PDB-8tad: RTA in complex with inhibitor RUNT-206

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tad

タイトル

RTA in complex with inhibitor RUNT-206

要素

Ricin A chain

キーワード

TOXIN / HYDROLASE/INHIBITOR / N-glycosidase / inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Tumer, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-based design and optimization of a new class of small molecule inhibitors targeting the P-stalk binding pocket of ricin.
著者: Rudolph, M.J. / Dutta, A. / Tsymbal, A.M. / McLaughlin, J.E. / Chen, Y. / Davis, S.A. / Theodorous, S.A. / Pierce, M. / Algava, B. / Zhang, X. / Szekely, Z. / Roberge, J.Y. / Li, X.P. / Tumer, N.E.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tad.cif.gz	120 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tad.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tad_validation.pdf.gz	916 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tad_full_validation.pdf.gz	920.5 KB	表示
XML形式データ	8tad_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	8tad_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8tad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8tad	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t9vC 8tabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Ricin A chain

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.877, 169.877, 54.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Ricin A chain / rRNA N-glycosidase 分子量: 28664.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-ZXJ / (9aM)-5,5-dimethyl-4,5-dihydronaphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid 分子量: 258.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₂S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 mM KH2PO4 and 20% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 12372 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 2.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.75-2.8	27.8	3.232	594	0.526	0.83	0.609	3.29	0.478	100
2.8-2.85	27.7	2.867	608	0.653	0.889	0.54	2.919	0.493	100
2.85-2.9	27.6	2.475	601	0.749	0.926	0.467	2.519	0.491	100
2.9-2.96	27	2.255	607	0.751	0.926	0.431	2.297	0.501	100
2.96-3.03	26.5	2.066	608	0.732	0.92	0.398	2.105	0.512	100
3.03-3.1	26.2	1.882	589	0.775	0.934	0.365	1.918	0.528	100
3.1-3.17	25	1.568	621	0.87	0.965	0.314	1.6	0.534	100
3.17-3.26	22.1	1.317	596	0.925	0.98	0.284	1.348	0.564	100
3.26-3.36	26.4	1.087	618	0.935	0.983	0.212	1.109	0.62	100
3.36-3.46	29.1	0.937	602	0.956	0.989	0.173	0.953	0.657	100
3.46-3.59	29.3	0.66	616	0.978	0.994	0.122	0.672	0.803	100
3.59-3.73	28.8	0.569	600	0.977	0.994	0.106	0.579	0.894	99.8
3.73-3.9	27.9	0.485	621	0.984	0.996	0.092	0.493	0.995	100
3.9-4.11	26.9	0.385	613	0.986	0.996	0.076	0.393	1.261	100
4.11-4.36	24.6	0.305	618	0.993	0.998	0.064	0.312	1.589	100
4.36-4.7	21.2	0.255	625	0.991	0.998	0.059	0.262	1.761	99.8
4.7-5.17	22.8	0.239	626	0.99	0.997	0.054	0.246	1.804	99.8
5.17-5.92	27	0.219	642	0.991	0.998	0.044	0.224	1.8	100
5.92-7.46	25.4	0.164	651	0.997	0.999	0.034	0.168	1.917	100
7.46-50	19.2	0.085	716	0.999	1	0.02	0.087	3.626	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.76→49.04 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2561	616	4.99 %
R_work	0.219	-	-
obs	0.221	12357	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→49.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2010	0	26	5	2041

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.576
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.201	294
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.76-3.04	0.343	145	0.3187	2857	X-RAY DIFFRACTION	99
3.04-3.48	0.3313	162	0.2836	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-4.39	0.2654	146	0.21	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-10	0.2128	163	0.189	3097	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7681	-1.5452	1.3506	1.6071	0.8335	4.0941	0.0099	-0.2807	0.7115	0.0091	0.0848	-0.6211	-0.2901	0.501	-0.0767	0.503	-0.2167	0.026	0.7804	0.1008	1.0307	-8.4641	74.0541	-4.6592
2	5.1869	-1.0689	-1.0556	1.0511	-0.0189	6.4562	0.15	-0.581	0.1191	0.4172	-0.0628	-0.0093	-0.5054	0.3641	-0.0799	0.5199	-0.1844	0.0278	0.5373	-0.007	0.7979	-23.3089	73.8507	0.6249
3	4.2681	2.6001	-6.2746	5.7018	-3.0778	9.3751	-0.5238	0.3275	-1.5514	-0.6145	-0.2048	-1.0469	1.2445	-0.0588	0.7248	0.5636	0.042	0.1707	0.6167	0.0809	1.1331	-24.5785	55.6825	-6.5638
4	1.3187	-2.6141	1.6181	7.7416	-0.7734	4.2356	-0.0344	0.4689	0.1056	-0.1003	-0.1581	0.4441	0.0298	0.0202	0.1799	0.3755	-0.0978	0.0173	0.5597	0.0255	0.5487	-26.0414	66.8291	-9.4818
5	6.8998	-1.2948	-0.7547	8.736	-4.3722	8.2053	-0.0237	-0.1076	-0.3415	-1.2967	-0.6849	-0.1055	0.417	0.6864	0.5369	0.6361	0.0017	0.0149	0.5593	-0.0098	1.1417	-12.7794	60.246	-18.5153
6	4.1247	1.5303	1.6861	4.4879	2.3002	3.4877	-0.0042	-0.4211	-0.7328	0.3994	0.214	-0.6958	0.5262	0.6607	-0.1436	0.5326	0.0762	0.0938	1.029	0.2873	1.2491	-2.8607	53.6379	-2.7883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 180 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 181 through 201 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 202 through 258 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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