PDB-8tef: PorX primitive monoclinic crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tef

タイトル

PorX primitive monoclinic crystal form

要素

Response regulator receiver protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Type-IX secretion system / response regulator / alkaline phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能

生物種

Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Saran, A. / Zeytuni, N.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PorX primitive monoclinic crystal form
著者: Saran, A. / Zeytuni, N.

履歴

登録	2023年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tef.cif.gz	415.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tef.ent.gz	340.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tef_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tef_full_validation.pdf.gz	482.8 KB	表示
XML形式データ	8tef_validation.xml.gz	66.3 KB	表示
CIF形式データ	8tef_validation.cif.gz	90.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/8tef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/8tef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ted
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator receiver protein

B: Response regulator receiver protein

C: Response regulator receiver protein

D: Response regulator receiver protein

ヘテロ分子

243 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator receiver protein

B: Response regulator receiver protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Response regulator receiver protein

D: Response regulator receiver protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.520, 57.517, 149.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Response regulator receiver protein 分子量: 60522.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア) 遺伝子: Fjoh_2906 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FFU4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.1 and 35% polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9823 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9823 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→46 Å / Num. obs: 53000 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 0.926 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 210610

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.85-2.9	3.8	0.325	2594	0.891	0.971	0.191	0.379	0.969	100
2.9-2.95	3.9	0.294	2584	0.904	0.974	0.171	0.342	0.954	100
2.95-3.01	4.1	0.257	2662	0.939	0.984	0.142	0.295	0.958	100
3.01-3.07	4.1	0.241	2621	0.94	0.984	0.135	0.277	0.963	100
3.07-3.14	4.1	0.216	2628	0.955	0.989	0.12	0.249	0.986	100
3.14-3.21	4.1	0.192	2651	0.959	0.99	0.107	0.221	0.972	100
3.21-3.29	4.1	0.169	2578	0.965	0.991	0.094	0.194	0.957	100
3.29-3.38	4.1	0.147	2683	0.974	0.993	0.083	0.17	0.997	100
3.38-3.48	4	0.133	2581	0.977	0.994	0.075	0.154	0.979	100
3.48-3.59	3.8	0.115	2677	0.978	0.994	0.067	0.134	1.006	99.9
3.59-3.72	3.8	0.106	2606	0.983	0.996	0.061	0.122	1.03	100
3.72-3.87	3.8	0.092	2659	0.986	0.996	0.054	0.107	0.988	100
3.87-4.04	4.2	0.086	2641	0.989	0.997	0.048	0.099	0.938	100
4.04-4.26	4.2	0.077	2632	0.991	0.998	0.042	0.088	0.907	100
4.26-4.52	4.1	0.068	2674	0.993	0.998	0.038	0.078	0.96	100
4.52-4.87	4	0.062	2652	0.994	0.998	0.035	0.071	0.852	100
4.87-5.36	3.7	0.063	2667	0.992	0.998	0.037	0.074	0.808	100
5.36-6.14	3.9	0.07	2683	0.991	0.998	0.041	0.082	0.781	100
6.14-7.72	4.1	0.064	2706	0.994	0.999	0.036	0.073	0.748	100
7.72-46	3.7	0.044	2821	0.995	0.999	0.026	0.052	0.773	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→45.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 15.551 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22159	2644	5 %	RANDOM
R_work	0.17668	-	-	-
obs	0.17896	49956	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.854 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	-1.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→45.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16780	0	59	56	16895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	17207
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	16553
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.238	1.641	23247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.413	1.57	38317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.526	5	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.036	5	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.31	10	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	19234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3738
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.706	4.843	8162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.706	4.843	8162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.859	8.712	10190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.859	8.712	10191
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.325	5.276	9045
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.3	5.269	9002
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.941	9.493	12989
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.094	59.16	72016
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.094	59.16	72015
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.851→2.925 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	179	-
R_work	0.258	3266	-
obs	-	-	90.14 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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