PDB-8tdc: Structure of PYCR1 complexed with NADH and 1,3-dithiane-2-carboxy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tdc

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with NADH and 1,3-dithiane-2-carboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PROLINE BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1).
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tdc.cif.gz	519.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tdc.ent.gz	427.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tdc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8tdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8tdc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td2C 8td3C 8td4C 8td5C 8td6C 8td7C 8td8C 8td9C 8tdbC 8tddC 8vreC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

172 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
344 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.863, 180.966, 88.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-434- HOH
2	1	A-444- HOH
3	1	E-520- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GIW / 1,3-dithiane-2-carboxylic acid 分子量: 164.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 17% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM 1,3-dithiane-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 17% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM 1,3-dithiane-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 25 mM 1,3-dithiane-2-carboxylic acid

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.92 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 17% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM 1,3-dithiane-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→92.05 Å / Num. obs: 153491 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 1064795
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.506 / Num. measured all: 45850 / Num. unique obs: 6986 / CC_1/2: 0.498 / R_pim(I) all: 0.624 / R_rim(I) all: 1.633 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.8→61.67 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2195	7601	4.96 %
R_work	0.1938	-	-
obs	0.195	153356	99.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→61.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9896	0	267	566	10729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	14195
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.102	3641
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1734
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1797

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.4063	235	0.3967	4325	X-RAY DIFFRACTION	89
1.82-1.84	0.4071	251	0.3652	4884	X-RAY DIFFRACTION	99
1.84-1.86	0.3448	263	0.3276	4848	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.89	0.3238	252	0.2976	4841	X-RAY DIFFRACTION	99
1.89-1.91	0.3242	252	0.2726	4838	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.94	0.2481	241	0.2558	4698	X-RAY DIFFRACTION	96
1.94-1.96	0.2526	253	0.2295	4830	X-RAY DIFFRACTION	99
1.96-1.99	0.2424	242	0.2195	4931	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.2507	268	0.2033	4842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2436	253	0.2015	4916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.09	0.2213	264	0.2089	4896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2291	249	0.2102	4880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2445	255	0.2212	4885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.2444	257	0.2087	4951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2286	261	0.1961	4891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2436	274	0.1904	4867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2166	249	0.1898	4850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2393	265	0.1983	4899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.2328	251	0.1917	4895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.59	0.2168	266	0.1926	4914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.69	0.2355	247	0.2001	4865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.79	0.2421	228	0.2023	4861	X-RAY DIFFRACTION	98
2.79-2.92	0.2376	251	0.2047	4859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.07	0.2428	274	0.21	4885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.27	0.1995	235	0.1943	4918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.2306	286	0.1978	4876	X-RAY DIFFRACTION	99
3.52-3.87	0.1901	235	0.1728	4879	X-RAY DIFFRACTION	99
3.87-4.43	0.1764	253	0.1566	4897	X-RAY DIFFRACTION	99
4.43-5.58	0.1772	244	0.1643	4884	X-RAY DIFFRACTION	99
5.59-61.67	0.1946	247	0.1762	4950	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4735	0.0676	0.4791	0.2447	-0.0358	2.0872	0.0452	-0.1065	-0.0133	0.0652	-0.0368	-0.022	0.0476	0.11	-0.0075	0.2115	-0.0095	-0.0066	0.2618	-0.0098	0.2748	26.2798	173.2999	24.3837
2	0.9161	0.2408	-0.7861	0.4174	-0.2528	1.8594	0.0433	-0.0473	0.0352	-0.0572	-0.0313	-0.1228	-0.2147	0.3512	-0.0116	0.2314	-0.0255	-0.0105	0.281	-0.0112	0.2687	33.3047	182.9118	-6.0899
3	0.467	-0.1253	-0.287	0.8735	-0.2251	1.835	-0.1294	-0.1463	-0.1088	0.1927	-0.0251	0.0263	0.3955	0.0583	0.1549	0.3737	0.0532	0.0487	0.2324	0.0165	0.277	10.3473	138.6189	19.1237
4	0.7635	-0.2958	-0.6058	0.7779	0.0853	1.983	-0.0756	0.0028	-0.0853	-0.1413	-0.0338	-0.1487	0.3058	0.4372	0.0993	0.2934	0.0837	0.0272	0.2546	0.0204	0.2688	26.7259	144.2966	-8.0294
5	0.5516	0.0729	-0.2986	1.1838	0.3101	1.873	0.092	-0.2005	0.0844	0.2475	-0.0753	0.0428	-0.3268	0.0967	-0.0226	0.3053	-0.0288	0.0024	0.2519	-0.0096	0.2902	-0.0591	200.8835	15.9017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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