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Yorodumi- PDB-8t89: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21 forms hetero... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8t89 | ||||||
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Title | Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21 forms heterochiral rippled beta-sheet | ||||||
Components | Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21 | ||||||
Keywords | PROTEIN FIBRIL / Rippled beta sheet / amyloid fibril | ||||||
Function / homology | trifluoroacetic acid Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / AB INITIO PHASING / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Sawaya, M.R. / Raskatov, J.A. / Hazari, A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2023 Title: Racemic Peptides from Amyloid beta and Amylin Form Rippled beta-Sheets Rather Than Pleated beta-Sheets. Authors: Hazari, A. / Sawaya, M.R. / Sajimon, M. / Vlahakis, N. / Rodriguez, J. / Eisenberg, D. / Raskatov, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8t89.cif.gz | 12.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8t89.ent.gz | 6.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8t89.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t89 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8t82C 8t84C 8t86C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 724.909 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
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#2: Chemical | ChemComp-TFA / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.63 Å3/Da / Density % sol: 24.76 % / Description: needle-shaped |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: batch mode / Details: hexafluoroisopropanol, water |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 31, 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→18.5 Å / Num. obs: 1426 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 4.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 1.5→18.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.078 Details: Hydrogens have been used if present in the input file
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→18.5 Å /
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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