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- PDB-8tb4: Sequence specific (AATT) orientation of DAPI molecules at a uniqu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tb4
タイトルSequence specific (AATT) orientation of DAPI molecules at a unique minor groove binding site (position2) within a self-assembled 3D DNA lattice (4x5)
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*T*(DAP))-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
キーワードDNA / Self-Assembly / DNA Nanotechnology / DNA Scaffold / Crystal Lattice / Minor Groove Binders / Netropsin / DAPI / Hoechst / ImPyPy / polyamide / host-guest
機能・相同性6-AMIDINE-2-(4-AMIDINO-PHENYL)INDOLE / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Simmons, C.R. / MacCulloch, T. / Stephanopoulos, N. / Yan, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1360635 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104960 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF2004250 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Site-Specific Arrangement and Structure Determination of Minor Groove Binding Molecules in Self-Assembled Three-Dimensional DNA Crystals.
著者: Simmons, C.R. / Buchberger, A. / Henry, S.J.W. / Novacek, A. / Fahmi, N.E. / MacCulloch, T. / Stephanopoulos, N. / Yan, H.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*T*(DAP))-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1468
ポリマ－12,7954
非ポリマー3504
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.507, 69.507, 59.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*A)-3')


分子量: 6465.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 1480.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*T*(DAP))-3')


分子量: 2720.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 2129.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-DAP / 6-AMIDINE-2-(4-AMIDINO-PHENYL)INDOLE / DAPI


分子量: 277.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N5
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5 mL of 0.05 M HEPES pH 7.5 with 15 mM MgCl2, 1.0 mM spermidine, and 10% dioxan was added to the reservoir with 2 uL added to the drop containing 4 uL of DNA stock.
Temp details: temperature gradient generated from 60 to 25 C at 0.3 degrees per hour

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 5774 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 4.546 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.156.71.6292910.6440.8850.6271.7550.4597.3
3.15-3.217.60.4822690.9650.9910.1780.5160.5498.2
3.21-3.2780.2563060.9920.9980.0890.2710.763100
3.27-3.349.10.2172940.9960.9990.0730.2290.793100
3.34-3.419.30.6652580.9390.9840.2280.7030.465100
3.41-3.499.80.412980.9770.9940.1370.4320.575100
3.49-3.589.70.5512990.9740.9930.1840.5810.77100
3.58-3.689.30.5342940.910.9760.1850.5652.272100
3.68-3.789.50.7582770.9260.9810.2580.8020.92999.6
3.78-3.9110.80.2772970.980.9950.0880.290.753100
3.91-4.0410.60.2192880.9890.9970.070.230.748100
4.04-4.2110.70.1732900.9890.9970.0550.1820.852100
4.21-4.410.50.1542890.9920.9980.050.1621.002100
4.4-4.6310.40.1352860.9930.9980.0440.1421.075100
4.63-4.929.30.112920.9870.9970.0380.1173.02299.3
4.92-5.310.70.0982830.9810.9950.0310.1034.002100
5.3-5.8310.70.0852970.9820.9960.0270.094.967100
5.83-6.6710.50.0762810.9860.9970.0240.0795.661100
6.67-8.4100.0672950.9760.9940.0220.077.27299.7
8.4-5010.40.1322900.9840.9960.0430.13948.164100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 20.035 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23789 304 5.4 %RANDOM
Rwork0.19501 ---
obs0.19728 5335 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 138.397 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.11→42.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 855 24 0 879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.011979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0680.017485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0661.7911500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6471.5441147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it14.66314.072979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other14.65614.074980
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other19.04421.0371501
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined24.0441477
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other24.0371478
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.188 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.528 15 -
Rwork0.347 360 -
obs--86.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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