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- PDB-8tfl: Ricin in complex with Fab SylH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tfl
タイトルRicin in complex with Fab SylH3
要素
  • Ricin A chain
  • Ricin B chain
  • SylH3 Fab heavy chain
  • SylH3 Fab light chain
キーワードTOXIN / Ricin toxin / monoclonal antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil ...Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Ricin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Mantis, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400021C 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Antibody-Mediated Inhibition of Ricin Toxin Attachment to Host Cells.
著者: Vance, D.J. / Rudolph, M.J. / Davis, S.A. / Mantis, N.J.
履歴
登録2023年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: SylH3 Fab light chain
H: SylH3 Fab heavy chain
A: Ricin A chain
B: Ricin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1088
ポリマ－104,6234
非ポリマー1,4844
水79344
1
A: Ricin A chain
B: Ricin B chain
ヘテロ分子

L: SylH3 Fab light chain
H: SylH3 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1088
ポリマ－104,6234
非ポリマー1,4844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544-x,y-1/2,-z-11
Buried area9310 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area39710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.420, 126.927, 102.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Ricin A chain / rRNA N-glycosidase


分子量: 29087.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#4: タンパク質 Ricin B chain


分子量: 28918.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 SylH3 Fab light chain


分子量: 23327.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 SylH3 Fab heavy chain


分子量: 23288.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 2種, 3分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C8N1O3>]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 45分子

#6: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M ammonium fluoride and 20% PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 27100 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.44 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.89-2.953.93.96712430.4420.7832.1614.5620.95990
2.95-34.32.2512780.4480.7871.1652.5550.98792.7
3-3.064.91.88212980.6250.8770.922.1070.97993
3.06-3.125.31.09913160.6770.8990.5111.2180.97693.4
3.12-3.195.80.80212960.7860.9380.3550.881194.9
3.19-3.275.90.59813210.8230.950.260.6550.97796.1
3.27-3.356.30.48613550.8980.9730.2040.5291.0296.2
3.35-3.446.60.43113460.9060.9750.1770.4681.04797.4
3.44-3.5470.31713700.9390.9840.1270.3421.09696.5
3.54-3.657.90.24113520.9670.9910.0910.2581.27998.6
3.65-3.788.70.20613730.9740.9930.0750.221.65798.3
3.78-3.949.30.20313810.9890.9970.070.2151.17699
3.94-4.119.60.16114070.9940.9980.0550.1711.28998.4
4.11-4.339.80.12413510.9960.9990.0420.1311.45999.5
4.33-4.69.90.10213860.9960.9990.0350.1081.77398.9
4.6-4.96100.09214030.9980.9990.0310.0971.37599
4.96-5.4610.30.08613830.9970.9990.0280.0911.23899.5
5.46-6.2410.50.08714050.9970.9990.0280.0911.29699.4
6.24-7.8611.30.0713920.99910.0220.0731.43999.8
7.86-5010.50.03814440.99910.0120.041.7399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AAI, 4M7K, 3FMG

