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- PDB-8ta1: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ta1
タイトルCrystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor MAM907
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Dihydrofolate reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Rational Exploration of 2,4-Diaminopyrimidines as DHFR Inhibitors Active against Mycobacterium abscessus and Mycobacterium avium , Two Emerging Human Pathogens.
著者: Andrade Meirelles, M. / Almeida, V.M. / Sullivan, J.R. / de Toledo, I. / Dos Reis, C.V. / Cunha, M.R. / Zigweid, R. / Shim, A. / Sankaran, B. / Woodward, E.L. / Seibold, S. / Liu, L. / Mian, ...著者: Andrade Meirelles, M. / Almeida, V.M. / Sullivan, J.R. / de Toledo, I. / Dos Reis, C.V. / Cunha, M.R. / Zigweid, R. / Shim, A. / Sankaran, B. / Woodward, E.L. / Seibold, S. / Liu, L. / Mian, M.R. / Battaile, K.P. / Riley, J. / Duncan, C. / Simeons, F.R.C. / Ferguson, L. / Joji, H. / Read, K.D. / Lovell, S. / Staker, B.L. / Behr, M.A. / Pilli, R.A. / Counago, R.M.
履歴
登録2023年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6647
ポリマ－19,0361
非ポリマー1,6286
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.722, 66.265, 44.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 19035.619 Da / 分子数: 1 / 断片: MyulA.01062.a.B13 / 変異: C89S, E96A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
株: Agy99 / 遺伝子: dfrA, MUL_2179 / プラスミド: MyulA.01062.a.B13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0PQG8, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 6種, 218分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EII / 3-(2-{3-[(2,4-diamino-6-cyclohexylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)propanoic acid


分子量: 414.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Berkeley H8: 30% (w/v) PEG 4000, 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.6, 200 mM Ammonium acetate. Plate 13388 H8 drop 1. MyulA.01062.a.B13.PS38720 at 8.9 mg/mL. 2mM MAM907 and 2mM ...詳細: Berkeley H8: 30% (w/v) PEG 4000, 100 mM Sodium acetate / Hydrochloric acid pH 4.6, 200 mM Ammonium acetate. Plate 13388 H8 drop 1. MyulA.01062.a.B13.PS38720 at 8.9 mg/mL. 2mM MAM907 and 2mM NADP added to the protein prior to crystallization. Plate 13388 well H8 drop 1, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月21日
放射モノクロメーター: HELIOS MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.11 Å / Num. obs: 26509 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 230896
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.247 / Num. measured all: 7525 / Num. unique obs: 1304 / CC1/2: 0.476 / Rpim(I) all: 0.571 / Rrim(I) all: 1.378 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_4933精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→22.27 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 17.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1674 1320 4.99 %
Rwork0.1465 --
obs0.1476 26479 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1252 0 100 212 1564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1051944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.975527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.560.23461310.23992770X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.630.24391360.21182796X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.720.211910.18532853X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.820.22271470.16432785X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.970.16461640.13882751X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.160.15361670.13082785X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.470.1731590.1282790X-RAY DIFFRACTION100
2.48-3.120.14891820.1342774X-RAY DIFFRACTION100
3.12-22.270.14011430.12822855X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01380.1349-0.07132.40450.11313.23370.009-0.22640.17480.0785-0.0161-0.08320.02870.01070.00860.0562-0.0004-0.00420.0513-0.01770.08194.7501-6.725716.4343
22.14290.03750.36323.19833.19175.19020.016-0.15690.1976-0.0057-0.25670.2659-0.1631-0.29720.17210.0640.0016-0.00450.0757-0.0240.092-7.5688-5.912713.181
33.1206-0.6227-0.08321.5919-0.03551.8174-0.0502-0.1211-0.06380.08010.02560.05620.0104-0.08490.03020.0627-0.00330.0060.0478-0.00560.0621-3.2415-18.571812.9194
43.7633-0.6567-0.50461.30940.0580.638-0.0660.0459-0.3911-0.13260.0119-0.03850.1613-0.02870.03160.1175-0.01080.01160.0667-0.02120.1311.3093-26.66158.6381
50.30510.0328-0.14624.15991.10423.0866-0.04610.1185-0.0436-0.45680.04090.025-0.0372-0.0384-0.0050.1005-0.0093-0.0010.0908-0.00590.0975-0.3394-19.0440.5749
61.7518-1.2264-0.37631.7520.3571.89430.08350.08010.0244-0.1175-0.1039-0.026-0.11380.0353-0.00060.0439-0.0146-0.00310.04450.00280.05845.473-6.92226.2645
70.9979-1.2983-1.04162.41971.32711.0824-0.2893-0.72360.5860.42780.235-0.5189-0.07050.0379-0.25480.13610.0335-0.05950.1811-0.08240.216113.5559-6.1222.6074
80.409-0.02520.86280.66310.02611.81910.16560.16450.1087-0.0591-0.0565-0.0638-0.32520.23570.15560.14370.0150.05150.10130.05270.10618.67030.17223.4147
91.455-0.276-2.18751.35070.94037.67410.12890.03930.1877-0.0792-0.0373-0.0067-0.148-0.1783-0.04480.09860.01140.00590.0577-0.00270.1036-0.87963.787212.5144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 37 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 38 through 62 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 63 through 78 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 79 through 102 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 103 through 122 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 123 through 132 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 133 through 145 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 146 through 165 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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