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- PDB-8tj3: Structural basis of peptidoglycan synthesis by E. coli RodA-PBP2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tj3
タイトルStructural basis of peptidoglycan synthesis by E. coli RodA-PBP2 complex
要素
  • Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
  • Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Peptidoglycan / glycosyltransferase / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / acyltransferase activity / glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape ...peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / acyltransferase activity / glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Probable peptidoglycan glycosyltransferase RodA/MrdB / Cell cycle, FtsW / RodA / SpoVE, conserved site / Cell cycle proteins ftsW / rodA / spoVE signature. / Penicillin-binding protein 2 / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase ...Probable peptidoglycan glycosyltransferase RodA/MrdB / Cell cycle, FtsW / RodA / SpoVE, conserved site / Cell cycle proteins ftsW / rodA / spoVE signature. / Penicillin-binding protein 2 / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB / Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Nygaard, R. / Mancia, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM132120 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of peptidoglycan synthesis by E. coli RodA-PBP2 complex.
著者: Rie Nygaard / Chris L B Graham / Meagan Belcher Dufrisne / Jonathan D Colburn / Joseph Pepe / Molly A Hydorn / Silvia Corradi / Chelsea M Brown / Khuram U Ashraf / Owen N Vickery / Nicholas S ...著者: Rie Nygaard / Chris L B Graham / Meagan Belcher Dufrisne / Jonathan D Colburn / Joseph Pepe / Molly A Hydorn / Silvia Corradi / Chelsea M Brown / Khuram U Ashraf / Owen N Vickery / Nicholas S Briggs / John J Deering / Brian Kloss / Bruno Botta / Oliver B Clarke / Linda Columbus / Jonathan Dworkin / Phillip J Stansfeld / David I Roper / Filippo Mancia /
要旨: Peptidoglycan (PG) is an essential structural component of the bacterial cell wall that is synthetized during cell division and elongation. PG forms an extracellular polymer crucial for cellular ...Peptidoglycan (PG) is an essential structural component of the bacterial cell wall that is synthetized during cell division and elongation. PG forms an extracellular polymer crucial for cellular viability, the synthesis of which is the target of many antibiotics. PG assembly requires a glycosyltransferase (GT) to generate a glycan polymer using a Lipid II substrate, which is then crosslinked to the existing PG via a transpeptidase (TP) reaction. A Shape, Elongation, Division and Sporulation (SEDS) GT enzyme and a Class B Penicillin Binding Protein (PBP) form the core of the multi-protein complex required for PG assembly. Here we used single particle cryo-electron microscopy to determine the structure of a cell elongation-specific E. coli RodA-PBP2 complex. We combine this information with biochemical, genetic, spectroscopic, and computational analyses to identify the Lipid II binding sites and propose a mechanism for Lipid II polymerization. Our data suggest a hypothesis for the movement of the glycan strand from the Lipid II polymerization site of RodA towards the TP site of PBP2, functionally linking these two central enzymatic activities required for cell wall peptidoglycan biosynthesis.
履歴
登録2023年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / em_3d_fitting_list
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB
C: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4522
ポリマ－111,4522
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan glycosyltransferase MrdB


分子量: 40508.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rodA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TJJ2
#2: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA


分子量: 70943.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pbpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TL65

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RodA-PBP2 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Nanodisc were formed using MSP1E3D1 and POPG lipid / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.111803 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine1
試料濃度: 0.66 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 58.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11120

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4cryoSPARC2.12CTF補正
5cryoSPARC3.2CTF補正
8Cootモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
14cryoSPARC2.12 and 3.2３次元再構成Local refinement
CTF補正詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4415933
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 399000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 4F0A

4f0a


Accession code: 4F0A / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036620
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5519006
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.122906
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041047
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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