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万見
- PDB-8td3: Structure of PYCR1 complexed with NADH and (S)-Tetrahydro-2H-pyra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8td3
タイトルStructure of PYCR1 complexed with NADH and (S)-Tetrahydro-2H-pyran-2-carboxylic acid
要素Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PROLINE BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / : / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Meeks, K.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM132640 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1).
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.
履歴
登録2023年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,10919
ポリマ－167,6635
非ポリマー4,44614
水14,466803
1
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,21938
ポリマ－335,32610
非ポリマー8,89328
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.623, 179.957, 87.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-586-

HOH

21A-599-

HOH

31E-516-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1


分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase

-
非ポリマー , 5種, 817分子

#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GJM / (2S)-oxane-2-carboxylic acid


分子量: 130.142 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 360 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 16 mM Tetrahydropyran-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 360 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 16 mM Tetrahydropyran-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 25 mM Tetrahydropyran-2-carboxylic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→91.86 Å / Num. obs: 187638 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 851107
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.066 / Num. measured all: 40878 / Num. unique obs: 9185 / CC1/2: 0.531 / Rpim(I) all: 0.557 / Rrim(I) all: 1.206 / Net I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.67→91.86 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 19.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 9317 4.97 %
Rwork0.169 --
obs0.17 187572 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→91.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9990 0 296 803 11089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89914473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2023775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071834
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.690.38362970.37225889X-RAY DIFFRACTION97
1.69-1.710.3433090.34265902X-RAY DIFFRACTION98
1.71-1.730.36973290.34095903X-RAY DIFFRACTION98
1.73-1.750.32313250.32045845X-RAY DIFFRACTION98
1.75-1.770.29123070.28525991X-RAY DIFFRACTION98
1.77-1.80.28433290.26835961X-RAY DIFFRACTION99
1.8-1.820.3112900.26135967X-RAY DIFFRACTION98
1.82-1.850.25283120.23215885X-RAY DIFFRACTION98
1.85-1.880.23373040.20875948X-RAY DIFFRACTION98
1.88-1.910.24922900.20675859X-RAY DIFFRACTION97
1.91-1.940.21932870.19075807X-RAY DIFFRACTION96
1.94-1.980.20823170.18065977X-RAY DIFFRACTION99
1.98-2.020.20473040.18095963X-RAY DIFFRACTION99
2.02-2.060.21363300.1855963X-RAY DIFFRACTION99
2.06-2.10.21233060.19346031X-RAY DIFFRACTION99
2.1-2.150.2273100.19226020X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.210.19263260.16545970X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.270.20613290.16695953X-RAY DIFFRACTION99
2.27-2.330.20383300.1665931X-RAY DIFFRACTION99
2.33-2.410.19013210.16996031X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.490.19113280.16175950X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.590.19133200.15996001X-RAY DIFFRACTION99
2.59-2.710.19772870.17375822X-RAY DIFFRACTION96
2.71-2.860.2112620.17735917X-RAY DIFFRACTION97
2.86-3.030.18662950.17046046X-RAY DIFFRACTION99
3.03-3.270.1813150.16495994X-RAY DIFFRACTION99
3.27-3.60.18223150.15825998X-RAY DIFFRACTION99
3.6-4.120.16223110.1355956X-RAY DIFFRACTION98
4.12-5.190.15073290.12545828X-RAY DIFFRACTION96
5.19-91.860.153030.15315947X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39770.03680.27160.2267-0.03541.56830.0398-0.11440.01090.0703-0.0236-0.03570.01620.1142-0.0110.192-0.0148-0.01220.2483-0.01260.244326.4992174.019124.4529
20.75570.1465-0.67440.4306-0.25931.58650.0659-0.02680.0315-0.0384-0.0533-0.1221-0.18910.2423-0.00410.1904-0.0172-0.0110.2122-0.0060.23232.8204183.4509-6.0515
30.3989-0.0698-0.290.7856-0.44681.9894-0.0808-0.1183-0.07250.1337-0.0139-0.0110.24810.03720.10030.24710.02930.00480.20090.00630.229810.1258139.385119.0928
40.7412-0.1392-0.65460.68040.13811.6595-0.0493-0.0298-0.0824-0.12640.0105-0.17530.19390.32810.03760.2160.05230.00410.20360.00060.239526.7064144.9177-8.1833
50.5748-0.0442-0.34490.7820.23651.68870.0461-0.16210.09890.14630.00320.0144-0.24590.0896-0.04660.2287-0.0120.00480.2129-0.01370.25430.0489201.167515.9387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1PEPTIDE AND CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2PEPTIDE AND CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3PEPTIDE AND CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4PEPTIDE AND CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5PEPTIDE AND CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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