PDB-8tcl: Crystal Structure of modified HIV reverse transcriptase p51 domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tcl

タイトル

Crystal Structure of modified HIV reverse transcriptase p51 domain (FPC2) with picrate bound

要素

p51 subunit

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / P51 subunit / HIV / AIDS / transferase / picric acid

機能・相同性

PICRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Pedersen, L.C. / London, R.E.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ZIA-ES050111	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ZIC-ES102645	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo crystal Structure of modified HIV reverse transcriptase p51 domain (FPC2)
著者: Pedersen, L.C. / London, R.E.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tcl.cif.gz	144.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tcl.ent.gz	111.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tcl_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tcl_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8tcl_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	8tcl_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcjC 8tckC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

B: p51 subunit

ヘテロ分子

40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.579, 99.624, 104.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-503- TNF
2	1	B-503- TNF

#1: タンパク質	p51 subunit 分子量: 39805.246 Da / 分子数: 1 / 変異: E203S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: RNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-TNF / PICRIC ACID / 2,4,6-TRINITROPHENOL 分子量: 229.104 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₃N₃O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: protein: 25mg/ml 10mM Tris pH 7.4, 40mM NaCl, 1mM TCEP, 0.25mM azide, 10mM picric acid ML: 20%PEG3350, 0.2M trisodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.514 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月19日 / 詳細: VarimaxHF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 28616 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.2 % / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.054 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 1214 / CC_1/2: 0.862 / R_pim(I) all: 9.268 / R_rim(I) all: 0.473 / R_sym value: 0.386 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→21.62 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	1428	5 %
R_work	0.1982	-	-
obs	0.1998	28558	95.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→21.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2490	0	48	147	2685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.16
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.139	925
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	383
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.02	0.2891	119	0.2548	2375	X-RAY DIFFRACTION	86
2.02-2.1	0.2568	149	0.2308	2722	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1-2.19	0.2538	139	0.2139	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.31	0.2819	151	0.2142	2792	X-RAY DIFFRACTION	99
2.31-2.46	0.2891	152	0.2222	2743	X-RAY DIFFRACTION	98
2.46-2.64	0.2783	141	0.2288	2768	X-RAY DIFFRACTION	97
2.64-2.91	0.2467	147	0.2179	2731	X-RAY DIFFRACTION	97
2.91-3.33	0.249	140	0.2124	2720	X-RAY DIFFRACTION	96
3.33-4.19	0.187	143	0.1777	2730	X-RAY DIFFRACTION	96
4.19-21.62	0.1947	147	0.1738	2777	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0221	-0.4315	-0.0973	1.0002	0.3919	1.4908	0.1276	0.0553	-0.0271	-0.0463	-0.0218	0.0138	0.1543	0.0974	-0	0.2399	-0.018	-0.0133	0.1922	0.0076	0.2335	-14.0116	-3.3345	-23.4762
2	2.2832	0.5699	-0.9708	0.5819	-0.8184	1.3288	-0.0139	-0.073	0.0849	0.0675	0.0205	-0.0179	0.113	0.0891	0	0.2284	0.0092	-0.004	0.2065	-0.0294	0.1951	-22.6734	-5.9697	-15.937
3	2.2433	-2.2212	-0.1663	2.6422	0.2864	1.5806	-0.2176	-0.1625	-0.3598	0.1655	0.2192	0.2403	0.3784	0.1412	-0.0074	0.3294	0.0033	0.0027	0.2427	0.0063	0.2647	-34.041	-19.1858	-11.5517
4	4.1011	-1.3829	-1.4431	2.9267	1.6604	2.9607	-0.1736	-0.2758	0.0958	-0.1131	0.4707	-0.663	0.4899	0.2386	0.0038	0.519	0.1252	0.0408	0.3573	-0.0434	0.4184	-12.6236	-27.8239	-16.0903

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 0 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 84 through 174 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 175 through 325 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 326 through 417 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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