PDB-8td4: Structure of PYCR1 complexed with NADH and 1,3-Dithiolane-2-carbo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8td4

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with NADH and 1,3-Dithiolane-2-carboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PROLINE BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1)
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8td4.cif.gz	527 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8td4.ent.gz	434.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8td4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td2C 8td3C 8td5C 8td6C 8td7C 8td8C 8td9C 8tdbC 8tdcC 8tddC 8vreC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

172 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
344 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.766, 179.978, 87.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.57, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-572- HOH
2	1	A-580- HOH
3	1	E-513- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-UJD / 1,3-dithiolane-2-carboxylic acid / 1,3-ジチオラン-2-カルボン酸分子量: 150.219 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 360 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 14.5 mM 1,3-Dithiolane-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 360 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 14.5 mM 1,3-Dithiolane-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 25 mM 1,3-Dithiolane-2-carboxylic acid

結晶

マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 360 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 14.5 mM 1,3-Dithiolane-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→91.44 Å / Num. obs: 161493 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 625984
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.909 / Num. measured all: 26960 / Num. unique obs: 7916 / CC_1/2: 0.521 / R_pim(I) all: 0.565 / R_rim(I) all: 1.076 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.76→61.48 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	8061	4.99 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.174	161456	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→61.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10007	0	270	627	10904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.867	14332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.856	3699
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1741
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1821

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.78	0.3223	254	0.3137	5004	X-RAY DIFFRACTION	98
1.78-1.8	0.3295	247	0.3036	5057	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8-1.82	0.3115	247	0.2998	5168	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.2925	246	0.2826	5096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.87	0.2638	299	0.2469	5102	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9	0.2679	262	0.2353	5109	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.92	0.2524	276	0.2209	5133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.2492	274	0.206	5133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2441	271	0.203	5069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.2095	263	0.1919	5154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2234	292	0.1891	5048	X-RAY DIFFRACTION	99
2.05-2.09	0.215	264	0.1922	5115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2366	286	0.1887	5099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2173	268	0.1911	5109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.2172	295	0.1826	5096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2126	279	0.1793	5108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.33	0.2007	268	0.1715	5142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.39	0.1966	260	0.1773	5126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.46	0.2019	255	0.1826	5154	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.54	0.2274	272	0.1745	5064	X-RAY DIFFRACTION	99
2.54-2.63	0.2121	285	0.1811	5113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.73	0.205	287	0.1815	5101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.86	0.2246	262	0.1844	5185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.01	0.2055	266	0.1865	5147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.2	0.2133	266	0.1761	5117	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.44	0.202	278	0.1766	5116	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.79	0.1557	260	0.1586	5134	X-RAY DIFFRACTION	99
3.79-4.34	0.1529	261	0.1383	5099	X-RAY DIFFRACTION	99
4.34-5.47	0.1696	266	0.1403	5122	X-RAY DIFFRACTION	98
5.47-61.48	0.1496	252	0.1496	5175	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6056	0.0866	0.5784	0.2882	-0.0648	2.0699	0.0408	-0.1401	-0.0096	0.0936	-0.0312	-0.0316	0.0536	0.0927	-0.0052	0.205	-0.0012	-0.0154	0.2548	-0.0178	0.264	26.3431	173.5669	24.3991
2	1.1684	0.4307	-0.9977	0.4799	-0.4138	1.9827	0.055	-0.0055	0.0333	-0.0754	-0.018	-0.1075	-0.1966	0.2858	-0.0393	0.2282	-0.0073	-0.0109	0.2594	-0.0257	0.2707	33.0176	183.3711	-5.9951
3	0.5426	-0.1329	-0.2764	1.0324	-0.4256	2.0893	-0.1308	-0.1842	-0.142	0.2372	-0.0008	0.0339	0.4058	0.0192	0.1258	0.3467	0.0509	0.0322	0.2109	0.0059	0.2568	10.2862	139.0683	18.9526
4	1.1513	-0.3512	-0.737	0.8988	0.102	2.3672	-0.0568	0.0856	-0.1154	-0.2011	-0.0408	-0.183	0.2814	0.5246	0.0759	0.2959	0.0803	0.0197	0.2804	0.0047	0.2708	26.5016	144.9097	-7.9626
5	0.6708	0.0656	-0.4476	1.2223	0.472	2.1481	0.1023	-0.2668	0.1561	0.2436	-0.0454	0.0451	-0.2929	0.1339	-0.0482	0.2436	-0.0258	0.0103	0.2403	-0.0228	0.2807	0.1174	201.0718	15.9996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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