PDB-8tfp: Fab from C10-S66K antibody in complex with carfentanil

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tfp

タイトル

Fab from C10-S66K antibody in complex with carfentanil

要素

Heavy chain of Fab from C10-S66K antibody
Light chain of Fab from C10-S66K antibody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / fentanyl analogue / carfentanil / opioid.

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Carfentanil

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Pholcharee, T. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2023
タイトル: An Engineered Human-Antibody Fragment with Fentanyl Pan-Specificity That Reverses Carfentanil-Induced Respiratory Depression.
著者: Eubanks, L.M. / Pholcharee, T. / Oyen, D. / Natori, Y. / Zhou, B. / Wilson, I.A. / Janda, K.D.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tfp.cif.gz	345.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tfp.ent.gz	279.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tfp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tfp_validation.pdf.gz	983 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tfp_full_validation.pdf.gz	990.3 KB	表示
XML形式データ	8tfp_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	8tfp_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tfqC 8tfrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Light chain of Fab from C10-S66K antibody

L: Light chain of Fab from C10-S66K antibody

B: Heavy chain of Fab from C10-S66K antibody

H: Heavy chain of Fab from C10-S66K antibody

ヘテロ分子

94.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Light chain of Fab from C10-S66K antibody

B: Heavy chain of Fab from C10-S66K antibody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.1 kDa, 2 ポリマー
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2

L: Light chain of Fab from C10-S66K antibody

H: Heavy chain of Fab from C10-S66K antibody

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.050, 73.492, 95.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Light chain of Fab from C10-S66K antibody 分子量: 22898.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Heavy chain of Fab from C10-S66K antibody 分子量: 23831.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-84K / Carfentanil / methyl 1-(2-phenylethyl)-4-(N-phenylpropanamido)piperidine-4-carboxylate / カルフェンタニル分子量: 394.507 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0 M Li-chloride, 10% PEG-6000, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→95.09 Å / Num. obs: 91341 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.965 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / Num. unique obs: 4542 / CC_1/2: 0.862

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19_4092: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→34.72 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	2001	2.19 %
R_work	0.1782	-	-
obs	0.1789	91258	97.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→34.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6296	0	58	806	7160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6689
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.891	9200
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.98	957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1175

