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- PDB-8t89: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21 forms hetero... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8t89 | ||||||
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Title | Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21 forms heterochiral rippled beta-sheet | ||||||
![]() | Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21 | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / Rippled beta sheet / amyloid fibril | ||||||
Function / homology | trifluoroacetic acid![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sawaya, M.R. / Raskatov, J.A. / Hazari, A. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Racemic Peptides from Amyloid beta and Amylin Form Rippled beta-Sheets Rather Than Pleated beta-Sheets. Authors: Hazari, A. / Sawaya, M.R. / Sajimon, M. / Vlahakis, N. / Rodriguez, J. / Eisenberg, D. / Raskatov, J.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 12.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 6.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 382.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 382.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 2.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 2.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8t82C ![]() 8t84C ![]() 8t86C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein/peptide | Mass: 724.909 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-TFA / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.63 Å3/Da / Density % sol: 24.76 % / Description: needle-shaped |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: batch mode / Details: hexafluoroisopropanol, water |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 31, 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→18.5 Å / Num. obs: 1426 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 4.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 1.5→18.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.078 Details: Hydrogens have been used if present in the input file
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→18.5 Å /
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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