PDB-8t9q: Crystal structure of fused YR, an asymmetric 4-OT trimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t9q

タイトル

Crystal structure of fused YR, an asymmetric 4-OT trimer

要素

Tautomerase

キーワード

ISOMERASE / 4-OT / trimer / fused

機能・相同性

4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / 4-oxalocrotonate tautomerase-like domain-containing protein / 4-oxalocrotonate tautomerase-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Herbaspirillum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Moreno, R.Y. / Zhang, Y.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Introduction of Asymmetry in the Fused 4-Oxalocrotonate Tautomerases.
著者: Erwin, K. / Moreno, R.Y. / Baas, B.J. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.

履歴

登録	2023年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t9q.cif.gz	79.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t9q.ent.gz	57 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t9q_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t9q_full_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示
XML形式データ	8t9q_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	8t9q_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t9oC 8t9pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tautomerase

B: Tautomerase

C: Tautomerase

46.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.090, 49.409, 49.324
Angle α, β, γ (deg.)	102.36, 102.16, 102.11
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Tautomerase 分子量: 15450.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herbaspirillum (バクテリア) / 遺伝子: PMI40_00696, PMI40_00695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J2VT77, UniProt: J3HY51
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: fYR-4OT was crystallized in 1.5-2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES buffer (pH 7.2-8.0), and 2% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 18084 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2 % / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	2	0.274	929	0.886	0.969	0.256	0.376	0.499	96.2
2.34-2.38	2.1	0.281	917	0.807	0.945	0.257	0.382	0.497	95.8
2.38-2.43	2	0.237	856	0.841	0.956	0.22	0.324	0.584	95.1
2.43-2.48	2	0.237	945	0.848	0.958	0.221	0.325	0.622	96.3
2.48-2.53	1.9	0.178	868	0.913	0.977	0.164	0.243	0.66	96
2.53-2.59	1.9	0.151	957	0.928	0.981	0.139	0.206	0.744	96.4
2.59-2.66	2	0.133	844	0.95	0.987	0.122	0.181	0.708	95.3
2.66-2.73	1.9	0.118	928	0.954	0.988	0.108	0.16	0.728	95.6
2.73-2.81	2	0.101	873	0.968	0.992	0.095	0.139	0.874	96.3
2.81-2.9	2.1	0.094	943	0.968	0.992	0.088	0.129	0.795	96.1
2.9-3	2	0.088	850	0.97	0.992	0.081	0.12	1.095	96.4
3-3.12	2	0.068	960	0.983	0.996	0.063	0.093	1.152	96.8
3.12-3.26	1.9	0.063	909	0.983	0.996	0.059	0.087	1.399	97.1
3.26-3.44	2	0.055	906	0.985	0.996	0.051	0.075	1.378	97.2
3.44-3.65	1.9	0.055	901	0.986	0.997	0.051	0.075	1.716	96.5
3.65-3.93	2.1	0.048	895	0.988	0.997	0.044	0.065	1.488	96.7
3.93-4.33	2	0.048	896	0.985	0.996	0.045	0.066	1.773	93.8
4.33-4.95	1.9	0.044	888	0.988	0.997	0.04	0.06	1.692	94.5
4.95-6.24	2	0.043	917	0.989	0.997	0.04	0.059	1.443	96.5
6.24-50	2	0.04	902	0.993	0.998	0.037	0.054	1.455	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000	v723	データスケーリング
HKL-2000	v723	データ削減
REFMAC	5.8.0267	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→46.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 9.459 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30333	1828	10.1 %	RANDOM
R_work	0.26929	-	-	-
obs	0.27274	16254	94.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.836 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.7 Å²	2.69 Å²	-3.47 Å²
2-	-	25.36 Å²	4.87 Å²
3-	-	-	-6.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.29→46.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2520	0	0	32	2552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.573	1.636	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.353	1.569	5790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.573	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.363	24.286	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.932	15	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.488	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.181	7.182	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.183	7.18	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.895	10.777	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.892	10.779	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.861	7.615	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.858	7.616	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.829	11.246	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	17.576		9985
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	17.578		9982
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.294→2.353 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.442	96	-
R_work	0.417	1000	-
obs	-	-	76.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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