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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tbo | ||||||||||||
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タイトル | Sequence specific (AATT) orientation of netropsin molecules at a unique minor groove binding site (position1) within a self-assembled 3D DNA lattice (4x5) | ||||||||||||
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![]() | DNA / Self-Assembly / DNA Nanotechnology / DNA Scaffold / Crystal Lattice / Minor Groove Binders / Netropsin / DAPI / Hoechst / ImPyPy / polyamide / host-guest | ||||||||||||
機能・相同性 | CACODYLATE ION / NETROPSIN / DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Simmons, C.R. / MacCulloch, T. / Stephanopoulos, N. / Yan, H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Site-Specific Arrangement and Structure Determination of Minor Groove Binding Molecules in Self-Assembled Three-Dimensional DNA Crystals. 著者: Simmons, C.R. / Buchberger, A. / Henry, S.J.W. / Novacek, A. / Fahmi, N.E. / MacCulloch, T. / Stephanopoulos, N. / Yan, H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 628.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 629.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8t7bC ![]() 8t7xC ![]() 8t80C ![]() 8ta8C ![]() 8ta9C ![]() 8tajC ![]() 8tamC ![]() 8tapC ![]() 8taqC ![]() 8tb3C ![]() 8tb4C ![]() 8tb8C ![]() 8tbdC ![]() 8tc2C ![]() 8tc4C ![]() 8tc6C ![]() 8tdtC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-DNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD
#1: DNA鎖 | 分子量: 6416.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1480.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 2761.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 2137.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/NT.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CAC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-NT / | ||
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#6: 化合物 | ChemComp-CAC / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.5 mL of 0.05 M Na Cacodylate pH 7.0, with 18 mM MgCl2, 2.25 mM spermine, 0.9 mM CoH18N6, and 4.5% MPD was added to the reservoir with 2 uL added to the drop containing 4 uL of DNA stock. Temp details: temperature gradient generated from 60 to 25 C at 0.3 degrees per hour |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.599→50 Å / Num. obs: 5449 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 16.7 % / CC1/2: 0.956 / CC star: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 3.097 / Net I/σ(I): 12.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.599→43.093 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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