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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tly | ||||||||||||
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タイトル | Human ASCC1 Phosphodiesterase/Ligase Domain | ||||||||||||
要素 | Activating signal cointegrator 1 complex subunit 1 | ||||||||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / alkylation response / RNA damage / KH domain / phosphoesterase domain / RNA ligase domain | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ALKBH3 mediated reversal of alkylation damage / DNA alkylation repair / DNA repair complex / DNA duplex unwinding / neuromuscular junction / transcription regulator complex / nuclear speck / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tsutakawa, S.E. / Tainer, J.A. / Arvai, A.S. / Thapar, R. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024 タイトル: ASCC1 structures and bioinformatics reveal a novel helix-clasp-helix RNA-binding motif linked to a two-histidine phosphodiesterase. 著者: Chinnam, N.B. / Thapar, R. / Arvai, A.S. / Sarker, A.H. / Soll, J.M. / Paul, T. / Syed, A. / Rosenberg, D.J. / Hammel, M. / Bacolla, A. / Katsonis, P. / Asthana, A. / Tsai, M.S. / Ivanov, I. ...著者: Chinnam, N.B. / Thapar, R. / Arvai, A.S. / Sarker, A.H. / Soll, J.M. / Paul, T. / Syed, A. / Rosenberg, D.J. / Hammel, M. / Bacolla, A. / Katsonis, P. / Asthana, A. / Tsai, M.S. / Ivanov, I. / Lichtarge, O. / Silverman, R.H. / Mosammaparast, N. / Tsutakawa, S.E. / Tainer, J.A. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 2021 タイトル: Target highlights in CASP14: Analysis of models by structure providers. 著者: Alexander, L.T. / Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Adamopoulos, A. / Alahuhta, M. / Arvin, A.M. / Bomble, Y.J. / Bottcher, B. / Breyton, C. / Chiarini, V. / Chinnam, N.B. / Chiu, W. / ...著者: Alexander, L.T. / Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Adamopoulos, A. / Alahuhta, M. / Arvin, A.M. / Bomble, Y.J. / Bottcher, B. / Breyton, C. / Chiarini, V. / Chinnam, N.B. / Chiu, W. / Fidelis, K. / Grinter, R. / Gupta, G.D. / Hartmann, M.D. / Hayes, C.S. / Heidebrecht, T. / Ilari, A. / Joachimiak, A. / Kim, Y. / Linares, R. / Lovering, A.L. / Lunin, V.V. / Lupas, A.N. / Makbul, C. / Michalska, K. / Moult, J. / Mukherjee, P.K. / Nutt, W.S. / Oliver, S.L. / Perrakis, A. / Stols, L. / Tainer, J.A. / Topf, M. / Tsutakawa, S.E. / Valdivia-Delgado, M. / Schwede, T. #2: ジャーナル: Methods Mol.Biol. / 年: 2022 タイトル: Universally Accessible Structural Data on Macromolecular Conformation, Assembly, and Dynamics by Small Angle X-Ray Scattering for DNA Repair Insights. 著者: Chinnam, N.B. / Syed, A. / Burnett, K.H. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Tsutakawa, S.E. #3: ジャーナル: Methods Enzymol. / 年: 2023 タイトル: Combining small angle X-ray scattering (SAXS) with protein structure predictions to characterize conformations in solution. 著者: Chinnam, N.B. / Syed, A. / Hura, G.L. / Hammel, M. / Tainer, J.A. / Tsutakawa, S.E. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tly.cif.gz | 217.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tly.ent.gz | 143.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tly.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tly_validation.pdf.gz | 433.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tly_full_validation.pdf.gz | 435.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8tly_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tly_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/8tly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/8tly | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tukC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28124.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASCC1, CGI-18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N9N2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 12.5% MPEG 2K, 200 mM imidizole/malate (I/M) pH 5.0, 5% saturated KCl at room temperature. For cryoprotection, 25% ethylene glycol added to the mother liquor Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→35.73 Å / Num. obs: 12679 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1.72 % / Biso Wilson estimate: 44.18 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 9.71 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Num. unique obs: 1990 / CC1/2: 0.796 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→35.73 Å / SU ML: 0.2378 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 24.292 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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