PDB-8tbq: The crystal structure of human VISTA extra cellular domain in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tbq

タイトル

The crystal structure of human VISTA extra cellular domain in complex with Fab fragment of pH-selective anti-VISTA antibody

要素

SNS-101 Fab heavy chain
SNS-101 Fab light chain
V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation

キーワード

PROTEIN BINDING / IMMUNE SYSTEM / VISTA / pH-selective / SNS-101 / PD-1

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collagen catabolic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of endopeptidase activity / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / zymogen activation / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.593 Å

データ登録者

van der Horst, E.H. / Mukherjee, A. / Thisted, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The pH-selective anti-VISTA antibody SNS-101 displays a favorable pharmacokinetic and safety profile and promotes anti-tumoral M1 macrophage polarization in PD-1 refractory settings
著者: Thisted, T. / Smith, F.D. / Zhang, G. / Feng, F. / Kleschenko, Y. / Mukherjee, A. / Jiang, Z. / Malhotra, K. / Biesova, Z. / Onumajuru, A. / Gaelle, M. / Takeuchi, Y. / Thiam, K. / Schreiber, ...

履歴

登録	2023年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tbq.cif.gz	233.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tbq.ent.gz	178.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tbq_validation.pdf.gz	503.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tbq_full_validation.pdf.gz	510 KB	表示
XML形式データ	8tbq_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	8tbq_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: SNS-101 Fab heavy chain

L: SNS-101 Fab light chain

P: V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation

A: SNS-101 Fab heavy chain

B: SNS-101 Fab light chain

Q: V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation

ヘテロ分子

132 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: SNS-101 Fab heavy chain

L: SNS-101 Fab light chain

P: V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: SNS-101 Fab heavy chain

B: SNS-101 Fab light chain

Q: V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.659, 39.512, 177.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.121, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	H
2	1	H
3	2	H
4	2	H
5	3	H
6	3	H

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: H / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	1 - 223	1 - 223
2	1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	1 - 223	1 - 223
3	2	2	GLU	GLU	ASN	ASN	1 - 208	1 - 208
4	2	2	GLU	GLU	ASN	ASN	1 - 208	1 - 208
5	3	3	SER	SER	LEU	LEU	33 - 184	33 - 184
6	3	3	SER	SER	LEU	LEU	33 - 184	33 - 184

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体	SNS-101 Fab heavy chain 分子量: 24336.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: CHO / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	SNS-101 Fab light chain 分子量: 23414.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 PQ

#3: タンパク質

V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation

分子量: 17961.055 Da / 分子数: 2 / Fragment: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VSIR / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H7M9

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 49分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane, 0.2 M NaBr, 22%PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.593→158.409 Å / Num. obs: 26185 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 4.27 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.593→2.837 Å / 冗長度: 4.58 % / Num. unique obs: 1309 / CC_1/2: 0.695 / % possible all: 52.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.593→158.409 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.854 / SU B: 14.502 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.522 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	1291	4.93 %
R_work	0.2366	24894	-
all	0.239	-	-
obs	-	26185	63.9 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.929 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.294 Å²	0 Å²	-0.481 Å²
2-	-	-0.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.766 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.593→158.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8440	0	50	47	8537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	8717
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.026	0.016	7528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.941	1.652	11897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.577	1.558	17496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.227	5	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.639	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.86	10	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.999	10	350
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10047
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.145	0.2	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.155	0.2	7059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	4691
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.074	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.107	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.088	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.9	5.771	4535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.9	5.771	4535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.35	8.642	5653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.35	8.642	5654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.332	5.497	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.332	5.497	4183
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.401	8.288	6244
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.401	8.288	6245
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.205	68.468	8823
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.202	68.474	8820
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.045	0.05	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.041	0.05	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.061	0.05	1564

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04525	0.05
1	2	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04525	0.05
2	3	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04114	0.05
2	4	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04114	0.05
3	5	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06124	0.05
3	6	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06124	0.05

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.593-2.66	0.396	8	0.352	153	0.354	3007	0.925	0.896	5.3542	0.353
2.66-2.733	0.442	27	0.36	350	0.365	2862	0.849	0.927	13.1726	0.36
2.733-2.812	0.319	32	0.276	541	0.279	2893	0.928	0.952	19.8064	0.268
2.812-2.899	0.336	37	0.297	716	0.299	2711	0.936	0.941	27.7757	0.284
2.899-2.994	0.295	68	0.282	1000	0.282	2707	0.928	0.948	39.4533	0.262
2.994-3.099	0.316	84	0.29	1333	0.292	2584	0.929	0.944	54.8375	0.264
3.099-3.216	0.299	67	0.278	1647	0.279	2507	0.939	0.947	68.3686	0.258
3.216-3.347	0.321	95	0.277	1847	0.279	2400	0.933	0.948	80.9167	0.252
3.347-3.496	0.312	101	0.258	1973	0.261	2316	0.942	0.955	89.5509	0.227
3.496-3.666	0.308	91	0.267	2006	0.269	2210	0.933	0.952	94.8869	0.235
3.666-3.865	0.316	97	0.252	1791	0.255	2115	0.935	0.958	89.2671	0.225
3.865-4.099	0.284	66	0.212	1412	0.215	1998	0.949	0.972	73.974	0.197
4.099-4.382	0.226	82	0.198	1846	0.199	1928	0.97	0.975	100	0.181
4.382-4.732	0.226	94	0.176	1641	0.178	1735	0.971	0.981	100	0.169
4.732-5.184	0.223	72	0.19	1559	0.191	1632	0.974	0.977	99.9387	0.184
5.184-5.795	0.31	83	0.228	1405	0.232	1490	0.958	0.968	99.8658	0.218
5.795-6.69	0.306	71	0.255	1245	0.258	1323	0.936	0.958	99.4709	0.246
6.69-8.189	0.366	63	0.256	1064	0.261	1133	0.929	0.958	99.4704	0.258
8.189-11.566	0.336	33	0.213	851	0.217	887	0.929	0.97	99.6618	0.233
11.566-158.409	0.373	20	0.335	513	0.336	539	0.9	0.894	98.8868	0.436

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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