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.83	0.2409	134	0.19	6407	X-RAY DIFFRACTION	98
1.83-1.88	0.2446	132	0.1797	6401	X-RAY DIFFRACTION	98
1.88-1.93	0.2039	144	0.1752	6382	X-RAY DIFFRACTION	98
1.93-1.99	0.2245	145	0.1744	6330	X-RAY DIFFRACTION	98
1.99-2.06	0.1999	152	0.1789	6242	X-RAY DIFFRACTION	96
2.06-2.15	0.2075	131	0.1829	6125	X-RAY DIFFRACTION	94
2.15-2.25	0.2281	140	0.1846	6309	X-RAY DIFFRACTION	97
2.25-2.36	0.2274	157	0.1848	6509	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.51	0.25	141	0.1906	6435	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.71	0.2273	146	0.1999	6436	X-RAY DIFFRACTION	98
2.71-2.98	0.2178	144	0.1933	6364	X-RAY DIFFRACTION	97
2.98-3.41	0.2162	143	0.1834	6280	X-RAY DIFFRACTION	96
3.41-4.29	0.1765	144	0.1604	6540	X-RAY DIFFRACTION	99
4.29-34.72	0.176	148	0.165	6497	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0923	-0.0719	0.0543	0.0853	-0.0162	0.0759	0.0147	-0.0723	0.0555	-0.0162	0.0523	0.0205	0.0482	-0.097	0.0163	0.0593	0.0021	-0.0026	0.1131	0.0272	0.0811	-57.664	-3.696	-62.486
2	0.0034	-0.0024	-0.001	0.0016	-0.0004	0.0009	0.0633	-0.0408	-0.0259	-0.0123	-0.0085	-0.111	0.0258	-0.0309	0	0.1285	-0.0191	0.0163	0.2987	0.0053	0.1447	-67.945	-0.868	-43.771
3	0.1123	0.0269	-0.1002	0.0635	-0.057	0.0923	-0.0015	0.0181	0.1994	-0.031	0.1286	0.0639	-0.0079	-0.0315	0.0074	0.0921	-0.0181	-0.0069	0.1545	-0.0056	0.1413	-58.901	5.439	-21.934
4	0.0665	0.0339	-0.0832	0.0538	-0.0081	0.1066	0.0266	-0.0207	-0.0588	-0.0026	-0.0234	0.0082	-0.0441	-0.1041	-0.0084	0.0895	0.0091	0.0007	0.1284	0.0062	0.055	-24.153	0.272	16.237
5	0.0382	0.024	0.0346	0.03	0.0076	0.0324	0.0545	0.0031	0.0384	-0.023	0.0054	-0.0445	0.0193	-0.0051	0.0007	0.0914	0.0151	0.0071	0.1552	-0.0139	0.0987	-22.286	-7.266	-18.627
6	0.1039	0.0174	0.0155	0.0395	-0.0381	0.0352	0.0565	-0.031	-0.0849	0.03	0.098	-0.0367	0.0925	-0.0025	0.0016	0.1403	0.0081	0.0064	0.1464	-0.0181	0.0901	-25.667	-12.37	-21.3
7	0.0672	0.004	-0.018	0.0047	-0.0033	0.0242	0.0758	-0.088	-0.0445	-0.0044	-0.0397	0.0238	0.0445	0.0436	0.0022	0.102	-0.0056	0.009	0.0653	-0.0168	0.1078	-34.831	-12.407	-53.232
8	0.0572	0.0382	0.0351	0.0295	0.005	0.0469	0.0436	-0.0027	0.0224	-0.0167	-0.0481	-0.054	-0.0175	-0.0322	0	0.0687	0.0168	0.0115	0.0412	-0.0093	0.0716	-34.836	-6.414	-59.743
9	0.056	-0.0664	0.0006	0.0606	0.0031	0.0088	0.075	0.0285	-0.0217	-0.027	0.0164	-0.0686	-0.0566	-0.014	0.0004	0.0742	-0.0098	0.0041	0.0559	-0.0155	0.0703	-39.984	-4.146	-52.404
10	0.0269	-0.011	-0.0141	0.0166	0.0284	0.0459	-0.0233	-0.0023	-0.0182	-0.0023	-0.0135	0.131	0.0566	-0.067	-0.0486	0.0796	-0.1737	0.0672	-0.1151	0.0907	0.1112	-50.264	-5.21	-26.202
11	0.0251	0.0265	0.0102	0.0413	0.0377	0.065	-0.023	-0.0825	-0.1154	-0.0229	0.0527	0.038	-0.0294	0.0249	0.0223	0.1279	0.0063	0.0276	0.0963	0.0702	0.1235	-43.403	-10.557	-23.178
12	0.0322	0.0041	0.0186	0.0064	-0.0075	0.0222	0.0106	0.077	0.0134	0.0221	-0.0475	0.0449	-0.0386	0.0854	-0.0006	0.1306	0.0057	-0.0011	0.0778	-0.0185	0.1044	-0.048	4.284	6.472
13	0.1032	-0.0344	-0	0.0393	0.0009	0.0967	0.0419	-0.0492	-0.0366	0.0261	-0.0522	-0.0254	0.0051	-0.0236	-0	0.0625	-0.0041	-0.0113	0.045	-0.0057	0.0648	-3.285	0.304	12.828
14	0.0827	0.0287	-0.0291	0.0587	0.0072	0.0648	-0.0212	0.127	0.076	0.015	-0.0014	0.0519	-0.0179	-0.0084	0.0018	0.1226	0.0388	-0.0417	0.1082	0.0134	0.1341	-12.115	-0.483	-18.82

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:102 )	A	3 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 103:115 )	A	103 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 116:209 )	A	116 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 3:102 )	L	3 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 103:139 )	L	103 - 139
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN L AND RESID 140:209 )	L	140 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:33 )	B	1 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 34:83 )	B	34 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 84:125 )	B	84 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 131:195 )	B	131 - 195
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 196:212 )	B	196 - 212
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN H AND RESID 2:33 )	H	2 - 33
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN H AND RESID 34:117 )	H	34 - 117
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN H AND RESID 118:213 )	H	118 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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