PDB-8tab: RTA-PD00589

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tab

タイトル

RTA-PD00589

要素

Ricin A chain

キーワード

TOXIN / HYDROLASE/INHIBITOR / N-glycosidase / inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Tumer, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-based design and optimization of a new class of small molecule inhibitors targeting the P-stalk binding pocket of ricin.
著者: Rudolph, M.J. / Dutta, A. / Tsymbal, A.M. / McLaughlin, J.E. / Chen, Y. / Davis, S.A. / Theodorous, S.A. / Pierce, M. / Algava, B. / Zhang, X. / Szekely, Z. / Roberge, J.Y. / Li, X.P. / Tumer, N.E.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tab.cif.gz	124.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tab.ent.gz	93.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tab_validation.pdf.gz	731.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tab_full_validation.pdf.gz	732.1 KB	表示
XML形式データ	8tab_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	8tab_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8tab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8tab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t9vC 8tadC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Ricin A chain

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.146, 169.146, 55.913
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-442- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ricin A chain 分子量: 28935.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase

-
非ポリマー , 5種, 169分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-U4T / 4H,5H-naphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid / 4,5-Dihydronaphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid / 4,5-dihydrobenzo[g][1]benzothiole-2-carboxylic acid 分子量: 230.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM Mg(NO3)2 and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 22196 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 4.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	7.9	1.422	1030	0.614	0.872	0.515	1.518	0.497	92.6
2.29-2.33	8	1.299	1051	0.559	0.847	0.471	1.387	0.51	97.9
2.33-2.38	8.1	1.362	1096	0.58	0.857	0.506	1.459	0.503	99.3
2.38-2.42	8.5	1.251	1082	0.711	0.912	0.448	1.332	0.516	99.6
2.42-2.48	8.7	1.342	1099	0.682	0.9	0.475	1.427	0.527	99.7
2.48-2.53	8.8	1.134	1091	0.59	0.862	0.4	1.205	0.554	99.9
2.53-2.6	8.8	0.997	1093	0.77	0.933	0.35	1.059	0.558	99.9
2.6-2.67	8.8	0.835	1098	0.819	0.949	0.294	0.887	0.573	99.9
2.67-2.75	8.4	0.699	1106	0.844	0.957	0.253	0.746	0.627	99.8
2.75-2.83	7.7	0.535	1090	0.902	0.974	0.204	0.575	0.656	99.5
2.83-2.94	10.5	0.505	1106	0.954	0.988	0.161	0.531	0.681	99.9
2.94-3.05	11.6	0.42	1120	0.975	0.994	0.127	0.44	0.716	100
3.05-3.19	12.5	0.34	1106	0.98	0.995	0.099	0.355	0.804	100
3.19-3.36	13.4	0.268	1111	0.985	0.996	0.076	0.279	0.932	99.8
3.36-3.57	13.6	0.2	1111	0.993	0.998	0.057	0.208	1.114	99.6
3.57-3.85	12.8	0.155	1126	0.994	0.999	0.046	0.162	1.278	99.6
3.85-4.23	10.1	0.114	1120	0.994	0.999	0.039	0.121	1.485	98.1
4.23-4.85	11.8	0.096	1125	0.996	0.999	0.031	0.101	1.554	99.6
4.85-6.1	12.8	0.096	1183	0.995	0.999	0.029	0.1	1.375	99.8
6.1-50	12.5	0.077	1252	0.997	0.999	0.022	0.08	2.091	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.26→48.83 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	1120	5.05 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.1874	22183	97.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→48.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2041	0	34	162	2237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.609
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.528	304
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.26-2.36	0.2668	116	0.2333	2261	X-RAY DIFFRACTION	86
2.36-2.49	0.2955	128	0.2485	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.64	0.2638	138	0.228	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.84	0.2367	145	0.216	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.13	0.2618	146	0.2023	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.58	0.205	139	0.1885	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.51	0.1785	143	0.1467	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
4.52-10	0.2	165	0.1631	2868	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2808	0.2894	1.0287	2.4377	0.9516	6.9437	0.2316	0.0085	0.4363	-0.0239	-0.1882	-0.3051	-0.2449	0.3216	-0.06	0.1971	-0.0611	0.0301	0.2864	0.032	0.4427	-12.4844	75.2222	-12.5624
2	4.9963	-2.9432	-2.9106	5.9124	2.0798	4.1797	-0.3708	-1.0872	0.3612	0.5657	0.3013	-0.9727	-0.0516	0.6855	0.0709	0.2638	-0.0696	-0.0784	0.5142	-0.0532	0.34	-3.079	72.0392	4.0345
3	3.431	-0.6983	1.9161	0.3573	0.224	3.8495	0.0328	-0.0304	0.0394	0.0226	0.0408	0.0939	-0.1912	0.1741	-0.0636	0.2252	-0.0238	0.0613	0.238	-0.0225	0.5088	-21.996	73.1484	-3.088
4	7.7579	-0.7564	-1.5579	3.9982	2.2314	7.2509	0.2361	-0.5844	0.5141	0.5152	0.0198	0.4865	-0.1875	0.3628	-0.1964	0.223	-0.0597	0.0454	0.299	-0.0401	0.4127	-24.8788	74.2473	6.4882
5	3.9015	0.9281	-4.6758	1.5992	-2.054	8.8737	-0.0789	-0.0405	-0.2005	-0.0703	0.055	0.3134	0.5433	0.0223	0.0658	0.2393	-0.0348	0.0189	0.2564	0.0017	0.6125	-24.4826	55.2758	-6.5854
6	2.553	-0.1223	0.0318	0.6594	0.016	0.6016	-0.0171	-0.0375	-0.3566	0.0117	0.0351	0.15	0.0339	-0.0178	-0.0157	0.1955	-0.0297	0.0051	0.2404	0.0227	0.4467	-18.383	61.9507	-10.7051
7	4.462	0.8034	1.8072	3.193	1.2716	2.3414	0.0792	-0.4658	-0.6993	0.3189	0.0112	-0.4385	0.2995	0.0067	-0.1619	0.2056	-0.0002	0.0433	0.4048	0.1239	0.5849	-0.4407	53.4932	-2.305

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 56 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 122 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 140 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 141 through 219 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 220 through 261 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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