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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tca | ||||||
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タイトル | Structure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) targeting N6-methyladenosine (m6A), an RNA modification, no ligand | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / IgG / Fab / m6A / RNA | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Angelo, M.C. / Aoki, S.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) targeting N6-methyladenosine (m6A), an RNA modification 著者: Angelo, M.C. / Aoki, S.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24023.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 23042.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 2K [20% (v/v)], MgCl2 [0.2 M], Tris pH 8.0 [0.1 M], glycerol [5-15% (v/v)] |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD-15 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→70 Å / Num. obs: 31198 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 27.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.84 / Rmerge(I) obs: 0.2183 / Rpim(I) all: 0.08188 / Rrim(I) all: 0.2341 / Net I/σ(I): 9.71 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.092 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 2.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 2999 / CC1/2: 0.546 / CC star: 0.84 / Rpim(I) all: 0.8885 / Rrim(I) all: 2.466 / % possible all: 96.71 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→70 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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