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万見
- PDB-8tkz: Structure of fission yeast Duf89 protein bound to Co2+ and PO4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tkz
タイトルStructure of fission yeast Duf89 protein bound to Co2+ and PO4
要素Damage-control phosphatase SPCC1393.13
キーワードHYDROLASE / METAL-DEPENDENT PHOSPHATASE / DOMAIN OF UNKNOWN FUNCTION 89 (DUF89)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein carboxyl O-methyltransferase activity / : / fructose-1-phosphatase activity / fructose 6-phosphate aldolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / cellular detoxification / phosphatase activity / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Damage-control phosphatase ARMT1 / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain superfamily / Damage-control phosphatase ARMT1-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Damage-control phosphatase SPCC1393.13
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Jacewicz, A. / Sanchez, A.M. / Shuman, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126945 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0012704 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of fission yeast Duf89 protein bound to Co2+ and PO4
著者: Jacewicz, A. / Sanchez, A.M. / Shuman, S.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Damage-control phosphatase SPCC1393.13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,10712
ポリマ－50,2601
非ポリマー84711
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.109, 91.163, 106.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Damage-control phosphatase SPCC1393.13


分子量: 50260.191 Da / 分子数: 1 / 変異: D252N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ser0 remains after tag removal. Asp252Asn is an engineered mutation. Residues 198 to 211 were not modeled due to disorder.
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPCC1393.13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94725

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非ポリマー , 8種, 195分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: A solution containing 0.24 mM Duf89-D252N protein, 5 mM CoCl2, 10 mM sodium pyrophosphate (pH 6.5), 18.2 mM Tris-HCl (pH 7.5), 136.2 mM NaCl, and 0.455 mM EDTA was preincubated on ice for 30 ...詳細: A solution containing 0.24 mM Duf89-D252N protein, 5 mM CoCl2, 10 mM sodium pyrophosphate (pH 6.5), 18.2 mM Tris-HCl (pH 7.5), 136.2 mM NaCl, and 0.455 mM EDTA was preincubated on ice for 30 min. Aliquots were then mixed with equal volume of precipitant solution containing 0.01 M ZnSO4, 0.2 M MES (pH 6.5), and 25% (v/v) PEG-550 MME. Cryoprotectant: 100% paraffin oil

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 34041 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 30.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 1.138 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1677 / CC1/2: 0.618 / CC star: 0.874 / Rpim(I) all: 0.425 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→28.42 Å / SU ML: 0.2291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 23.1795
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 1829 5.86 %
Rwork0.1736 29362 -
obs0.1767 31191 91.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→28.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3439 0 42 184 3665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01283562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18044820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0645518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.4711470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.120.3231270.24122060X-RAY DIFFRACTION84.8
2.12-2.180.29231250.22892085X-RAY DIFFRACTION85.93
2.18-2.250.28581280.222081X-RAY DIFFRACTION86.53
2.25-2.330.2931350.20492124X-RAY DIFFRACTION87.19
2.33-2.420.26431360.19562173X-RAY DIFFRACTION89.08
2.42-2.530.27831380.18832168X-RAY DIFFRACTION89.35
2.53-2.670.2621430.19932236X-RAY DIFFRACTION91.78
2.67-2.830.28311360.19342250X-RAY DIFFRACTION92.19
2.83-3.050.29281470.19882332X-RAY DIFFRACTION93.94
3.05-3.360.23911480.19362370X-RAY DIFFRACTION96.4
3.36-3.840.20251490.15762403X-RAY DIFFRACTION97
3.84-4.840.1711540.1312480X-RAY DIFFRACTION98.32
4.84-28.420.17831630.15272600X-RAY DIFFRACTION98.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.811658623940.488136195383-1.473955848982.30333993588-0.2006276474832.75592083983-0.0151654477653-0.0637121391614-0.04393257265490.09674003722090.04446903613140.02906598023410.112861103687-0.0522428390309-0.01934498390660.146282852180.0161812306762-0.03796062144760.158439834445-0.02746749895130.1629333230569.6231786574413.7053451422-1.51168201455
24.686458281681.029005394090.4369226423275.862902244552.097627801655.74243804576-0.05459578401460.337927733416-0.281462412384-0.209750225756-0.4204299914490.3982150831170.508707625271-0.474757020310.4227410834430.439030831722-0.112695832988-0.03107163019110.2763078222310.001004491677840.417930641072-2.30536796814-12.2792431473-20.1208753604
32.871937095781.22351789136-0.1379979394311.74012268896-1.839581386023.139450390160.117413694540.439622383624-0.593749672404-0.516760040248-0.05704803678520.3137771838730.358313810316-0.439951671441-0.008706045579170.486441886546-0.0111418077189-0.05753466183870.439417936769-0.1342473909040.3811040804418.28783517833-8.49292785542-31.2138679784
42.075566788390.5663149930510.0840968036542.662834532740.6455062155541.794748321460.08839045837610.109504242557-0.224737037951-0.161352004883-0.0520856051109-0.07219932186580.335415795706-0.0367840151806-0.05550431683410.2735691557160.0283719628228-0.04215487104030.216823311842-0.05827825224840.17711678336913.7942807632-3.02842150115-18.1028605092
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 0 through 140 )0 - 1401 - 141
22chain 'B' and (resid 141 through 173 )141 - 173142 - 174
33chain 'B' and (resid 174 through 241 )174 - 241175 - 228
44chain 'B' and (resid 242 through 442 )242 - 442229 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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