PDB-8thp: PorX phosphatase null mutant (T271V)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8thp

タイトル

PorX phosphatase null mutant (T271V)

要素

Response regulator receiver protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Type-IX secretion system / response regulator / alkaline phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Saran, A. / Zeytuni, N.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2024
タイトル: Unveiling the molecular mechanisms of the type IX secretion system's response regulator: Structural and functional insights.
著者: Saran, A. / Kim, H.M. / Manning, I. / Hancock, M.A. / Schmitz, C. / Madej, M. / Potempa, J. / Sola, M. / Trempe, J.F. / Zhu, Y. / Davey, M.E. / Zeytuni, N.

履歴

登録	2023年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8thp.cif.gz	216.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8thp.ent.gz	171.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8thp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8thp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8thp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tedC 8tefC 8tffC 8tfmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator receiver protein

B: Response regulator receiver protein

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.089, 96.978, 130.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Response regulator receiver protein 分子量: 60520.293 Da / 分子数: 2 / 変異: T271V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101) (バクテリア) 株: ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101 遺伝子: Fjoh_2906 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FFU4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.14 詳細: 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.14, 14.4% polyethylene glycol 8K, 20% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.953 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 34201 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 1.415 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 169922

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	5.1	0.367	1656	0.865	0.963	0.179	0.409	0.606	99.8
2.64-2.69	5.1	0.359	1703	0.865	0.963	0.173	0.4	0.665	100
2.69-2.74	5	0.314	1674	0.885	0.969	0.154	0.351	0.73	99.8
2.74-2.8	4.7	0.279	1684	0.905	0.975	0.14	0.313	0.816	99.9
2.8-2.86	5	0.254	1681	0.918	0.978	0.124	0.283	0.872	99.8
2.86-2.93	5.4	0.245	1689	0.944	0.985	0.114	0.271	0.976	100
2.93-3	5.4	0.223	1679	0.954	0.988	0.104	0.246	0.976	100
3-3.08	5.4	0.194	1708	0.959	0.989	0.09	0.214	1.187	100
3.08-3.17	5.3	0.174	1702	0.97	0.992	0.081	0.192	1.286	100
3.17-3.28	5.3	0.156	1693	0.972	0.993	0.075	0.174	1.406	100
3.28-3.39	5.2	0.137	1689	0.982	0.996	0.065	0.152	1.542	100
3.39-3.53	5.1	0.126	1698	0.987	0.997	0.06	0.14	1.807	100
3.53-3.69	5.1	0.108	1698	0.989	0.997	0.052	0.12	1.982	100
3.69-3.88	4.9	0.097	1723	0.987	0.997	0.048	0.109	2.057	100
3.88-4.13	4.8	0.087	1700	0.991	0.998	0.043	0.097	2.092	99.9
4.13-4.45	4.5	0.072	1729	0.992	0.998	0.038	0.082	2.206	99.9
4.45-4.89	4	0.061	1729	0.994	0.998	0.034	0.07	2.065	99.9
4.89-5.6	4.3	0.064	1740	0.994	0.998	0.033	0.072	1.912	99.5
5.6-7.05	4.8	0.062	1757	0.996	0.999	0.03	0.069	1.812	99.2
7.05-50	4.8	0.037	1869	0.999	1	0.017	0.041	1.655	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→45.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.848 / SU B: 19.614 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30458	1800	5.3 %	RANDOM
R_work	0.24968	-	-	-
obs	0.25256	32346	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.536 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.32 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→45.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8257	0	10	44	8311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	8443
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.068	1.641	11395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.362	1.571	18843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.301	5	998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.569	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.146	10	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9450
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.681	5.052	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.681	5.052	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.237	9.081	4999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.236	9.081	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.29	5.317	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.29	5.317	4435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.866	9.672	6396
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.448	61.23	36682
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.448	61.23	36683
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.604→2.671 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	120	-
R_work	0.355	2288	-
obs	-	-	96.86 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)