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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t86 | ||||||
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タイトル | Racemic mixture of amylin segment 25-AILSS-29 forms heterochiral rippled beta-sheet | ||||||
要素 | Racemic mixture of amylin segment 25-AILSS-29 | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Rippled beta sheet / amyloid fibril | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.102 Å | ||||||
データ登録者 | Sawaya, M.R. / Raskatov, J.A. / Hazari, A. / Sajimon, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023 タイトル: Racemic Peptides from Amyloid beta and Amylin Form Rippled beta-Sheets Rather Than Pleated beta-Sheets. 著者: Hazari, A. / Sawaya, M.R. / Sajimon, M. / Vlahakis, N. / Rodriguez, J. / Eisenberg, D. / Raskatov, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t86.cif.gz | 12.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8t86.ent.gz | 6.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t86.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8t86_validation.pdf.gz | 364.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8t86_full_validation.pdf.gz | 364.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8t86_validation.xml.gz | 1.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8t86_validation.cif.gz | 1.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t86 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 489.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.19 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: hexafluoroisopropanol, water |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.1→16.123 Å / Num. obs: 1898 / % possible obs: 80.3 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 4.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.102→16.123 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.826 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.033 詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.265 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.102→16.123 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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