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- PDB-8tkt: ZIG-4-INS-6 complex, C-centered monoclinic form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tkt
タイトルZIG-4-INS-6 complex, C-centered monoclinic form
要素
  • Probable insulin-like peptide beta-type 5
  • Zwei Ig domain protein zig-4
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / NEUROPEPTIDE / SIGNALING PROTEIN / PROTEIN BINDING / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dauer entry / dauer larval development / cellular response to salt / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / chemosensory behavior / olfactory learning / neuron development / insulin receptor binding / hormone activity / insulin receptor signaling pathway ...negative regulation of dauer entry / dauer larval development / cellular response to salt / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / chemosensory behavior / olfactory learning / neuron development / insulin receptor binding / hormone activity / insulin receptor signaling pathway / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Nematode insulin-like peptide, beta type / : / Nematode insulin-related peptide beta type / : / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...Nematode insulin-like peptide, beta type / : / Nematode insulin-related peptide beta type / : / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Zwei Ig domain protein zig-4 / Probable insulin-like peptide beta-type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cheng, S. / Baltrusaitis, E. / Aziz, Z. / Nawrocka, W.I. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS097161 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Nematode Extracellular Protein Interactome Expands Connections between Signaling Pathways.
著者: Nawrocka, W.I. / Cheng, S. / Hao, B. / Rosen, M.C. / Cortes, E. / Baltrusaitis, E.E. / Aziz, Z. / Kovacs, I.A. / Ozkan, E.
履歴
登録2023年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zwei Ig domain protein zig-4
B: Probable insulin-like peptide beta-type 5
C: Zwei Ig domain protein zig-4
D: Probable insulin-like peptide beta-type 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3744
ポリマ－60,3744
非ポリマー00
水1267
1
A: Zwei Ig domain protein zig-4
B: Probable insulin-like peptide beta-type 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1872
ポリマ－30,1872
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Zwei Ig domain protein zig-4
D: Probable insulin-like peptide beta-type 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1872
ポリマ－30,1872
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.430, 56.654, 73.685
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.247, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 43 through 136 or resid 138...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 43 through 136 or resid 138...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 63 or (resid 64 and (name...
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROPROHISHISAA43 - 1363 - 96
d_12ens_1THRTHRHISHISAA138 - 25098 - 210
d_21ens_1PROPROHISHISCC43 - 1363 - 96
d_22ens_1THRTHRHISHISCC138 - 25098 - 210
d_11ens_2GLYGLYPROPROBB63 - 1125 - 54
d_21ens_2GLYGLYPROPRODD63 - 1125 - 54

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.687748506915, -0.275613494988, 0.671594515029), (-0.194627830206, -0.961262079008, -0.195179976359), (0.699372575203, 0.00352375408172, -0.714748616096)-6.95293746865, -12.8546823602, 3.13309071759
2given(0.662627697418, -0.279219423044, 0.694953990139), (-0.206001300516, -0.960063900097, -0.189316591761), (0.720061107685, -0.0177150084854, -0.693684495772)-7.19900636346, -13.2434805574, 3.02484268385

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要素

#1: タンパク質 Zwei Ig domain protein zig-4


分子量: 23689.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: zig-4 / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G5ECB1
#2: タンパク質 Probable insulin-like peptide beta-type 5 / INS-6


分子量: 6497.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ins-6 / Cell (発現宿主): Baculovirus / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P56174
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M bis-tris propane, pH 6.8, 28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→200 Å / Num. obs: 28028 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 56.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.131 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4412 / CC1/2: 0.652 / Rsym value: 1.131 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5015精密化
XDS20190806データ削減
XDS20190806データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→53.13 Å / SU ML: 0.3491 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 37.3522
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 1374 4.91 %Random selection
Rwork0.2152 26612 --
obs0.2172 27986 98.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→53.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3869 0 0 7 3876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63115372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.86391394
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.742136151496
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.06010811591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.380.47211330.43522584X-RAY DIFFRACTION95.27
2.38-2.470.45131310.38792630X-RAY DIFFRACTION98.89
2.47-2.590.41961250.33722683X-RAY DIFFRACTION99.08
2.59-2.720.36251190.31872660X-RAY DIFFRACTION99.04
2.72-2.890.30881420.28332630X-RAY DIFFRACTION98.58
2.89-3.120.33441310.24362693X-RAY DIFFRACTION99.44
3.12-3.430.27031420.22342656X-RAY DIFFRACTION99.36
3.43-3.930.21511440.19952674X-RAY DIFFRACTION98.6
3.93-4.950.19611330.16012688X-RAY DIFFRACTION98.12
4.95-53.130.21541740.17782714X-RAY DIFFRACTION98.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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