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- PDB-8tb1: Solution NMR structure of a RiPP proteusin precursor protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tb1
タイトルSolution NMR structure of a RiPP proteusin precursor protein
要素NHLP leader peptide family natural product, tumor homing peptide 1 (TH1) substrate chimera
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / RiPP / proteusin / NHLP / nitrile hdydratase-like protein
機能・相同性NHLP leader peptide domain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / catalytic activity / transition metal ion binding / NHLP leader peptide family natural product
機能・相同性情報
生物種Methylovulum psychrotolerans (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者McShan, A.C. / Vinayak, A. / Nguyen, N.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM142882 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Disordered regions in proteusin peptides guide post-translational modification by a flavin-dependent RiPP brominase.
著者: Nguyen, N.A. / Vidya, F.N.U. / Yennawar, N.H. / Wu, H. / McShan, A.C. / Agarwal, V.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NHLP leader peptide family natural product, tumor homing peptide 1 (TH1) substrate chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6781
ポリマ－9,6781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NHLP leader peptide family natural product, tumor homing peptide 1 (TH1) substrate chimera


分子量: 9677.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera of MprE7 gene + synthetic tumor homing peptide 1 (TH1) substrate
由来: (組換発現) Methylovulum psychrotolerans (バクテリア), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: AADEFJLK_03368 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S5CJC8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MprE7-TH1, 90% H2O/10% D2O
Label: sample1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.4 mM / 構成要素: MprE7-TH1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Bruker AVIIIHD 800 / 製造業者: Bruker / モデル: Bruker AVIIIHD 800 / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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