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- PDB-8t84: Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40 forms hetero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t84
タイトルRacemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40 forms heterochiral rippled beta-sheet, includes hexafluoroisopropanol
要素Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40
キーワードPROTEIN FIBRIL / Rippled beta sheet / amyloid fibril
機能・相同性1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.101 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Raskatov, J.A. / Hazari, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG074954 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Racemic Peptides from Amyloid beta and Amylin Form Rippled beta-Sheets Rather Than Pleated beta-Sheets.
著者: Hazari, A. / Sawaya, M.R. / Sajimon, M. / Vlahakis, N. / Rodriguez, J. / Eisenberg, D. / Raskatov, J.A.
履歴
登録2023年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
AAA: Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8973
ポリマ－5611
非ポリマー3362
水362
1
AAA: Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40
ヘテロ分子

AAA: Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40
ヘテロ分子

AAA: Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40
ヘテロ分子

AAA: Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40
ヘテロ分子

AAA: Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40
ヘテロ分子

AAA: Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 5.38 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,38118
ポリマ－3,3646
非ポリマー2,01612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,-y,-z+11
crystal symmetry operation2_456-x-1,-y,-z+11
crystal symmetry operation2_656-x+1,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)9.420, 11.220, 21.120
Angle α, β, γ (deg.)96.565, 89.572, 94.951
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Racemic mixture of amyloid beta segment 35-MVGGVV-40


分子量: 560.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-CFH / 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol / 1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノ-ル


分子量: 168.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2F6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: hexafluoroisopropanol, water

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→20.981 Å / Num. obs: 2980 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 4.88
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.1-1.161.8972240.6272.091
1.16-1.231.1453570.8891.2421
1.23-1.311.0323970.8781.1071
1.31-1.420.7344240.9450.7861
1.42-1.560.4483850.9310.481
1.56-1.740.3193260.9890.341
1.74-2.010.2462980.9740.2641
2.01-2.460.2022580.990.2161
2.46-3.480.1832030.9180.1971
3.48-20.9810.1281080.9980.1361

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XSCALE20220110データスケーリング
XDS20220820データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.101→20.981 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.985 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.22 / SU B: 1.233 / SU ML: 0.027 / Average fsc free: 0.8922 / Average fsc work: 0.9273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2038 298 10 %
Rwork0.1889 2682 -
all0.19 --
obs-2980 85.78 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.652 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.602 Å20.529 Å2-0.52 Å2
2--3.713 Å20.969 Å2
3----1.442 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.101→20.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38 0 20 2 60
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.01755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9281.602102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4241.64130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.67156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.704159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.25
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.0990.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1270.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1260.221
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0790.24
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0890.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2370.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.811.64925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8451.63724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9172.44929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8862.4630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2892.49645
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.5322.43840
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3023.71972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.43.61967
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.93224.59248
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.36522.98242
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.5823125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.101-1.230.498580.3715220.3829890.820.84458.64510.373
1.23-1.4190.308810.3047370.3048670.8160.89794.34830.303
1.419-1.7370.268710.1996390.2077330.9270.95696.86220.2
1.737-2.4470.193560.154990.1535670.9780.98997.88360.179
2.447-20.9810.156320.172850.1683180.9890.98499.68550.224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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