PDB-8td2: Structure of PYCR1 complexed with NADH and cyclobutane-1,1-dicarb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8td2

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with NADH and cyclobutane-1,1-dicarboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PROLINE BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1).
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8td2.cif.gz	538 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8td2.ent.gz	443.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8td2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8td2_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8td2_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	8td2_validation.xml.gz	59.6 KB	表示
CIF形式データ	8td2_validation.cif.gz	84 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td3C 8td4C 8td5C 8td6C 8td7C 8td8C 8td9C 8tdbC 8tdcC 8tddC 8vreC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

172 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
344 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.497, 180.567, 88.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.64, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-587- HOH
2	1	A-610- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZPS / cyclobutane-1,1-dicarboxylic acid / 1,1-シクロブタンジカルボン酸分子量: 144.125 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 17% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM Cyclobutane-1,1-dicarboxylic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 17% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM Cyclobutane-1,1-dicarboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 125 mM Cyclobutane-1,1-dicarboxylic acid

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.76 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 380 mM Li2SO4, 17% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM Cyclobutane-1,1-dicarboxylic acid. Crystal was soaked in ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→91.94 Å / Num. obs: 197620 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 759964
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Num. measured all: 38919 / Num. unique obs: 9816 / CC_1/2: 0.851 / R_pim(I) all: 0.257 / R_rim(I) all: 0.52 / Net I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20-1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.65→61.68 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 18.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1848	9991	5.06 %
R_work	0.1667	-	-
obs	0.1676	197563	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→61.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10055	0	275	925	11255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.882	14633
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.009	3839
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1761
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1870

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.2295	339	0.2129	6261	X-RAY DIFFRACTION	99
1.67-1.69	0.2349	312	0.2015	6267	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.71	0.2204	344	0.1955	6239	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.73	0.2372	351	0.1856	6250	X-RAY DIFFRACTION	99
1.73-1.75	0.1953	332	0.1869	6253	X-RAY DIFFRACTION	99
1.75-1.78	0.2092	321	0.1821	6300	X-RAY DIFFRACTION	99
1.78-1.8	0.2154	313	0.1896	6276	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8-1.83	0.23	343	0.1928	6290	X-RAY DIFFRACTION	99
1.83-1.86	0.2241	337	0.1974	6242	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.89	0.2466	332	0.2238	6257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2303	328	0.2102	6299	X-RAY DIFFRACTION	99
1.92-1.96	0.2216	340	0.1946	6192	X-RAY DIFFRACTION	98
1.96-1.99	0.2329	347	0.1865	6258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.1993	344	0.1741	6254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.08	0.2165	316	0.176	6334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.13	0.1923	314	0.1732	6267	X-RAY DIFFRACTION	99
2.13-2.18	0.2037	311	0.1761	6284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.24	0.1754	342	0.1681	6294	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.31	0.2223	332	0.1785	6285	X-RAY DIFFRACTION	99
2.31-2.38	0.1786	333	0.1675	6243	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.46	0.1904	336	0.1756	6230	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.56	0.1799	337	0.1635	6189	X-RAY DIFFRACTION	99
2.56-2.68	0.1904	359	0.1692	6255	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-2.82	0.2067	340	0.1683	6210	X-RAY DIFFRACTION	98
2.82-3	0.1803	337	0.1737	6207	X-RAY DIFFRACTION	98
3-3.23	0.1862	305	0.1674	6231	X-RAY DIFFRACTION	98
3.23-3.55	0.1719	345	0.1644	6242	X-RAY DIFFRACTION	98
3.55-4.07	0.1637	316	0.147	6158	X-RAY DIFFRACTION	97
4.07-5.13	0.1425	337	0.1342	6205	X-RAY DIFFRACTION	98
5.13-61.68	0.1696	348	0.1587	6300	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4521	0.0773	0.3385	0.1588	-0.0217	1.8925	0.028	-0.1339	0.0027	0.0644	-0.022	-0.0304	0.0153	0.1524	-0.0018	0.1665	-0.0002	-0.0197	0.2193	-0.0133	0.2231	26.3342	173.8395	24.6673
2	1.0899	0.3281	-0.9509	0.3795	-0.3008	1.7051	0.0457	-0.0103	0.0301	-0.045	-0.0168	-0.0913	-0.1589	0.245	-0.0253	0.1849	-0.0079	-0.0181	0.2139	-0.0133	0.2273	33.1465	183.4411	-5.9757
3	0.3633	-0.0617	-0.1785	0.7918	-0.6108	1.7809	-0.0681	-0.1294	-0.0839	0.1398	0.0103	-0.0031	0.2106	-0.0085	0.0667	0.2699	0.0303	-0.001	0.2018	0.0089	0.2273	10.204	139.1445	19.1698
4	0.9846	-0.3547	-0.779	0.6157	0.2113	1.8377	-0.043	0.0473	-0.0822	-0.1009	-0.0303	-0.1252	0.2065	0.3376	0.0636	0.2177	0.0557	-0.0016	0.2015	0.0052	0.2172	26.6581	144.6935	-8.2918
5	0.5151	-0.0454	-0.3583	1.0378	0.6288	1.7046	0.0335	-0.1897	0.0902	0.179	-0.0186	0.0523	-0.1173	0.1077	-0.0138	0.2021	-0.0099	-0.0039	0.2073	-0.0113	0.238	0.1086	201.3143	16.2691

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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