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- PDB-8t9o: Crystal structure of CF, a heterohexamer of the 4-oxalocrotonate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t9o
タイトルCrystal structure of CF, a heterohexamer of the 4-oxalocrotonate tautomerase (4-OT) family
要素
  • Tautomerase alpha subunit
  • Tautomerase beta subunit
キーワードISOMERASE / 4-OT / heterohexamer / asymmetric
機能・相同性異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; ケト基-エノール基の相互変換 / 4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / : / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / Tautomerase / 4-oxalocrotonate tautomerase-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Herbaspirillum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Moreno, R.Y. / Zhang, Y.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-104896 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Introduction of Asymmetry in the Fused 4-Oxalocrotonate Tautomerases.
著者: Erwin, K. / Moreno, R.Y. / Baas, B.J. / Zhang, Y.J. / Whitman, C.P.
履歴
登録2023年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tautomerase beta subunit
B: Tautomerase alpha subunit
C: Tautomerase alpha subunit
D: Tautomerase alpha subunit
E: Tautomerase beta subunit
F: Tautomerase beta subunit
G: Tautomerase beta subunit
H: Tautomerase beta subunit
I: Tautomerase alpha subunit
J: Tautomerase alpha subunit
K: Tautomerase alpha subunit
L: Tautomerase beta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,11512
ポリマ－88,11512
非ポリマー00
水1,15364
1
A: Tautomerase beta subunit
B: Tautomerase alpha subunit
C: Tautomerase alpha subunit
D: Tautomerase alpha subunit
E: Tautomerase beta subunit
F: Tautomerase beta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0576
ポリマ－44,0576
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13510 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
2
G: Tautomerase beta subunit
H: Tautomerase beta subunit
I: Tautomerase alpha subunit
J: Tautomerase alpha subunit
K: Tautomerase alpha subunit
L: Tautomerase beta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0576
ポリマ－44,0576
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13220 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.751, 87.480, 89.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Tautomerase beta subunit


分子量: 7512.564 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herbaspirillum (バクテリア) / 遺伝子: PMI16_01242 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J2M343
#2: タンパク質
Tautomerase alpha subunit


分子量: 7173.199 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herbaspirillum (バクテリア) / 遺伝子: PMI16_01243 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3DHL6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The protein was crystallized in 15-25% PEG 3350, 0.1M HEPES buffer (pH 7.0-8.0) and 0.2M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 18368 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.752.40.4267770.7930.9410.3020.5250.55480.7
2.75-2.82.50.4327910.7250.9170.2980.5280.62282.8
2.8-2.852.50.4868120.6440.8850.3390.5960.5386
2.85-2.912.60.4978790.7310.9190.3320.6020.52190.6
2.91-2.972.70.4678600.7060.910.3150.5670.5389.5
2.97-3.042.70.3858730.7690.9330.260.4680.58290.3
3.04-3.123.10.4989130.7250.9170.3210.5970.58296.3
3.12-3.23.50.4659610.7950.9410.2880.550.58199
3.2-3.33.60.4579660.7520.9270.2790.5380.60999.5
3.3-3.43.80.3629710.8750.9660.2150.4230.68199.5
3.4-3.523.70.3479430.8740.9660.2070.4060.71999.5
3.52-3.663.70.2999500.8650.9630.1810.3510.88599.1
3.66-3.833.70.2589500.9190.9790.1540.3010.81999.3
3.83-4.033.70.2269660.9190.9790.1380.2650.98399.1
4.03-4.293.60.159540.9520.9880.0930.1781.04298
4.29-4.623.40.1249170.9790.9950.0780.1481.0995.6
4.62-5.0840.1239810.9830.9960.0710.1420.947100
5.08-5.8140.1119530.9810.9950.0650.1290.85899.2
5.81-7.323.80.0939810.9890.9970.0540.1080.86499
7.32-503.50.0699700.9940.9980.0420.0812.14696.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000v723データスケーリング
HKL-2000v723データ削減
PHENIX1.18.2_3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→43.74 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 1829 10 %
Rwork0.2126 --
obs0.2184 18289 93.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5579 0 0 64 5643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0787597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.485774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007968
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.780.3433950.2655907X-RAY DIFFRACTION66
2.78-2.860.32421230.26081119X-RAY DIFFRACTION82
2.86-2.950.35651380.26371165X-RAY DIFFRACTION88
2.95-3.060.34461460.25651204X-RAY DIFFRACTION90
3.06-3.180.34541250.25621318X-RAY DIFFRACTION97
3.18-3.320.30371590.25291331X-RAY DIFFRACTION99
3.32-3.50.28141430.22371351X-RAY DIFFRACTION99
3.5-3.720.26471550.21781342X-RAY DIFFRACTION99
3.72-4.010.2711450.21571337X-RAY DIFFRACTION99
4.01-4.410.21361490.16581316X-RAY DIFFRACTION97
4.41-5.050.23061470.16561352X-RAY DIFFRACTION98
5.05-6.350.24761550.20331357X-RAY DIFFRACTION99
6.36-43.740.2341490.20291361X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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