PDB-8td8: Structure of PYCR1 complexed with NADH and 2S-Hydroxy-3,3-dimethy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8td8

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with NADH and 2S-Hydroxy-3,3-dimethylbutyric acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PROLINE BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1)
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8td8.cif.gz	530.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8td8.ent.gz	437.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8td8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8td8_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8td8_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	8td8_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	8td8_validation.cif.gz	79.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td2C 8td3C 8td4C 8td5C 8td6C 8td7C 8td9C 8tdbC 8tdcC 8tddC 8vreC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

172 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
344 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.148, 180.892, 87.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-589- HOH
2	1	A-604- HOH
3	1	E-426- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-G8I / (2S)-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoic acid 分子量: 132.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 22% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 15 mM (S)-(-)-2-Hydroxy-3,3-dimethylbutyric acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 22% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 15 mM (S)-(-)-2-Hydroxy-3,3-dimethylbutyric acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 25 mM (S)-(-)-2-Hydroxy-3,3-dimethylbutyric acid

結晶

マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.01 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 22% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 15 mM (S)-(-)-2-Hydroxy-3,3-dimethylbutyric acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→92.36 Å / Num. obs: 172479 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 695901
反射シェル	解像度: 1.71→1.74 Å / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.966 / Num. measured all: 30728 / Num. unique obs: 7799 / CC_1/2: 0.556 / R_pim(I) all: 0.546 / R_rim(I) all: 1.113 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4887	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.71→55.76 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	8477	4.92 %
R_work	0.1679	-	-
obs	0.1691	172444	95.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→55.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10033	0	275	764	11072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.909	14529
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.541	3756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1761
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1838

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.73	0.3466	283	0.3285	4746	X-RAY DIFFRACTION	83
1.73-1.75	0.353	279	0.317	5430	X-RAY DIFFRACTION	95
1.75-1.77	0.3423	280	0.2947	5468	X-RAY DIFFRACTION	96
1.77-1.79	0.272	297	0.2774	5434	X-RAY DIFFRACTION	96
1.79-1.82	0.3182	284	0.2751	5457	X-RAY DIFFRACTION	96
1.82-1.84	0.2862	284	0.2565	5516	X-RAY DIFFRACTION	96
1.84-1.87	0.2855	304	0.2351	5471	X-RAY DIFFRACTION	96
1.87-1.9	0.2389	279	0.2162	5514	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9-1.93	0.2025	304	0.1879	5448	X-RAY DIFFRACTION	96
1.93-1.96	0.2176	291	0.1823	5472	X-RAY DIFFRACTION	96
1.96-1.99	0.2125	310	0.1896	5515	X-RAY DIFFRACTION	97
1.99-2.03	0.2192	294	0.1848	5483	X-RAY DIFFRACTION	97
2.03-2.07	0.2164	296	0.1854	5472	X-RAY DIFFRACTION	96
2.07-2.11	0.2192	272	0.185	5520	X-RAY DIFFRACTION	96
2.11-2.15	0.199	301	0.1812	5530	X-RAY DIFFRACTION	97
2.15-2.2	0.202	274	0.165	5545	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2-2.26	0.1984	295	0.1578	5417	X-RAY DIFFRACTION	96
2.26-2.32	0.175	241	0.1601	5529	X-RAY DIFFRACTION	95
2.32-2.39	0.1911	277	0.1633	5253	X-RAY DIFFRACTION	92
2.39-2.47	0.1903	267	0.1702	5245	X-RAY DIFFRACTION	92
2.47-2.55	0.1953	292	0.1607	5603	X-RAY DIFFRACTION	98
2.55-2.66	0.1908	279	0.1659	5585	X-RAY DIFFRACTION	98
2.66-2.78	0.2032	264	0.1713	5611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.78-2.92	0.1959	280	0.1734	5592	X-RAY DIFFRACTION	98
2.92-3.11	0.2068	285	0.177	5612	X-RAY DIFFRACTION	98
3.11-3.35	0.21	280	0.1733	5549	X-RAY DIFFRACTION	97
3.35-3.68	0.1615	297	0.1559	5494	X-RAY DIFFRACTION	96
3.68-4.22	0.1553	264	0.1384	5468	X-RAY DIFFRACTION	95
4.22-5.31	0.161	249	0.1306	5324	X-RAY DIFFRACTION	92
5.31-55.76	0.1638	275	0.1542	5664	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5105	0.0859	0.1995	0.2378	-0.0189	2.2678	0.0283	-0.1592	0.0302	0.0747	-0.0277	-0.0335	-0.0171	0.2002	0.0064	0.1816	-0.0134	-0.011	0.2515	-0.0133	0.2318	26.5659	173.848	24.4772
2	0.9623	0.2007	-0.8753	0.4592	-0.361	1.9253	0.0432	-0.0609	0.0554	-0.0435	-0.0309	-0.127	-0.1737	0.3138	-0.0109	0.204	-0.0254	-0.0208	0.2473	-0.0135	0.25	32.9565	183.3615	-6.1843
3	0.4667	-0.0037	-0.2951	0.6604	-0.4881	1.8661	-0.0698	-0.1315	-0.098	0.1169	-0.0242	-0.0192	0.2504	0.0706	0.1064	0.2599	0.0396	0.0078	0.1983	0.0094	0.2296	10.2241	138.7913	19.2364
4	0.7913	-0.1712	-0.7404	0.5997	0.1667	2.0065	-0.0638	-0.0247	-0.0961	-0.0978	-0.0097	-0.1305	0.2379	0.3748	0.0733	0.2498	0.0653	-0.0046	0.2222	0.0147	0.2393	26.8748	144.5483	-8.3383
5	0.5599	-0.0056	-0.3302	0.8259	0.3509	1.7769	0.0268	-0.1761	0.1042	0.1387	-0.0225	0.0302	-0.2698	0.0839	-0.0133	0.2408	-0.0077	-0.0191	0.1983	-0.0092	0.2404	0.175	201.3479	16.4068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)