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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ti9 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of octamer assembly of Shedu nuclease domain from Bacillus cereus | ||||||
要素 | Shedu protein SduA | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Shedu / DUF4263 / Bacterial defense systems / Nuclease / Anti-plasmid defense system / PD-(D/E)XK nuclease / Whirly domain / Two-component signaling | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF4263 / : / Shedu protein SduA, C-terminal / Shedu protein SduA, N-terminal / nuclease activity / defense response to virus / Shedu protein SduA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus B4264 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | ||||||
データ登録者 | Gu, Y. / Corbett, K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Shedu anti-phage nucleases share a common enzymatic core regulated by diverse sensor domains 著者: Gu, Y. / Corbett, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ti9.cif.gz | 308.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ti9.ent.gz | 252.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ti9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ti9_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ti9_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ti9_validation.xml.gz | 57.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ti9_validation.cif.gz | 84.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8ti9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8ti9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26236.760 Da / 分子数: 8 / 変異: E264A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus cereus B4264 (バクテリア) 遺伝子: sduA, BCB4264_A0974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7HFR2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bacillus cereus Shedu delta_NL octamer / タイプ: COMPLEX 詳細: Octamer assembly of Bacillus cereus Shedu nuclease domain, which truncates the N-terminal and linker region. Glutamic acid 264 is mutated to Alanine. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.216 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Bacillus cereus B4264 (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Prepared using deionized water and filtered strelized. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Freshly collected from size-exclusion column | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138326 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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