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.51	13.002	2588
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.37		14569
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.37		14570
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.83→3.925 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.475	4	-
R_work	0.459	77	-
obs	-	-	20.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8622	-1.2738	0.782	0.8181	-0.8902	1.647	0.0025	-0.2745	-0.0819	0.0309	0.0972	0.0813	0.3182	-0.0947	-0.0997	0.6091	-0.0766	-0.0375	0.0378	-0.0202	0.5574	12.814	2.659	30.529
2	0.3896	0.0138	0.725	2.1542	0.2058	2.5198	0.0911	-0.1647	-0.0822	-0.1503	-0.0504	0.1368	0.021	-0.0531	-0.0407	0.4997	-0.0038	-0.038	0.1361	0.0648	0.5754	9.614	4.798	4.722
3	2.5345	-0.2765	-0.0402	0.3892	-1.1336	3.6447	0.0933	0.0278	0.1034	-0.044	0.0377	-0.0124	0.1233	-0.148	-0.1311	0.4127	-0.0681	0.0049	0.0168	0.0044	0.5094	35.701	-0.812	12.857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	92 - 224
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	225 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 175

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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