+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t8a | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of arginine oxidase from Pseudomonas sp. TRU 7192 | ||||||
要素 | Amine oxidoreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / oxidase / arginine oxidase | ||||||
機能・相同性 | polyamine oxidase activity / polyamine catabolic process / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / peroxisome / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Amine oxidoreductase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Takahashi, K. / Yamaguchi, H. / Tatsumi, M. / Sugiki, M. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of arginine oxidase from Pseudomonas sp. TRU 7192 著者: Yamaguchi, H. / Numoto, N. / Suzuki, H. / Nishikawa, K. / Kamegawa, A. / Takahashi, K. / Matsui, D. / Asano, Y. / Tatsumi, M. / Sugiki, M. / Fujiyoshi, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t8a.cif.gz | 454.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8t8a.ent.gz | 364.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8t8a_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8t8a_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8t8a_validation.xml.gz | 85.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8t8a_validation.cif.gz | 114.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jt7C C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67423.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: TPU 7192 / 遺伝子: AYO28_23740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A177SH44 #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Potassium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→49.23 Å / Num. obs: 39436 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Rpim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.977 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4532 / Rpim(I) all: 0.401 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→49.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / SU B: 50.64 / SU ML: 0.749 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.748 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.559 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.4→49.04 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|