PDB-8t9v: RTA-RUNT-59 complex structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t9v

タイトル

RTA-RUNT-59 complex structure

要素

Ricin

キーワード

TOXIN / N-glycosidase / inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.945 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Tumer, N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-based design and optimization of a new class of small molecule inhibitors targeting the P-stalk binding pocket of ricin.
著者: Rudolph, M.J. / Dutta, A. / Tsymbal, A.M. / McLaughlin, J.E. / Chen, Y. / Davis, S.A. / Theodorous, S.A. / Pierce, M. / Algava, B. / Zhang, X. / Szekely, Z. / Roberge, J.Y. / Li, X.P. / Tumer, N.E.

履歴

登録	2023年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t9v.cif.gz	124 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t9v.ent.gz	94.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t9v_validation.pdf.gz	711 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t9v_full_validation.pdf.gz	712 KB	表示
XML形式データ	8t9v_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	8t9v_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tabC 8tadC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Ricin

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.078, 169.078, 54.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-444- HOH

#1: タンパク質	Ricin 分子量: 28935.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-ZJT / (9aP)-7-fluoro-4,5-dihydronaphtho[1,2-b]thiophene-2-carboxylic acid 分子量: 248.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₉FO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM di-Ammonium tartrate and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.945→50 Å / Num. obs: 34295 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 4.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	21.6	3.665	1684	0.528	0.831	0.808	3.755	0.343	100
1.98-2.02	22.3	3.223	1681	0.642	0.884	0.701	3.3	0.349	100
2.02-2.06	22.9	2.683	1677	0.77	0.933	0.574	2.745	0.354	100
2.06-2.1	23.4	2.23	1681	0.808	0.946	0.472	2.281	0.36	100
2.1-2.15	24	1.872	1690	0.871	0.965	0.391	1.913	0.359	100
2.15-2.2	24.1	1.534	1701	0.93	0.982	0.319	1.568	0.371	100
2.2-2.25	23.9	1.217	1661	0.96	0.99	0.255	1.244	0.385	100
2.25-2.31	23.8	0.997	1700	0.972	0.993	0.209	1.019	0.396	100
2.31-2.38	23.1	0.792	1691	0.981	0.995	0.169	0.811	0.408	100
2.38-2.46	20.6	0.641	1684	0.982	0.995	0.145	0.657	0.42	100
2.46-2.54	24.9	0.568	1711	0.984	0.996	0.116	0.58	0.446	100
2.54-2.65	27	0.436	1701	0.989	0.997	0.086	0.445	0.463	100
2.65-2.77	27.2	0.336	1709	0.993	0.998	0.066	0.343	0.514	100
2.77-2.91	27.4	0.241	1712	0.997	0.999	0.048	0.246	0.6	100
2.91-3.1	27.9	0.19	1710	0.997	0.999	0.037	0.193	0.7	99.9
3.1-3.33	28	0.134	1728	0.997	0.999	0.027	0.137	0.898	100
3.33-3.67	25.7	0.098	1744	0.998	1	0.02	0.1	1.215	99.9
3.67-4.2	30.2	0.078	1749	0.999	1	0.016	0.08	1.49	99.8
4.2-5.29	27.6	0.061	1771	0.999	1	0.013	0.062	1.639	100
5.29-50	28.7	0.047	1910	1	1	0.009	0.048	1.564	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.945→48.809 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2059	1667	4.87 %
R_work	0.1765	-	-
obs	0.178	34257	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.945→48.809 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2041	0	24	108	2173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	2121
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.195	2884
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.35	1731
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9452-2.0025	0.4318	131	0.3946	2610	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0025-2.0671	0.3858	114	0.3423	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0671-2.141	0.3177	134	0.2858	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.141-2.2267	0.2698	138	0.2387	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2267-2.3281	0.25	128	0.2049	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3281-2.4508	0.2256	135	0.1953	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4508-2.6043	0.2205	152	0.1914	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6043-2.8054	0.2336	135	0.1895	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8054-3.0877	0.2361	132	0.1916	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0877-3.5344	0.2088	155	0.1828	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5344-4.4524	0.167	146	0.1383	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4524-48.809	0.1659	167	0.1429	2925	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.362	-0.5688	0.0232	2.5973	-0.2097	0.0218	0.3284	-0.0299	0.8208	-0.0684	0.0661	-0.2344	-0.8295	0.2532	-0.3527	0.4739	-0.0959	0.0746	0.5829	-0.0333	0.5715	-16.6168	78.308	-10.8589
2	4.0586	-0.1173	0.9956	3.3935	0.5141	8.1964	0.3122	0.1024	0.4588	-0.1001	-0.1792	-0.3932	-0.5818	0.8933	-0.2011	0.3251	-0.0554	0.0637	0.5918	0.0217	0.5783	-8.847	72.5385	-13.4738
3	7.2093	-3.6358	-2.8755	4.8889	2.404	4.3056	-0.1732	-1.669	0.6902	0.5582	0.3826	-0.8047	-0.1854	0.9158	-0.0706	0.3796	-0.163	-0.0719	0.8746	-0.1039	0.5728	-3.114	71.9975	4.0661
4	4.3208	-0.0385	1.572	0.6712	0.3169	4.1192	0.217	-0.0983	0.1849	0.0952	-0.0068	0.1049	-0.2186	0.3607	-0.1468	0.3166	-0.0592	0.0475	0.3768	-0.0309	0.5393	-22.0037	73.104	-2.9387
5	4.9759	0.1386	-1.9806	6.2255	0.7624	5.1491	0.4074	-1.0419	0.5652	0.6724	-0.1448	0.1508	-0.4082	0.4613	-0.2737	0.4168	-0.1216	0.0582	0.5502	-0.12	0.5124	-24.9309	74.1685	6.6318
6	3.37	0.0589	-1.3463	2.3828	-0.8021	3.149	-0.0093	0.1084	-0.4077	-0.109	-0.0344	0.4123	0.3039	0.0341	0.0737	0.2752	-0.0614	-0.0103	0.3884	-0.0297	0.5918	-26.2834	61.4378	-9.3531
7	6.0586	-1.1064	-1.1811	1.4794	-0.368	2.3552	0.1372	0.0845	-0.0084	-0.037	-0.0151	0.2538	-0.0424	-0.2476	-0.0462	0.2755	-0.0171	0.02	0.3426	0.0172	0.4764	-28.4547	64.2093	-7.7452
8	3.4231	1.1546	-0.0643	2.727	0.6476	1.6739	0.113	-0.1815	-0.8408	0.1183	-0.0982	-0.0317	0.2046	0.3329	-0.0016	0.235	-0.0045	0.0059	0.4948	0.0524	0.5698	-8.26	57.6971	-8.6244
9	3.9211	0.7543	2.6953	1.2749	0.8052	2.5816	0.2358	-0.6298	-1.1998	0.6423	-0.1653	-0.5945	0.69	0.2155	-0.117	0.4239	0.0174	-0.0141	0.6769	0.1108	0.7234	-2.1695	53.6347	-4.0883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 56 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 97 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 98 through 122 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 123 through 154 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 155 through 174 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 175 through 229 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 230 through 261 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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