PDB-8tca: Structure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tca

タイトル

Structure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) targeting N6-methyladenosine (m6A), an RNA modification, no ligand

要素

m6A binding IgG Fab, heavy chain
m6A binding IgG Fab, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgG / Fab / m6A / RNA

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Angelo, M.C. / Aoki, S.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: In silico lambda-dynamics predicts protein binding specificities to modified RNAs.
著者: Angelo, M. / Zhang, W. / Vilseck, J.Z. / Aoki, S.T.

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年8月20日	Group: Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_related_exp_data_set Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8tca.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	8tca_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8sipC 8vevC C: 同じ文献を引用 (文献)
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/M38TCA / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: m6A binding IgG Fab, heavy chain

L: m6A binding IgG Fab, light chain

ヘテロ分子

47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.906, 79.906, 145.127
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: 抗体	m6A binding IgG Fab, heavy chain 分子量: 24023.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	m6A binding IgG Fab, light chain 分子量: 23042.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 2K [20% (v/v)], MgCl2 [0.2 M], Tris pH 8.0 [0.1 M], glycerol [5-15% (v/v)]

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射	モノクロメーター: Kohzu HLD-15 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→70 Å / Num. obs: 31198 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.12 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.84 / R_merge(I) obs: 0.2183 / R_pim(I) all: 0.08188 / R_rim(I) all: 0.2341 / Net I/σ(I): 9.71
反射シェル	解像度: 2.02→2.092 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 2.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 2999 / CC_1/2: 0.546 / CC star: 0.84 / R_pim(I) all: 0.8885 / R_rim(I) all: 2.466 / % possible all: 96.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB-REDO		精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		data processing
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.02→70 Å / SU ML: 0.2588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3211
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2243	1547	4.95 %	RANDOM
R_work	0.1814	29676	-	-
obs	0.1835	31042	98.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→70 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3236	0	36	287	3559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	3349
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1827	4557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0185	570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9104	1173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.08	0.3198	130	0.3103	2593	X-RAY DIFFRACTION	96.66
2.08-2.16	0.3323	136	0.2862	2592	X-RAY DIFFRACTION	95.99
2.16-2.24	0.2952	120	0.2475	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.24-2.34	0.2788	143	0.2418	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.34-2.47	0.2652	131	0.2229	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.47-2.62	0.2775	137	0.2028	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.62-2.82	0.2452	135	0.1813	2674	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.83-3.11	0.2196	153	0.1655	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.11-3.56	0.2033	157	0.1544	2713	X-RAY DIFFRACTION	98.93
3.56-4.48	0.2002	156	0.1407	2732	X-RAY DIFFRACTION	97.4
