PDB-8tdd: Structure of PYCR1 complexed with NADH and 2-(furan-2-yl)acetic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tdd

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with NADH and 2-(furan-2-yl)acetic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PROLINE BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1).
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tdd.cif.gz	531.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tdd.ent.gz	438.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tdd_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tdd_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8tdd_validation.xml.gz	57.4 KB	表示
CIF形式データ	8tdd_validation.cif.gz	79.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8tdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8tdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td2C 8td3C 8td4C 8td5C 8td6C 8td7C 8td8C 8td9C 8tdbC 8tdcC 8vreC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

172 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.088, 180.470, 88.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.63, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-559- HOH
2	1	A-595- HOH
3	1	E-519- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-SJU / (furan-2-yl)acetic acid / (2-フリル)酢酸分子量: 126.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 18 mM 2-(furan-2-yl)acetic acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 18 mM 2-(furan-2-yl)acetic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 50 mM 2-(furan-2-yl)acetic acid

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.52 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 18 mM 2-(furan-2-yl)acetic acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→91.68 Å / Num. obs: 127577 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 497611
反射シェル	解像度: 1.91→1.94 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.516 / Num. measured all: 24463 / Num. unique obs: 6273 / CC_1/2: 0.839 / R_pim(I) all: 0.296 / R_rim(I) all: 0.597 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4887	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.91→91.68 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1974	6283	4.93 %
R_work	0.1671	-	-
obs	0.1686	127544	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→91.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10030	0	258	712	11000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10618
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	14479
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.458	3755
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1752
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1842

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.93	0.2762	223	0.2362	4011	X-RAY DIFFRACTION	99
1.93-1.95	0.2556	208	0.218	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2098	206	0.2023	3955	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2	0.2202	187	0.1926	4079	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.03	0.238	215	0.1866	3992	X-RAY DIFFRACTION	99
2.03-2.06	0.2255	189	0.1863	4043	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.09	0.2188	205	0.1854	3994	X-RAY DIFFRACTION	98
2.09-2.12	0.2046	217	0.1767	4009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2079	192	0.1812	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.224	213	0.1815	3998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.2016	204	0.1732	4048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.26	0.2298	209	0.1757	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.31	0.2124	210	0.1804	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.36	0.2301	204	0.1765	4057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.41	0.2264	205	0.1758	4054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.46	0.2319	227	0.1768	4021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.2079	210	0.1739	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.59	0.2097	231	0.1744	4049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.67	0.2139	206	0.1877	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.75	0.2137	231	0.1842	4042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.85	0.2137	188	0.1862	4069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.97	0.2067	214	0.1897	3989	X-RAY DIFFRACTION	99
2.97-3.1	0.204	227	0.1808	4036	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1-3.27	0.2222	215	0.179	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.47	0.2129	206	0.1772	4030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.74	0.1781	218	0.1572	4053	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.11	0.1549	176	0.1411	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.71	0.1508	235	0.1216	4009	X-RAY DIFFRACTION	99
4.71-5.93	0.1814	211	0.1566	4065	X-RAY DIFFRACTION	99
5.94-91.68	0.1784	201	0.1502	4091	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5223	0.0896	0.5243	0.2661	-0.092	2.3498	0.0309	-0.0972	-0.0064	0.0762	-0.0342	-0.0317	0.0421	0.0975	0.0052	0.158	-0.0036	-0.0181	0.2004	-0.0084	0.2491	26.4296	173.0874	24.4392
2	0.9854	0.2908	-0.8491	0.397	-0.309	1.9816	0.0501	-0.0419	0.027	-0.0454	-0.0285	-0.0902	-0.2152	0.2934	-0.0216	0.1961	-0.0116	-0.0277	0.2217	-0.0191	0.2498	33.0837	182.8273	-6.1048
3	0.4277	-0.1543	-0.3146	0.8372	-0.4377	1.9759	-0.1297	-0.1372	-0.1252	0.1481	0.0005	-0.0058	0.3504	0.0417	0.1283	0.3094	0.0517	0.0236	0.1986	0.0186	0.2701	10.3842	138.3615	19.185
4	0.8417	-0.3519	-0.8568	0.8017	0.0793	2.7351	-0.0974	-0.0512	-0.106	-0.1336	-0.0406	-0.1582	0.2985	0.6317	0.1046	0.2637	0.081	0.0107	0.2797	0.0272	0.2805	26.6942	144.2447	-8.192
5	0.5719	0.0065	-0.5508	1.0593	0.3794	1.9893	0.0835	-0.2176	0.1085	0.1944	-0.0252	0.0332	-0.2674	0.1939	-0.0438	0.2222	-0.0294	-0.0109	0.2184	-0.014	0.2694	0.1513	200.6126	16.1823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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