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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tic | ||||||
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タイトル | Structure of human beta 1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 with compound 1 | ||||||
要素 | N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / acetylglucosaminyltransferase / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1,3-galactosyltransferase activity / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / keratan sulfate biosynthetic process / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / Keratan sulfate biosynthesis / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / axon guidance ...N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1,3-galactosyltransferase activity / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / keratan sulfate biosynthetic process / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / Keratan sulfate biosynthesis / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / axon guidance / cellular response to leukemia inhibitory factor / sensory perception of smell / Golgi membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sudom, A. / Min, X. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Imidazolone as an Amide Bioisostere in the Development of beta-1,3- N -Acetylglucosaminyltransferase 2 (B3GNT2) Inhibitors. 著者: Jackson, J.J. / Siegmund, A.C. / Bai, W.J. / Reed, A.B. / Birkholz, A.B. / Campuzano, I.D.G. / Crequer-Grandhomme, A. / Hu, R. / Modak, R.V. / Sudom, A. / Javier, N. / Sanders, C. / Lo, M.C. ...著者: Jackson, J.J. / Siegmund, A.C. / Bai, W.J. / Reed, A.B. / Birkholz, A.B. / Campuzano, I.D.G. / Crequer-Grandhomme, A. / Hu, R. / Modak, R.V. / Sudom, A. / Javier, N. / Sanders, C. / Lo, M.C. / Xie, F. / Cee, V.J. / Manzanillo, P. / Allen, J.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tic.cif.gz | 286.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tic.ent.gz | 230.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tic.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tic_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tic_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tic_validation.xml.gz | 50.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tic_validation.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8tic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8tic | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sz3C 8tjcC 7jhkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 46085.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B3GNT2, B3GALT7, B3GNT1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NY97, N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase |
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-糖 , 2種, 6分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 69分子
#4: 化合物 | ChemComp-FKX / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.17 M sodium acetate, 0.08 M Tris pH 8.5, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→29.98 Å / Num. obs: 46965 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 44.13 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.392 / Rpim(I) all: 0.132 / Rrim(I) all: 0.415 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 2.503 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4559 / CC1/2: 0.328 / Rpim(I) all: 0.822 / Rrim(I) all: 2.639 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7JHK 解像度: 2.7→29.98 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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