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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tka | ||||||
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タイトル | Structure of Orthoreovirus RNA Chaperone SigmaNS R6A mutant | ||||||
要素 | Protein sigma-NS | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RNA-binding protein / RNA chaperone | ||||||
機能・相同性 | Reovirus non-structural protein sigma NS / Sigma NS protein / host cell cytoplasm / single-stranded RNA binding / RNA-dependent RNA polymerase activity / Protein sigma-NS 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mammalian orthoreovirus 1 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Prasad, B.V.V. / Zhao, B. / Hu, L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure of orthoreovirus RNA chaperone sigma NS, a component of viral replication factories. 著者: Zhao, B. / Hu, L. / Kaundal, S. / Neetu, N. / Lee, C.H. / Somoulay, X. / Sankaran, B. / Taylor, G.M. / Dermody, T.S. / Venkataram Prasad, B.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tka.cif.gz | 150 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tka.ent.gz | 120.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tka.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tka_validation.pdf.gz | 435.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tka_full_validation.pdf.gz | 448.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8tka_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tka_validation.cif.gz | 35.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/8tka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/8tka | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tl1C 8tl8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42136.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mammalian orthoreovirus 1 (ウイルス) 遺伝子: S3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03526 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.2% colic acid derivative, 0.1M buffer system 3 and 30% precipitant mix 3 (molecular dimension) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→118.74 Å / Num. obs: 41323 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.069 / Num. unique obs: 29506 / Rpim(I) all: 0.023 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→118.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 24.392 / SU ML: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.303 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→118.74 Å
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拘束条件 |
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