PDB-8tff: PorX with BeF3 phosphate analog

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tff

タイトル

PorX with BeF3 phosphate analog

要素

Response regulator receiver protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Type-IX secretion system / response regulator / alkaline phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Saran, A. / Zeytuni, N.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2024
タイトル: Unveiling the molecular mechanisms of the type IX secretion system's response regulator: Structural and functional insights.
著者: Saran, A. / Kim, H.M. / Manning, I. / Hancock, M.A. / Schmitz, C. / Madej, M. / Potempa, J. / Sola, M. / Trempe, J.F. / Zhu, Y. / Davey, M.E. / Zeytuni, N.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tff.cif.gz	230.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tff.ent.gz	182 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tff_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tff_full_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示
XML形式データ	8tff_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	8tff_validation.cif.gz	56.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tff	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tedC 8tefC 8tfmC 8thpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (6)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator receiver protein

B: Response regulator receiver protein

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.320, 97.518, 131.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Response regulator receiver protein 分子量: 60522.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア) 遺伝子: Fjoh_2906 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FFU4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.5, 14.4% polyethylene glycol 8000, 20% glycerol, 0.166 mM beryllium sulphate, 1.162 mM Sodium fluoride and 0.083 mM Manganese chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 46485 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 0.861 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 304993

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.34-2.38	6.3	0.422	2286	0.918	0.978	0.182	0.46	0.567	100
2.38-2.42	6.7	0.398	2278	0.927	0.981	0.165	0.431	0.567	100
2.42-2.47	6.8	0.367	2285	0.948	0.987	0.15	0.396	0.587	100
2.47-2.52	6.8	0.339	2309	0.955	0.988	0.14	0.367	0.651	100
2.52-2.58	6.7	0.306	2281	0.964	0.991	0.128	0.332	0.615	100
2.58-2.64	6.6	0.289	2322	0.958	0.989	0.121	0.313	0.605	100
2.64-2.7	6.3	0.257	2272	0.965	0.991	0.111	0.28	0.671	100
2.7-2.77	6.6	0.228	2294	0.976	0.994	0.096	0.247	0.661	100
2.77-2.86	6.7	0.203	2296	0.978	0.994	0.084	0.22	0.728	99.9
2.86-2.95	6.4	0.179	2310	0.982	0.995	0.077	0.195	0.743	100
2.95-3.05	6.8	0.159	2315	0.988	0.997	0.065	0.172	0.804	100
3.05-3.18	6.9	0.139	2306	0.987	0.997	0.057	0.15	0.888	100
3.18-3.32	6.7	0.121	2313	0.991	0.998	0.051	0.131	0.955	100
3.32-3.5	6.3	0.105	2321	0.991	0.998	0.045	0.114	1.102	100
3.5-3.71	6.6	0.099	2327	0.993	0.998	0.042	0.108	1.37	100
3.71-4	6.4	0.085	2339	0.993	0.998	0.037	0.093	1.26	100
4-4.4	6.8	0.072	2330	0.995	0.999	0.03	0.078	1.259	100
4.4-5.04	6.4	0.062	2376	0.996	0.999	0.027	0.068	1.19	100
5.04-6.35	6.4	0.064	2397	0.996	0.999	0.027	0.069	0.908	100
6.35-50	6.2	0.054	2528	0.996	0.999	0.024	0.059	1.058	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.34→48.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 7.853 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23098	2363	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1651	-	-	-
obs	0.16842	44058	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.766 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.34→48.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8431	0	27	381	8839

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	8667
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.378	1.644	11706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.456	1.571	19291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.127	5	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.449	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.579	10	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.509	3.546	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.504	3.545	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.274	6.355	5136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.274	6.355	5137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.273	3.999	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.271	3.997	4543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.673	7.119	6553
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.449	42.72	37127
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.451	42.72	37087
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.34→2.398 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	184	-
R_work	0.202	3101	-
obs	-	-	97.3 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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