PDB-8td9: Structure of PYCR1 complexed with NADH and L-pipecolic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8td9

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with NADH and L-pipecolic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PROLINE BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1).
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8td9.cif.gz	523.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8td9.ent.gz	430.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8td9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8td9_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8td9_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8td9_validation.xml.gz	57.1 KB	表示
CIF形式データ	8td9_validation.cif.gz	79.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td2C 8td3C 8td4C 8td5C 8td6C 8td7C 8td8C 8tdbC 8tdcC 8tddC 8vreC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

172 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
344 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.195, 180.031, 87.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.88, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-560- HOH
2	1	A-597- HOH
3	1	E-518- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-YCP / (2S)-piperidine-2-carboxylic acid / L-ピペコリン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 129.157 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM L-pipecolic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing ...詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM L-pipecolic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 100 mM L-pipecolic acid

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM L-pipecolic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→92.21 Å / Num. obs: 313687 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.061 / Num. measured all: 27718 / Num. unique obs: 7577 / CC_1/2: 0.498 / R_pim(I) all: 0.622 / R_rim(I) all: 1.235 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4887	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.75→90.02 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 23.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2075	15547	4.96 %
R_work	0.1819	-	-
obs	0.1831	313687	94.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→90.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9950	0	290	747	10987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.914	14241
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.967	3657
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1734
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1804

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3711	427	0.3763	8637	X-RAY DIFFRACTION	81
1.77-1.79	0.3616	613	0.3658	10156	X-RAY DIFFRACTION	97
1.79-1.81	0.3817	534	0.3501	10202	X-RAY DIFFRACTION	97
1.81-1.83	0.349	510	0.3418	10330	X-RAY DIFFRACTION	97
1.83-1.86	0.3337	498	0.3152	10143	X-RAY DIFFRACTION	96
1.86-1.88	0.3078	549	0.29	9878	X-RAY DIFFRACTION	95
1.88-1.91	0.3173	468	0.2888	10032	X-RAY DIFFRACTION	94
1.91-1.94	0.3287	501	0.2849	9634	X-RAY DIFFRACTION	91
1.94-1.97	0.2565	549	0.2455	10266	X-RAY DIFFRACTION	98
1.97-2	0.2558	596	0.2183	10482	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.03	0.2657	522	0.2218	10470	X-RAY DIFFRACTION	99
2.03-2.07	0.2507	520	0.2384	10012	X-RAY DIFFRACTION	95
2.07-2.11	0.3013	404	0.2798	8647	X-RAY DIFFRACTION	82
2.11-2.15	0.2218	581	0.2109	10431	X-RAY DIFFRACTION	99
2.15-2.2	0.2165	535	0.1838	10520	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2-2.25	0.244	541	0.192	10060	X-RAY DIFFRACTION	95
2.25-2.31	0.2102	523	0.1929	10076	X-RAY DIFFRACTION	95
2.31-2.37	0.2335	526	0.1887	10264	X-RAY DIFFRACTION	97
2.37-2.44	0.2212	532	0.182	10261	X-RAY DIFFRACTION	97
2.44-2.52	0.2227	523	0.1787	9941	X-RAY DIFFRACTION	95
2.52-2.61	0.2154	479	0.1775	9946	X-RAY DIFFRACTION	94
2.61-2.71	0.2237	500	0.1864	9648	X-RAY DIFFRACTION	91
2.71-2.84	0.2085	533	0.1903	9955	X-RAY DIFFRACTION	94
2.84-2.99	0.2285	584	0.1862	9994	X-RAY DIFFRACTION	95
2.99-3.17	0.2052	538	0.1734	9922	X-RAY DIFFRACTION	94
3.17-3.42	0.2151	434	0.1759	9846	X-RAY DIFFRACTION	93
3.42-3.76	0.1884	490	0.1529	9531	X-RAY DIFFRACTION	90
3.76-4.31	0.1549	569	0.1329	9401	X-RAY DIFFRACTION	90
4.31-5.43	0.1523	485	0.1354	9533	X-RAY DIFFRACTION	90
5.43-90.02	0.1504	483	0.1514	9922	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3667	0.0304	0.2784	0.211	-0.1455	1.3512	0.0452	-0.0868	0.0005	0.0503	-0.0166	-0.024	0.008	0.1154	-0.0276	0.1978	0.0085	0.0025	0.2841	-0.0271	0.2708	26.5816	173.114	24.5917
2	0.711	0.2146	-0.6852	0.4031	-0.2793	1.655	0.0678	-0.0006	0.029	-0.0567	-0.0352	-0.1196	-0.1848	0.2105	-0.0279	0.2272	0.0052	0.0125	0.256	-0.0285	0.2658	32.8751	182.6776	-5.917
3	0.494	-0.1117	-0.3946	0.5171	-0.339	1.9556	-0.1051	-0.1435	-0.1094	0.078	0.0142	-0.0013	0.4822	0.0565	0.0945	0.3903	0.0437	0.0002	0.216	-0.0004	0.2465	10.1195	138.5282	19.1764
4	0.8553	-0.1839	-0.6906	0.7085	0.0712	1.9574	-0.0483	0.0157	-0.0881	-0.1568	0.018	-0.1811	0.3251	0.4271	0.0339	0.341	0.0961	-0.0035	0.2966	-0.0223	0.2807	26.7832	144.2345	-8.0269
5	0.4813	-0.0365	-0.2984	0.7505	0.3552	2.3279	0.0652	-0.1628	0.1095	0.1336	0.0074	0.0251	-0.3353	0.0839	-0.0746	0.2695	-0.0212	0.0439	0.2453	-0.0147	0.3083	0.1315	200.3598	16.1001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A and not resname YCP
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B and not resname YCP
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C and not resname YCP
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D and not resname YCP
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E and not resname YCP

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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