2aai

4m7k

3fmg


解像度: 2.89→43.62 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 1309 4.87 %
Rwork0.2334 --
obs0.2361 26886 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→43.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7298 0 84 44 7426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5572742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-3.010.43751580.342512X-RAY DIFFRACTION87
3.01-3.150.43411400.35452770X-RAY DIFFRACTION94
3.15-3.310.34121330.30082848X-RAY DIFFRACTION95
3.31-3.520.31771600.28112866X-RAY DIFFRACTION97
3.52-3.790.32921380.25112909X-RAY DIFFRACTION98
3.79-4.170.34571450.25042819X-RAY DIFFRACTION96
4.17-4.780.22751510.19782866X-RAY DIFFRACTION97
4.78-6.020.26661360.20452985X-RAY DIFFRACTION99
6.02-43.620.2181480.18693002X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0688-0.7751-0.82875.4173-3.40556.02640.39220.81240.6692-1.5486-0.6233-0.5476-0.10030.40060.22171.21850.16580.15330.61320.15990.581220.978211.7404-48.1609
22.9374-1.6067-0.1764.6715-2.66674.35310.45830.67590.0873-1.1729-0.6639-0.00920.40510.49590.29051.0346-0.00190.02980.47220.06090.554117.386313.3959-45.6933
31.2969-0.0230.9839-0.07270.08220.930.459-0.67110.0467-2.43751.11-0.3272-0.0111-1.2647-1.39842.00930.37110.04631.12110.36660.848611.28530.2719-58.247
46.8717-5.7644-2.85455.97121.24423.21441.30030.48291.1834-0.6745-0.489-0.7819-1.0425-0.6752-0.7371.67710.16140.20130.80520.22890.7839-3.748442.7284-48.7663
53.2199-1.6349-0.4678-0.08250.01110.26491.0492-0.39971.2036-1.1857-0.4871-0.2316-0.2534-0.0553-0.62462.31770.30930.28560.69710.41170.785-0.363242.0806-45.9975
64.15370.5827-0.97770.24520.5511.78060.10630.87642.11540.6182-0.0822-0.7203-0.9682-0.09120.20462.30470.40.41291.06980.46281.4865-4.879251.7327-51.9089
77.5967-3.3447-2.45982.55631.63642.32230.293-0.4393-0.27590.2324-0.50480.5930.2235-1.18140.05260.658-0.0123-0.05160.42170.18920.6134-1.019814.1257-30.5201
85.2996-3.1202-0.48853.1971.69278.1315-0.1673-0.0682-0.2608-0.52560.50020.7019-0.1391-0.3191-0.30360.4996-0.1383-0.12040.44850.14110.49036.09277.3302-33.1838
97.52382.7575-1.97286.7987-3.88718.92330.7397-0.74870.00051.0617-0.25530.49310.46510.3251-0.2250.6139-0.0627-0.15880.4501-0.0090.41412.89575.0312-28.3877
106.3636-2.5432-0.84.88344.56378.20230.0326-0.6025-0.2109-0.11170.1730.236-0.01470.0041-0.06980.4439-0.0486-0.05130.40390.15110.47987.417910.9978-26.7898
113.0219-3.5696-0.64914.78320.71491.38290.54080.1894-0.243-0.4696-0.43570.13220.029-0.2585-0.04520.5924-0.0466-0.13150.42220.07170.44245.799112.4735-35.0525
120.79930.73670.14454.5271.59370.539-0.06860.1255-0.7318-0.54840.25910.5265-1.09920.77250.18211.87590.2781-0.04021.01330.56641.0012-13.193139.5183-52.5945
133.8028-0.72370.59552.8025-1.76596.95370.380.6031-0.2713-1.0266-0.08070.5740.2777-0.082-0.39091.22870.1681-0.180.6240.09650.6691-7.504530.9548-44.7825
144.294-1.31732.75586.3076-5.53934.65150.18290.4627-0.3569-0.0728-0.18890.33070.308-0.65560.18310.9461-0.0954-0.16011.01260.10740.7915-17.243828.889-45.4908
152.8645-2.39372.68413.8218-1.93693.0307-0.379-0.54630.20970.81230.09520.565-1.3406-0.66930.11980.57510.08570.00810.6635-0.04220.510432.5594-9.9159.7021
163.9095-1.73811.66947.63960.99245.7029-0.4562-0.47960.56390.58390.1876-0.5808-0.95570.3810.30130.5756-0.049-0.12760.670.00640.503847.2728-13.118318.2783
172.9401-0.57293.32061.0639-0.01296.2676-0.07280.12860.07110.0356-0.0745-0.2802-0.2080.2470.1310.3333-0.02280.02050.3880.06510.416838.915-19.91370.572
186.59582.03662.2858.3162-0.09517.10350.30240.7836-0.1093-0.5889-0.2524-0.21550.59780.4394-0.2890.50610.08760.0450.44410.07460.419533.1449-19.0633-29.1649
197.79530.75685.21197.2683-1.9248.58910.00220.66880.2462-0.8189-0.5102-0.6943-0.0691.88150.42640.5435-0.01760.09160.75640.1630.421535.5662-12.8415-30.4916
202.2097-2.7730.20573.1019-1.49348.74960.26240.28910.0019-1.6665-0.46180.42130.1425-0.39120.20270.6866-0.0657-0.07020.47860.02910.444525.1253-8.7802-36.949
213.4196-4.20551.09215.718-1.2287.95340.0551-0.0105-0.179-0.0008-0.49470.1789-0.590.3540.44770.2932-0.1172-0.05450.46250.09550.426223.3095-11.8206-26.4428
220.5015-1.27180.65593.5053-2.54814.8605-0.310.39760.06160.13930.365-0.0399-0.0626-0.0398-0.31260.3699-0.1089-0.12970.51250.06370.548223.9559-19.326-21.4048
236.0677-6.0573-5.37115.64975.34445.0038-0.1411-0.26350.31850.650.1294-0.44281.331.2635-0.62550.5216-0.0671-0.12220.56150.26040.588423.0925-32.0112-1.158
247.8664.1164-6.01653.2233-3.49585.437-0.3145-0.228-0.979-0.06730.47571.33910.828-0.1324-0.2230.62490.0088-0.00960.48160.11490.751122.078-34.92-5.699
254.61840.461.66546.93411.96236.8989-0.039-0.4074-0.4532-0.0471-0.13160.91080.4832-0.82130.30580.404-0.0329-0.03240.64660.13060.723615.7974-26.7427-11.6991
264.42171.8267-0.64714.6369-1.36734.7815-0.5063-0.39240.11380.28650.95591.1481-0.5071-1.0839-0.5770.37060.0533-0.01710.62830.27660.725912.573-23.9116-1.6256
279.1407-7.9111-1.81556.27011.45443.4644-1.1325-0.088-1.77461.4567-0.08881.33420.07640.01910.8060.5147-0.06330.02820.66760.28390.648121.8647-22.38271.2297
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 75 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 76 through 101 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 102 through 112 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 113 through 149 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 150 through 186 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 187 through 210 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 1 through 17 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 18 through 43 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 44 through 60 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 61 through 99 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 100 through 127 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 128 through 142 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 143 through 192 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 193 through 216 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 5 through 50 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 51 through 160 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 161 through 264 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 2 through 42 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 43 through 66 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 67 through 83 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 84 through 118 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 119 through 139 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 140 through 155 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 156 through 180 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 181 through 221 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 222 through 248 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 249 through 262 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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