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- PDB-8tbv: Human Class I MHC HLA-A2 in complex with sorting nexin 24 (127-13... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tbv
タイトルHuman Class I MHC HLA-A2 in complex with sorting nexin 24 (127-135) neoantigen KLSHQLVLL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA-A*02:01 alpha chain
  • Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / MHC-I / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-2-microglobulin / HLA class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Arbuiso, A. / Weiss, L.I. / Brambley, C.A. / Ma, J. / Keller, G.L.J. / Ayres, C.M. / Baker, B.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Accurate modeling of peptide-MHC structures with AlphaFold.
著者: Mikhaylov, V. / Brambley, C.A. / Keller, G.L.J. / Arbuiso, A.G. / Weiss, L.I. / Baker, B.M. / Levine, A.J.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Accurate modeling of peptide-MHC structures with AlphaFold.
著者: Mikhaylov, V. / Brambley, C.A. / Arbuiso, A. / Weiss, L. / Ma, J. / Keller, G.L.J. / Ayres, C.M. / Baker, B.M. / Levine, A.J.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-A*02:01 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide
D: HLA-A*02:01 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8629
ポリマ－89,5726
非ポリマー2903
水2,954164
1
A: HLA-A*02:01 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0766
ポリマ－44,7863
非ポリマー2903
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
D: HLA-A*02:01 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7863
ポリマ－44,7863
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.226, 86.726, 79.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 1 through 275)
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2(chain "B" and resid 1 through 100)
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1GLYGLYGLUGLUAA1 - 2751 - 275
d_2ens_1GLYGLYGLUGLUDD1 - 2751 - 275
d_1ens_2METMETMETMETBB1 - 1001 - 100
d_2ens_2METMETMETMETEE1 - 1001 - 100
d_1ens_3LYSLYSLEULEUCC1 - 91 - 9
d_2ens_3LYSLYSLEULEUFF1 - 91 - 9

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA-A*02:01 alpha chain / HLA class I antigen / HLA class I histocompatibility antigen / HLA class I histocompatibility ...HLA class I antigen / HLA class I histocompatibility antigen / HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain / A alpha chain / MHC class I antigen / MHC class I protein / MHC class I protein (HLA-A)


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53Z42
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Sorting nexin 24 (127-135)(P132L) peptide


