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- PDB-8tgo: Crystal structure of the BG505 triple tandem trimer gp140 HIV-1 E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tgo
タイトルCrystal structure of the BG505 triple tandem trimer gp140 HIV-1 Env in complex with PGT124 and 35O22
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • 35O22 scFv
  • PGT124 heavy chain
  • PGT124 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / envelope / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.75 Å
データ登録者Xian, Y. / Yuan, M. / Wilson, I.A.
資金援助European Union, 米国, 6件
組織認可番号国
European Union (EU)681137European Union
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110657 米国
International AIDS Vaccine Initiative 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1111923 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1132237 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2024
タイトル: Triple tandem trimer immunogens for HIV-1 and influenza nucleic acid-based vaccines.
著者: Iván Del Moral-Sánchez / Edmund G Wee / Yuejiao Xian / Wen-Hsin Lee / Joel D Allen / Alba Torrents de la Peña / Rebeca Fróes Rocha / James Ferguson / André N León / Sylvie Koekkoek / ...著者: Iván Del Moral-Sánchez / Edmund G Wee / Yuejiao Xian / Wen-Hsin Lee / Joel D Allen / Alba Torrents de la Peña / Rebeca Fróes Rocha / James Ferguson / André N León / Sylvie Koekkoek / Edith E Schermer / Judith A Burger / Sanjeev Kumar / Robby Zwolsman / Mitch Brinkkemper / Aafke Aartse / Dirk Eggink / Julianna Han / Meng Yuan / Max Crispin / Gabriel Ozorowski / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Tomáš Hanke / Kwinten Sliepen / Rogier W Sanders /
要旨: Recombinant native-like HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimers are used in candidate vaccines aimed at inducing broadly neutralizing antibodies. While state-of-the-art SOSIP or single-chain Env ...Recombinant native-like HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimers are used in candidate vaccines aimed at inducing broadly neutralizing antibodies. While state-of-the-art SOSIP or single-chain Env designs can be expressed as native-like trimers, undesired monomers, dimers and malformed trimers that elicit non-neutralizing antibodies are also formed, implying that these designs could benefit from further modifications for gene-based vaccination approaches. Here, we describe the triple tandem trimer (TTT) design, in which three Env protomers are genetically linked in a single open reading frame and express as native-like trimers. Viral vectored Env TTT induced similar neutralization titers but with a higher proportion of trimer-specific responses. The TTT design was also applied to generate influenza hemagglutinin (HA) trimers without the need for trimerization domains. Additionally, we used TTT to generate well-folded chimeric Env and HA trimers that harbor protomers from three different strains. In summary, the TTT design is a useful platform for the design of HIV-1 Env and influenza HA immunogens for a multitude of vaccination strategies.
履歴
登録2023年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Envelope glycoprotein gp41
D: 35O22 scFv
C: PGT124 light chain
G: Envelope glycoprotein gp120
O: PGT124 heavy chain
H: Envelope glycoprotein gp41
L: 35O22 scFv
P: PGT124 light chain
R: Envelope glycoprotein gp120
S: PGT124 heavy chain
a: Envelope glycoprotein gp41
b: 35O22 scFv
c: PGT124 light chain
e: Envelope glycoprotein gp120
f: PGT124 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)476,17572
ポリマ－452,28415
非ポリマー23,89157
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)357.592, 212.044, 207.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 BHaGRe

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp41


分子量: 17855.959 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 509-661 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6
#4: タンパク質 Envelope glycoprotein gp120


分子量: 54164.121 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-504 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

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タンパク質 , 1種, 3分子 OSf

#5: タンパク質 PGT124 heavy chain


分子量: 25345.420 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 2種, 6分子 DLbCPc

#2: 抗体 35O22 scFv


分子量: 30339.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 PGT124 light chain


分子量: 23056.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 6種, 57分子

#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.08 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M zinc acetate, 11.5 % w/v PEG3000, pH 4.83

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.75→60 Å / Num. obs: 33735 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.239 / Χ2: 1.464 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
5.8-5.95.71.76316230.6650.8940.7941.9410.84594
5.9-6.015.61.79516070.6210.8750.8191.980.82393.5
6.01-6.126.21.86216530.7710.9330.8082.0360.84196.7
6.12-6.257.11.78217280.8190.9490.7151.9220.84499.6
6.25-6.387.31.62316790.8510.9590.6411.7470.85699.5
6.38-6.537.41.38617090.8750.9660.5451.4910.89799.6
6.53-6.697.41.13417180.9420.9850.4451.220.9199.8
6.69-6.887.41.10617060.9150.9780.4351.1890.95299.5
6.88-7.087.40.9117030.9490.9870.3590.9790.97899.5
7.08-7.317.30.85316960.9390.9840.3370.9180.94499.5
7.31-7.577.30.57417230.9730.9930.2290.6191.12599.4
7.57-7.877.30.49117000.9730.9930.1950.5291.16899.4
7.87-8.237.20.3417270.9830.9960.1370.3671.41499.7
8.23-8.667.10.26417220.9880.9970.1070.2851.56499.7
8.66-9.270.19917040.9870.9970.0810.2151.79199.6
9.2-9.916.80.16217220.9880.9970.0670.1762.25998.8
9.91-10.96.40.1217000.9930.9980.0510.132.7198.2
10.9-12.465.70.09715800.9950.9990.0440.1072.98891.8
12.46-15.656.90.09917460.9940.9980.0410.1073.28399.9
15.65-6060.07415890.9960.9990.0320.0812.70789

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5CEZ

5cez


解像度: 5.75→41.08 Å / SU ML: 0.8 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2916 1551 4.64 %
Rwork0.2418 --
obs0.2441 33412 92.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.75→41.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28076 0 1569 0 29645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00330312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58741251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.494742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045059
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.75-5.930.3448540.30061381X-RAY DIFFRACTION44
5.93-6.140.36571360.312896X-RAY DIFFRACTION93
6.14-6.390.38171840.28943046X-RAY DIFFRACTION99
6.39-6.680.33341400.28173108X-RAY DIFFRACTION99
6.68-7.030.31171380.27763082X-RAY DIFFRACTION99
7.03-7.470.33511640.25643123X-RAY DIFFRACTION99
7.47-8.040.33941340.23243090X-RAY DIFFRACTION99
8.04-8.840.3081660.22633078X-RAY DIFFRACTION99
8.84-10.10.22551630.18693099X-RAY DIFFRACTION99
10.1-12.660.24421270.20062989X-RAY DIFFRACTION94
12.67-41.080.29211450.26752969X-RAY DIFFRACTION92

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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