PDB-8t9p: Crystal Structure of YR, a heterohexamer of the 4-oxalocrotonate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t9p

タイトル

Crystal Structure of YR, a heterohexamer of the 4-oxalocrotonate tautomerase (4-OT) family

要素

Tautomerase alpha subunit
Tautomerase beta subunit

キーワード

ISOMERASE / tautomerase / heterohexamer / asymmetric / 4-OT

機能・相同性

4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / : / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / 4-oxalocrotonate tautomerase-like domain-containing protein / 4-oxalocrotonate tautomerase-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Herbaspirillum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Moreno, R.Y. / Zhang, Y.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Introduction of Asymmetry in the Fused 4-Oxalocrotonate Tautomerases.
著者: Erwin, K. / Moreno, R.Y. / Baas, B.J. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.

履歴

登録	2023年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t9p.cif.gz	90.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t9p.ent.gz	67.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t9p_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t9p_full_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示
XML形式データ	8t9p_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	8t9p_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t9oC 8t9qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tautomerase beta subunit

B: Tautomerase alpha subunit

C: Tautomerase alpha subunit

D: Tautomerase alpha subunit

E: Tautomerase beta subunit

F: Tautomerase beta subunit

43.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.194, 61.028, 92.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 123.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Tautomerase beta subunit 分子量: 7853.891 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herbaspirillum (バクテリア) / 遺伝子: PMI40_00695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3HY51
#2: タンパク質	Tautomerase alpha subunit 分子量: 6747.567 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herbaspirillum (バクテリア) / 遺伝子: PMI40_00696 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J2VT77
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.13 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The hhYR-4OT was crystallized in 54-64% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M sodium cacodylate pH 6.8, and 5% polyethylene glycol (PEG) 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 32458 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.05-2.09	3.4	0.508	1592	0.791	0.94	0.314	0.6	0.601	99.7
2.09-2.12	3.4	0.445	1612	0.812	0.947	0.277	0.526	0.638	99.6
2.12-2.16	3.6	0.421	1605	0.839	0.955	0.255	0.494	0.637	99.9
2.16-2.21	3.6	0.352	1626	0.892	0.971	0.212	0.412	0.7	99.9
2.21-2.26	3.5	0.281	1632	0.924	0.98	0.172	0.331	0.75	99.9
2.26-2.31	3.8	0.255	1595	0.934	0.983	0.15	0.297	0.851	99.8
2.31-2.37	3.8	0.226	1635	0.948	0.987	0.133	0.263	0.913	99.9
2.37-2.43	3.7	0.205	1610	0.955	0.988	0.122	0.24	0.923	99.9
2.43-2.5	3.6	0.18	1590	0.961	0.99	0.109	0.211	1	99.8
2.5-2.58	3.5	0.155	1606	0.969	0.992	0.095	0.183	1.211	99.8
2.58-2.68	3.7	0.135	1643	0.976	0.994	0.079	0.157	1.216	99.8
2.68-2.78	3.5	0.12	1624	0.977	0.994	0.073	0.141	1.544	100
2.78-2.91	3.8	0.11	1615	0.984	0.996	0.064	0.127	1.578	100
2.91-3.06	3.8	0.098	1634	0.986	0.996	0.057	0.114	1.98	99.9
3.06-3.25	3.6	0.088	1616	0.987	0.997	0.053	0.103	2.432	99.9
3.25-3.51	3.7	0.073	1632	0.991	0.998	0.043	0.085	2.608	99.9
3.51-3.86	3.6	0.064	1629	0.993	0.998	0.038	0.075	2.652	99.9
3.86-4.42	3.7	0.056	1645	0.995	0.999	0.033	0.065	2.832	99.9
4.42-5.56	3.5	0.052	1636	0.994	0.999	0.032	0.061	2.641	99.3
5.56-50	3.6	0.049	1681	0.997	0.999	0.029	0.057	2.448	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-2000	v723	データスケーリング
HKL-2000	v723	データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.04→26.84 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2302	1990	6.13 %
R_work	0.1923	-	-
obs	0.1946	32444	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→26.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2984	0	0	172	3156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3017
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.995	4093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.33	430
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	532

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.09	0.3043	140	0.2624	2004	X-RAY DIFFRACTION	94
2.09-2.14	0.3071	129	0.2432	2164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.21	0.2923	152	0.2346	2177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.28	0.2609	136	0.2158	2182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.36	0.2484	150	0.1994	2181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.45	0.2464	136	0.2129	2151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.57	0.2392	147	0.2047	2174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.7	0.2419	139	0.2063	2194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.87	0.2573	145	0.2108	2185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.09	0.2671	142	0.2134	2175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.4	0.2298	143	0.193	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.89	0.2299	140	0.1886	2199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.9	0.1829	140	0.1595	2218	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9-26.84	0.2137	151	0.1778	2249	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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