分子量: 1052.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 167分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Purified protein complexes were concentrated to 7.4 mg/mL before crystallization. The crystals were grown in 12.5% PEG 4000 and 0.1 M MES (pH 6.5) via hanging drop vapor diffusion. Crystals ...詳細: Purified protein complexes were concentrated to 7.4 mg/mL before crystallization. The crystals were grown in 12.5% PEG 4000 and 0.1 M MES (pH 6.5) via hanging drop vapor diffusion. Crystals were harvested and cryoprotected in 8% glycerol/92% mother liquor and immediately stored in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→62.23 Å / Num. obs: 23797 / % possible obs: 92.02 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.18 Å2 / CC1/2: 0.944 / Net I/σ(I): 4.32
反射 シェル解像度: 2.64→2.734 Å / Num. unique obs: 2209 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 88.75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALS2.2.10データ削減
DIALS2.2.10データスケーリング
PHENIX1.20rc3_4406位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→62.23 Å / SU ML: 0.3745 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 29.0484
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2744 2268 9.9 %
Rwork0.2292 20652 -
obs0.2337 22920 92.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→62.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6316 0 19 164 6499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00156508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42128819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0385900
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00271148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.33892383
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.822506075325
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.805420578925
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.553056676168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.70.34361380.29451230X-RAY DIFFRACTION88.83
2.7-2.760.41591320.31141242X-RAY DIFFRACTION89.69
2.76-2.830.41431460.29941279X-RAY DIFFRACTION89.85
2.83-2.910.32511350.28281278X-RAY DIFFRACTION92.96
2.91-2.990.31861410.2691305X-RAY DIFFRACTION92.22
2.99-3.090.29721410.25651291X-RAY DIFFRACTION93.05
3.09-3.20.29521390.24541307X-RAY DIFFRACTION93.71
3.2-3.330.28971470.24361319X-RAY DIFFRACTION94.28
3.33-3.480.30171500.24681321X-RAY DIFFRACTION94.05
3.48-3.660.25431360.22361221X-RAY DIFFRACTION87.72
3.66-3.890.25261340.20651221X-RAY DIFFRACTION86.86
3.89-4.190.24481470.20911330X-RAY DIFFRACTION95.05
4.19-4.610.22191480.18481348X-RAY DIFFRACTION95.9
4.61-5.280.22641480.17691335X-RAY DIFFRACTION95.25
5.28-6.650.26881420.22431308X-RAY DIFFRACTION91.77
6.65-62.230.22581440.20971317X-RAY DIFFRACTION91.43
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.244201110560.191409750603-0.2126307395551.422249392250.2252412792140.9780763129950.01333378163920.314450538059-0.01904195581340.0905303256415-0.033337904538-0.2911338147590.07568718895580.2471864338110.01151208683960.1495498202980.0119939448386-0.1043326828260.3455511361650.05782555574010.22587275271525.8338846432-3.4514600482919.8337705883
22.094619738650.3452061851171.480158514891.116528296150.5377149326712.311068052160.01046981795210.2657752717310.0604731277702-0.103094676430.06759540461690.0966169353950.1333811675970.0313177484315-0.1076961667460.15147050867-0.0147899441368-0.08450528638610.475098644048-0.08100220248650.308805740067-5.48288221528-7.787595026133.98570145843
33.80455784798-0.235990374732-0.009228720792490.787085426893-0.4703126575290.700329228861-0.02994280688080.1655952756020.593428894909-0.1048348323470.01336025992770.203213161926-0.0179483563146-0.1071105875340.04268158829350.1815793514230.0308199615211-0.09407648320390.483965123807-0.07807265177870.2973703834354.6857804265810.684817384411.5518639179
46.829412490842.38078780578-5.501036394940.939397404642-2.375444044718.48762435041-0.0699442979183-0.507769801387-0.103261996729-0.00610747895106-0.513220568415-0.69016934972-0.102929698241.248231592430.5567397379110.204786477543-0.0279851105349-0.04770627393420.3052974342710.1091222296560.46668932646733.0281981639-4.5225269998223.5223345446
51.8088969930.07057226971351.087493355531.026482432950.1936842945670.97020738172-0.0315312493421-0.04465807714840.0742291566481-0.08545856434450.04774895863460.2432490007140.0113080550954-0.006318552787630.006894865807350.162394171826-0.0280260862392-0.05297040067270.5990059671010.05598879600670.2332591620375.2323986003-39.794662210134.791031207
61.849877043070.593746218855-1.225301097620.7148599970250.04433675843411.708135940410.131027260390.495027930923-0.0964053886547-0.1445890703450.17085687874-0.180600578996-0.02124134272460.0990958902278-0.2301290468970.1550285079650.0213376193558-0.01990105510510.596557141292-0.02938461884270.25890141962536.7452067529-35.295867469918.6933947389
71.26893424433-0.09601264979010.7469038426680.445530857608-0.06534484297340.4609101433440.1191762744490.155872937504-0.217645536593-0.039864262755-0.0182631263579-0.01280182577570.07230096547080.0649495508259-0.1192437915630.193057324555-0.00948969849321-0.1028175591190.5719133361160.01938462644710.25820374393326.4161960943-53.809732207826.1642063485
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 180 )AA1 - 1801 - 180
22chain 'A' and (resid 181 through 275 )AA181 - 275181 - 275
33chain 'B' and (resid 1 through 100 )BD1 - 1001 - 100
44chain 'C' and (resid 1 through 9 )CF1 - 91 - 9
55chain 'D' and (resid 1 through 180)DG1 - 1801 - 180
66chain 'D' and (resid 181 through 275 )DG181 - 275181 - 275
77chain 'E' and (resid 1 through 100 )EH1 - 1001 - 100
88chain 'F' and (resid 1 through 9 )FI1 - 91 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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