PDB-8td6: Structure of PYCR1 complexed with NADH and 2-(Methylthio)acetic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8td6

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with NADH and 2-(Methylthio)acetic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1)
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8td6.cif.gz	512.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8td6.ent.gz	422.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8td6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8td6_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8td6_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	8td6_validation.xml.gz	52.5 KB	表示
CIF形式データ	8td6_validation.cif.gz	70.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td2C 8td3C 8td4C 8td5C 8td7C 8td8C 8td9C 8tdbC 8tdcC 8tddC 8vreC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

172 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.578, 178.922, 87.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-515- HOH
2	1	A-555- HOH
3	1	E-513- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MTG / [METHYLTHIO]ACETATE / 2-(メチルチオ)アセタ-ト分子量: 105.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 400 mM Li2SO4, 17% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 10 mM 2-(Methylthio)acetic acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...詳細: Reservoir contained 400 mM Li2SO4, 17% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 10 mM 2-(Methylthio)acetic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 25 mM 2-(Methylthio)acetic acid

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.72 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 400 mM Li2SO4, 17% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 10 mM 2-(Methylthio)acetic acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→91.14 Å / Num. obs: 94785 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 379313
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 1.353 / Num. measured all: 19638 / Num. unique obs: 4677 / CC_1/2: 0.403 / R_pim(I) all: 0.753 / R_rim(I) all: 1.552 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.08→71.26 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	4627	4.89 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1886	94698	96.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→71.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9832	0	249	267	10348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.949	14039
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.062	3560
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1719
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1788

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.1	0.3202	149	0.3073	3031	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1-2.13	0.3341	161	0.3023	2944	X-RAY DIFFRACTION	97
2.13-2.15	0.3239	153	0.2897	2990	X-RAY DIFFRACTION	97
2.15-2.18	0.3187	144	0.2741	3027	X-RAY DIFFRACTION	97
2.18-2.21	0.2496	163	0.2541	2992	X-RAY DIFFRACTION	98
2.21-2.24	0.323	187	0.2548	2976	X-RAY DIFFRACTION	97
2.24-2.27	0.285	159	0.2381	2995	X-RAY DIFFRACTION	97
2.27-2.31	0.2877	153	0.2323	3030	X-RAY DIFFRACTION	97
2.31-2.34	0.2838	143	0.2322	3043	X-RAY DIFFRACTION	98
2.34-2.38	0.2593	150	0.2189	3027	X-RAY DIFFRACTION	97
2.38-2.42	0.2509	178	0.2132	2976	X-RAY DIFFRACTION	97
2.42-2.47	0.2545	143	0.2045	2987	X-RAY DIFFRACTION	97
2.47-2.51	0.2117	159	0.1896	3079	X-RAY DIFFRACTION	98
2.51-2.56	0.2367	142	0.1962	2980	X-RAY DIFFRACTION	97
2.56-2.62	0.2508	137	0.2124	3030	X-RAY DIFFRACTION	97
2.62-2.68	0.2551	142	0.2183	2926	X-RAY DIFFRACTION	95
2.68-2.75	0.2524	139	0.219	2825	X-RAY DIFFRACTION	90
2.75-2.82	0.24	139	0.217	2993	X-RAY DIFFRACTION	96
2.82-2.91	0.2719	140	0.2131	3067	X-RAY DIFFRACTION	98
2.91-3	0.2578	174	0.2159	3028	X-RAY DIFFRACTION	98
3-3.11	0.2331	148	0.211	3034	X-RAY DIFFRACTION	98
3.11-3.23	0.2586	175	0.2047	3021	X-RAY DIFFRACTION	98
3.23-3.38	0.2472	145	0.2125	3076	X-RAY DIFFRACTION	98
3.38-3.56	0.218	154	0.185	3005	X-RAY DIFFRACTION	97
3.56-3.78	0.1983	166	0.1649	3009	X-RAY DIFFRACTION	97
3.78-4.07	0.2062	149	0.1625	3004	X-RAY DIFFRACTION	96
4.07-4.48	0.1888	172	0.144	2948	X-RAY DIFFRACTION	96
4.48-5.13	0.1717	150	0.1439	2985	X-RAY DIFFRACTION	96
5.13-6.46	0.2263	153	0.18	3012	X-RAY DIFFRACTION	96
6.46-71.26	0.1481	160	0.1413	3031	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6297	0.0078	0.7432	0.3017	-0.278	3.1076	0.0183	-0.0865	0.0052	0.0732	-0.0436	-0.0235	0.064	0.1553	0.0348	0.2484	-0.0057	-0.0133	0.3091	-0.0401	0.3892	26.3229	173.5306	24.3762
2	1.3925	0.4228	-1.4689	0.4418	-0.3672	2.8777	0.1173	-0.0776	0.0401	-0.0844	-0.0287	-0.1259	-0.3449	0.3892	-0.0796	0.3229	-0.0045	-0.02	0.3853	-0.0647	0.3979	32.9911	183.2679	-6.1643
3	0.6615	-0.2903	-0.5244	1.1116	-0.2625	2.8943	-0.2875	-0.2825	-0.2117	0.2865	0.053	0.0648	0.7573	0.1273	0.2159	0.5809	0.1396	0.0707	0.3414	0.0393	0.4152	10.1315	139.698	18.8761
4	1.1517	-0.5242	-0.5616	1.0797	0.019	3.2181	-0.0771	0.0476	-0.1396	-0.2244	-0.0332	-0.1847	0.4068	0.9265	0.1051	0.4224	0.1381	0.0111	0.4659	0.0032	0.3882	26.4017	145.4486	-7.8011
5	0.8218	0.1257	-0.8159	1.5052	0.4864	2.8718	0.1686	-0.3427	0.173	0.2757	-0.0488	0.0366	-0.4581	0.3447	-0.1122	0.3312	-0.0542	0.0264	0.3494	-0.0291	0.4038	-0.001	200.8535	15.7968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)