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- PDB-8th5: Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8th5
タイトルCrystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein P13L mutant
要素
  • Nucleoprotein核タンパク質
  • Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
キーワードHydrolase/Viral Protein / NTF2L USP10 / PEPTIDE BINDING PROTEIN / Hydrolase-Viral Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / intracellular non-membrane-bounded organelle / MHC class I protein binding ...DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / intracellular non-membrane-bounded organelle / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / stress granule assembly / RNA stem-loop binding / DNA helicase activity / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / MHC class I protein complex / cytoplasmic stress granule / Interleukin-1 signaling / カプシド / Interferon alpha/beta signaling / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / perikaryon / viral nucleocapsid / endonuclease activity / defense response to virus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / ヘリカーゼ / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Ras protein signal transduction / Attachment and Entry / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / 自然免疫系 / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Nucleocapsid protein, coronavirus ...G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Coronavirus nucleocapsid / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / NTF2-like domain superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
核タンパク質 / Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Hughes, M.P. / Taylor, J.P. / Yang, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)R35NS097974 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Interaction between host G3BP and viral nucleocapsid protein regulates SARS-CoV-2 replication and pathogenicity.
著者: Yang, Z. / Johnson, B.A. / Meliopoulos, V.A. / Ju, X. / Zhang, P. / Hughes, M.P. / Wu, J. / Koreski, K.P. / Clary, J.E. / Chang, T.C. / Wu, G. / Hixon, J. / Duffner, J. / Wong, K. / Lemieux, ...著者: Yang, Z. / Johnson, B.A. / Meliopoulos, V.A. / Ju, X. / Zhang, P. / Hughes, M.P. / Wu, J. / Koreski, K.P. / Clary, J.E. / Chang, T.C. / Wu, G. / Hixon, J. / Duffner, J. / Wong, K. / Lemieux, R. / Lokugamage, K.G. / Alvarado, R.E. / Crocquet-Valdes, P.A. / Walker, D.H. / Plante, K.S. / Plante, J.A. / Weaver, S.C. / Kim, H.J. / Meyers, R. / Schultz-Cherry, S. / Ding, Q. / Menachery, V.D. / Taylor, J.P.
履歴
登録2023年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
C: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
D: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
E: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
F: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
G: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
H: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
I: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
J: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
K: Nucleoprotein
P: Nucleoprotein
L: Nucleoprotein
M: Nucleoprotein
O: Nucleoprotein
Q: Nucleoprotein
N: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,35017
ポリマ－177,35017
非ポリマー00
水1,15364
1
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
K: Nucleoprotein
P: Nucleoprotein

F: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0444
ポリマ－37,0444
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
2
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
L: Nucleoprotein

E: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
O: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0444
ポリマ－37,0444
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
3
C: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
M: Nucleoprotein

H: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4213
ポリマ－34,4213
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PISA
4
D: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
G: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
N: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4213
ポリマ－34,4213
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
5
I: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
Q: Nucleoprotein

J: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4213
ポリマ－34,4213
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.600, 69.450, 101.040
Angle α, β, γ (deg.)70.66, 76.86, 88.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 15899.076 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, ヘリカーゼ, ヘリカーゼ
#2: タンパク質・ペプチド
Nucleoprotein / 核タンパク質 / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 2622.785 Da / 分子数: 7 / Mutation: P13L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→92.77 Å / Num. obs: 31252 / % possible obs: 71.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.898 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.62→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique obs: 440 / % possible all: 7.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.62→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.767 / SU B: 16.507 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.578 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33622 1633 5 %RANDOM
Rwork0.22566 ---
obs0.23099 31252 71.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.173 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0.03 Å20.03 Å2
2---0.02 Å20.01 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.62→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10235 0 0 64 10299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01110514
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0169755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.6714207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4381.58622199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.90551263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.702574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.169101640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2883.615154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2873.615154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8846.4766374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8836.4766375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7773.635360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7773.6315361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.066.6387831
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.80341.111529
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.80341.111530
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.691 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.583 12 -
Rwork0.309 148 -
obs--4.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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