4.48-70	0.1689	149	0.1508	2859	X-RAY DIFFRACTION	96.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.57114191424	-0.32570368807	-2.03363430282	0.908829681617	0.496519459061	3.01881316559	-0.299084368006	-0.436254362058	-0.0949284204623	0.514672999696	0.211116288581	0.0983902247296	0.327364463415	0.35176102269	0.146631664749	0.260690762084	-0.0462905592893	-0.0374288141966	0.291799464106	-0.0229290978853	0.178108939328	43.743583979	62.8026104707	69.2458016193
2	1.73303419293	0.0376805413298	-1.66053527483	2.26864805932	0.0846650221453	2.65628175896	-0.087105756575	-0.110785632301	-0.00588049825865	0.067013538715	-0.0207121821575	0.0934888670659	0.216870822306	-0.0592386501949	0.105591100781	0.215376878861	-0.0382941918209	-0.00681330222222	0.255674587823	-0.0207584091197	0.217703581679	47.1545156565	61.4157850787	59.8144035742
3	1.21420837642	-0.120117960386	-1.22089532493	1.23248350697	0.24344937706	2.32915364163	0.0832239400805	-0.066350873167	0.0204970167843	-0.0139306807716	-0.040239473279	-0.080343665772	-0.143809505735	0.185193804115	-0.081651391247	0.207930622237	-0.0341324876553	-0.0107538956135	0.233357141556	-0.0342795437231	0.201365816311	46.2721384605	66.105930818	59.349691798
4	1.15036677965	0.222865284135	-0.0635277178851	1.79337948189	-0.0307054626848	1.92685359653	-0.00951648698302	0.0632170954284	-0.188939978806	0.127219192263	0.2080466645	-0.14837803102	0.37257855569	0.0866325755398	0.0119110399384	0.253565387184	0.0365362586782	-0.0307394875286	0.19331810913	-0.0482272424154	0.25909831116	26.6488359709	51.2528133301	79.9361876186
5	1.8406546884	0.406372489209	-0.0227161139227	2.20476152525	0.452278435708	2.29492106603	0.112952596856	0.316715227621	-0.423481339628	-0.0909851574903	0.134389776077	-0.168980767451	0.358882117246	0.455372605532	-0.239699674512	0.339675748629	0.0481633545695	-0.0232985517309	0.249890640439	-0.100536221671	0.321967870915	25.8286966433	47.5093318012	75.0491158091
6	1.55981520417	1.1800913606	-0.692801258735	4.74287002063	0.263104767964	0.738218238394	0.154224437025	-0.22399373224	-0.470874245063	0.940475416708	0.130159635317	-0.565114944458	0.742304274315	0.346794309315	-0.138728126403	0.635123296858	0.0757886187911	-0.157813953273	0.279654936419	-0.0190136460641	0.471990888312	27.9707538043	43.1888393112	86.27500178
7	1.72571405319	0.681225455329	-0.323680302159	2.96549347078	-0.0527851880888	1.57916976883	0.0455682847694	-0.00966006009535	0.0209324655471	0.0318979300471	-0.0574545745987	-0.0151472213749	-0.00685744726446	-0.0236565587079	0.0134754831338	0.201568589824	-0.00428597966766	-0.0141118948804	0.201126893362	-0.0153557878089	0.149057302659	36.6764289731	53.3198001338	44.7073862559
8	0.8948440872	0.33738309444	-1.17901978662	0.287080186305	-0.606357277428	1.68139445287	-0.0891605014243	0.00618081781455	-0.00174408321235	0.0094277532987	0.0580179869464	0.0787325772004	0.243445962728	-0.106429036114	0.0446503513528	0.262233150844	-0.0130697926609	-0.000593990227241	0.21090004505	-0.0078708521679	0.212496469993	24.7392613488	48.4631769377	60.5396914704
9	3.08838300475	0.357224158933	-1.51411904001	1.26210469473	-0.014172583847	3.77578361447	0.0391920987919	0.0949608573172	0.149864039346	-0.0204960470559	-0.0103312490246	0.130419575091	0.126508044744	-0.193688977646	-0.0382105538774	0.265756074841	-0.0345621985443	0.0161733352709	0.272601395492	0.0163180846498	0.263665562464	11.6276764926	46.2011041367	71.4030406712

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	A	1 - 17	1 - 17
2	2	chain 'H' and (resid 18 through 43 )	H	A	18 - 43	18 - 43
3	3	chain 'H' and (resid 44 through 114 )	H	A	44 - 114	44 - 114
4	4	chain 'H' and (resid 115 through 162 )	H	A	115 - 162	115 - 156
5	5	chain 'H' and (resid 163 through 189 )	H	A	163 - 189	157 - 183
6	6	chain 'H' and (resid 190 through 218 )	H	A	190 - 218	184 - 212
7	7	chain 'L' and (resid 1 through 71 )	L	B	1 - 71	1 - 71
8	8	chain 'L' and (resid 72 through 153 )	L	B	72 - 153	72 - 153
9	9	chain 'L' and (resid 154 through 213 )	L	B	154 - 213	154 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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