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万見
- PDB-8tb7: Cryo-EM Structure of GPR61- -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tb7
タイトルCryo-EM Structure of GPR61-
要素
  • Fab hinge-binding nanobody
  • Fab24 BAK5 heavy chain
  • Fab24 BAK5 light chain
  • G-protein coupled receptor 61,Soluble cytochrome b562
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / inverse agonist / membrane protein / BRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-independent adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / receptor complex / endosome membrane / endosome / iron ion binding ...ligand-independent adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / receptor complex / endosome membrane / endosome / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZOB / Soluble cytochrome b562 / G-protein coupled receptor 61
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Lees, J.A. / Dias, J.M. / Han, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: An inverse agonist of orphan receptor GPR61 acts by a G protein-competitive allosteric mechanism.
著者: Joshua A Lees / João M Dias / Francis Rajamohan / Jean-Philippe Fortin / Rebecca O'Connor / Jimmy X Kong / Emily A G Hughes / Ethan L Fisher / Jamison B Tuttle / Gabrielle Lovett / Bethany L ...著者: Joshua A Lees / João M Dias / Francis Rajamohan / Jean-Philippe Fortin / Rebecca O'Connor / Jimmy X Kong / Emily A G Hughes / Ethan L Fisher / Jamison B Tuttle / Gabrielle Lovett / Bethany L Kormos / Rayomand J Unwalla / Lei Zhang / Anne-Marie Dechert Schmitt / Dahui Zhou / Michael Moran / Kimberly A Stevens / Kimberly F Fennell / Alison E Varghese / Andrew Maxwell / Emmaline E Cote / Yuan Zhang / Seungil Han /
要旨: GPR61 is an orphan GPCR related to biogenic amine receptors. Its association with phenotypes relating to appetite makes it of interest as a druggable target to treat disorders of metabolism and body ...GPR61 is an orphan GPCR related to biogenic amine receptors. Its association with phenotypes relating to appetite makes it of interest as a druggable target to treat disorders of metabolism and body weight, such as obesity and cachexia. To date, the lack of structural information or a known biological ligand or tool compound has hindered comprehensive efforts to study GPR61 structure and function. Here, we report a structural characterization of GPR61, in both its active-like complex with heterotrimeric G protein and in its inactive state. Moreover, we report the discovery of a potent and selective small-molecule inverse agonist against GPR61 and structural elucidation of its allosteric binding site and mode of action. These findings offer mechanistic insights into an orphan GPCR while providing both a structural framework and tool compound to support further studies of GPR61 function and modulation.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: G-protein coupled receptor 61,Soluble cytochrome b562
H: Fab24 BAK5 heavy chain
N: Fab hinge-binding nanobody
L: Fab24 BAK5 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,0795
ポリマ－149,5554
非ポリマー5251
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 R

#1: タンパク質 G-protein coupled receptor 61,Soluble cytochrome b562


分子量: 59991.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: GPR61, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BZJ8, UniProt: P0ABE7

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抗体 , 3種, 3分子 HNL

#2: 抗体 Fab24 BAK5 heavy chain


分子量: 52888.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab hinge-binding nanobody


分子量: 13276.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Fab24 BAK5 light chain


分子量: 23398.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-ZOB / 6-{[(3,5-difluoropyridin-4-yl)methyl]amino}-N-(4-ethoxy-6-methylpyrimidin-2-yl)-2-methoxy-N-(2-methoxyethyl)pyridine-3-sulfonamide


分子量: 524.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26F2N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GPR61-ICL3-BRIL chimera in complex with anti-BRIL Fab24 BAK5 and hinge-binding nanobody bound to inverse agonist Compound 1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170451 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036943
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5979435
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.774977
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0481071
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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