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- PDB-8ter: Tropomyosin-receptor kinase fused gene protein (TRK-fused gene pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ter
タイトルTropomyosin-receptor kinase fused gene protein (TRK-fused gene protein; TFG) Low Complexity Domain (residues 237-327) P285L mutant, amyloid fiber
要素TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / mutation / Charcot-Marie-Tooth disease / Hereditary motor and sensory neuropathy with proximal dominant involvement
機能・相同性
機能・相同性情報


COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding ...COPII vesicle coating / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein TFG / TFG, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Protein TFG
類似検索 - 構成要素
生物種Purpureocillium lilacinum (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Rosenberg, G.M. / Sawaya, M.R. / Boyer, D.R. / Ge, P. / Abskharon, R. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG048120 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG07895 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2023
タイトル: Fibril structures of TFG protein mutants validate the identification of TFG as a disease-related amyloid protein by the IMPAcT method.
著者: Gregory M Rosenberg / Romany Abskharon / David R Boyer / Peng Ge / Michael R Sawaya / David S Eisenberg /
要旨: We previously presented a bioinformatic method for identifying diseases that arise from a mutation in a protein's low-complexity domain that drives the protein into pathogenic amyloid fibrils. One ...We previously presented a bioinformatic method for identifying diseases that arise from a mutation in a protein's low-complexity domain that drives the protein into pathogenic amyloid fibrils. One protein so identified was the tropomyosin-receptor kinase-fused gene protein (TRK-fused gene protein or TFG). Mutations in TFG are associated with degenerative neurological conditions. Here, we present experimental evidence that confirms our prediction that these conditions are amyloid-related. We find that the low-complexity domain of TFG containing the disease-related mutations G269V or P285L forms amyloid fibrils, and we determine their structures using cryo-electron microscopy (cryo-EM). These structures are unmistakably amyloid in nature and confirm the propensity of the mutant TFG low-complexity domain to form amyloid fibrils. Also, despite resulting from a pathogenic mutation, the fibril structures bear some similarities to other amyloid structures that are thought to be nonpathogenic and even functional, but there are other factors that support these structures' relevance to disease, including an increased propensity to form amyloid compared with the wild-type sequence, structure-stabilizing influence from the mutant residues themselves, and double-protofilament amyloid cores. Our findings elucidate two potentially disease-relevant structures of a previously unknown amyloid and also show how the structural features of pathogenic amyloid fibrils may not conform to the features commonly associated with pathogenicity.
履歴
登録2023年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
B: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
C: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
D: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
E: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
F: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
G: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
H: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
I: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
J: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
K: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
L: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
M: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
N: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
O: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
P: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
Q: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
R: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
S: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant
T: TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)809,29520
ポリマ－809,29520
非ポリマー00
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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13given(-0.998713039036, -0.0507175084165, 1.97685583052E-7), (0.0507175084164, -0.998713039036, -3.76869478109E-7), (2.16545050352E-7, -3.6635834158E-7, 1)212.09148135, 201.594230745, 7.16501058664
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16given(0.979474249044, -0.201569331644, -1.75534107111E-7), (0.201569331644, 0.979474249044, 1.16890514602E-7), (1.4836959484E-7, -1.49873541662E-7, 1)22.9841809015, -18.7358958598, -28.6620020418
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19given(0.972096526729, -0.234581207095, 5.97814521769E-8), (0.234581207095, 0.972096526729, 4.93280914204E-7), (-1.73827774315E-7, -4.65493058186E-7, 1)27.1639843523, -21.3887506425, -33.43893869

-
要素

#1: タンパク質
TRK-fused gene protein Low Complexity Domain P285L mutant / TRK-fused gene protein / TFG


分子量: 40464.754 Da / 分子数: 20 / 変異: P285L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Purpureocillium lilacinum (菌類), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: PCL_01928, TFG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U3DNX3, UniProt: Q92734
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: amyloid fibril of protein TFG P285L / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: 8 seconds, blot force 0

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 7920

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2crYOLO粒子像選択
5CTFFINDCTF補正
8Cootモデルフィッティング
12RELION分類
13RELION３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.02 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.39 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 193640 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 14.16 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 14.82 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00685680
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8977680
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0474700
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00751080
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.48921873
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.3454043718E-14
ens_1d_3HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.19232789919E-13
ens_1d_4HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.6765360443E-14
ens_1d_5HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.8481699065E-14
ens_1d_6HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.51003575339E-13
ens_1d_7HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.50664110757E-11
ens_1d_8HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.9387996566E-14
ens_1d_9HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.7677383322E-14
ens_1d_10HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.5552607591E-14
ens_1d_11HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.56087694412E-11
ens_1d_12HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.5329054943E-14
ens_1d_13HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.2478377151E-14
ens_1d_14HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.8930751866E-14
ens_1d_15HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.0079448344E-14
ens_1d_16HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.477283682E-14
ens_1d_17HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.7847774781E-14
ens_1d_18HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.0619664905E-14
ens_1d_19HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.9794758553E-14
ens_1d_20HHELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.5702781054E-14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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