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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tea | ||||||
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タイトル | HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab | ||||||
![]() |
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![]() | VIRAL PROTEIN / Virus / glycoprotein / antibody | ||||||
機能・相同性 | Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / viral envelope / Envelope glycoprotein UL130 / UL128 / UL131A![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Goldsmith, J.G. / McLellan, J.S. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: HCMV neutralization by broad antibody targeting 著者: Zehner, M. / Goldsmith, J.G. / McLellan, J.S. / Klein, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 681.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 685.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41179MC ![]() 8tcoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 CDE
#1: タンパク質 | 分子量: 18940.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL128 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24018.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL130, HHV5wtgp111 / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 15262.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
-抗体 , 4種, 4分子 GHFI
#4: 抗体 | 分子量: 22850.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#5: 抗体 | 分子量: 25916.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: 抗体 | 分子量: 23630.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#7: 抗体 | 分子量: 23239.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3, #7, #5-#6, #4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71677 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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